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蛋白质结构限制性对HIV-1耐药相关基因分子进化规律的影响研究: 2016年; 目的：通过对65名HIV治疗队列中发生耐药的感染者进行较系统的前瞻性队列研究,阐明我国抗病毒治疗过程中,HIV RT蛋白耐药进化的结构限制性以及HIV耐药的发生规律。方法从2003年开始,每半年1次,连续4年对队列感染者进行随访采集静脉血样,提取病毒RNA后对RT基因进行RT-PCR扩增和测序。将所获得的序列进行系统进化、耐药位点变异和蛋白质结构分析。结果 RT酶中大部分的氨基酸位点都是保守的,而序列的变异仅发生在12.44%的位点之上。非核苷类逆转录酶抑制剂（ NNRTI）高水平耐药位点多位于RT蛋白的内部,而中等水平耐药位点多位于蛋白质的表面。核苷类逆转录酶抑制剂（ NRTI）高水平耐药位点均位于RT蛋白的表面,而低水平耐药位点均位于RT蛋白的内部。结论 NNRTI和NRTI类耐药突变位点在RT蛋白中截然相反的分布特征,可以为针对RT靶点的抗病毒药物的设计和开发起到一定的指导作用。; 关琪韩晓旭赵彬张旻沈书旭王亚男姜拥军耿文清尚红; 关键词：人类免疫缺陷病毒1型适宜性

HIV-1原发感染者病毒辅助受体特征分析被引量：4: 2011年; 目的观察HIV-1感染者在原发感染早期的不同阶段，体内病毒对CCR5和CXCR4辅助受体利用特点及演变情况。方法以高危人群前瞻性队列研究的方式随访发现12例HIV-1原发感染者，分别收集感染最早期和病毒载量稳定期（病毒调定点）的血浆，提取病毒RNA，反转录（RT）．PCR，套式PCR扩增envgp160基因，连接到TA克隆载体，测序分析，以Gen02pheno、PSSMx4r5、PSSMsisi、SVM、ChargeRule5种在线生物信息学工具预测病毒株CCR5和CXCRd辅助受体利用情况。结果12例原发感染者感染早期病毒利用CCR5嗜性者有11例，利用CXCR4辅助受体1例；1例在随访10个月时检出辅助受体的转换；不同基因型预测方法的结果一致性88．3％。结论HIV-1原发感染者早期病毒主要利用CCR5受体，也有利用CXCR4受体，原发感染者在感染1年内可能发生辅助受体的转换；以基因型预测CCR5或CXCR4辅助受体宜选用多种不同的分析方法。; 王艳海韩晓旭安明晖代娣赵彬沈书旭楚振兴徐俊杰姜拥军尚红; 关键词：HIV-1

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沈书旭