伊长虹
- 作品数：22 被引量：44H指数：4
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- 发文基金：国家自然科学基金山东省自然科学基金山东省高等学校科技计划项目更多>>
- 相关领域：生物学理学医药卫生化学工程更多>>
- 生物大分子的量子和经典的理论计算研究
- 生物大分子的动力学模拟计算研究随着计算机计算能力的快速发展越来越受到人们的重视。分子动力学(Molecular Dynamics，MD)模拟计算可以通过力场得到生物大分子在原子水平上的相互作用，重现分子运动的微观过程，可...
- 伊长虹
- 关键词：生物大分子动力学模拟热休克蛋白蛋白酶
- 溅射Ga_2O_3反应自组装和脉冲激光沉积(PLD)法制备GaN薄膜被引量：1
- 2007年
- 用溅射Ga2O3反应自组装和脉冲激光沉积(PLD)法分别在硅和蓝宝石衬底上制备CaN薄膜,用X射线衍射图谱(XRD)和原子力显微镜(AFM)对GaN薄膜的结构和形貌进行分析,结果表明,采用两种方法在两种衬底上均可制备出结晶较好的CaN薄膜,但硅衬底上制备的GaN薄膜的晶粒明显大于在蓝宝石衬底上制备的GaN薄膜的晶粒,进一步表明硅基溅射Ga2O3反应自组装GaN薄膜晶化程度较高.
- 伊长虹孙振翠刘玫张庆刚满宝元薛成山
- 肿瘤蛋白MDMX与抑制剂PMI作用机制的分子动力学研究
- 2012年
- 恢复抑癌蛋白p53的功能已经成为一种治疗癌症的新途径。本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了抑制剂PMI与肿瘤蛋白MDMX的结合自由能。结果表明范德华相互作用驱动了PMI与MDMX的结合。同时也使用基于残基对的自由能分解方法计算了残基–残基相互作用,结果不仅表明PMI的5个残基能与MDMX产生强烈的相互作用,而且也表明CH-CH,CH-π,π-π相互作用主导了PMI在MDMX疏水性裂缝中的结合。我们期望这个研究能为抑制p53-MDMX相互作用药物的研发提供理论上的启示。
- 程伟渊梁志强王伟伊长虹王克彦李洪云陈建中
- 关键词：分子动力学MM-PBSA
- 在密封和半密封容器内生长Tl_2Ba_2CaCu_2O_x高温超导薄膜的研究被引量：2
- 2004年
- 以铝酸镧 (0 0 1)单晶为基片 ,采用两步法在两种密封条件下制备 Tl2 Ba2 Ca Cu2 Ox(Tl- 2 2 12 )高温超导薄膜。首先利用脉冲激光沉积 (PL D)工艺沉积非晶 Ba2 Ca Cu2 Ox 前驱体薄膜 ;然后前驱体薄膜分别在半密封的氧化铝坩埚和密封的高温钢容器内铊化、结晶形成 Tl- 2 2 12薄膜。在两种密封条件下 ,都可以制备出纯相的 Tl- 2 2 12超导薄膜。但是 ,在坩埚内制备的 Tl- 2 2 12薄膜的 TCo和
- 伊长虹胡芳仁张庆刚李洁陈莺飞郑东宁
- 关键词：高温超导薄膜脉冲激光沉积
- p53-MDM2相互作用的分子力学和动力学研究被引量：11
- 2012年
- p53-MDM2相互作用的抑制已经成为治疗癌症的新方法.本文将分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics/passion-Boltzman surface area)方法结合起来研究MDM2-p53相互作用机制。结果证明范德华相互作用驱动了MDM2与p53的结合.基于残基-残基相互作用的计算不仅证明p53的三个残基Phe19′,Trp23′和Leu26′与MDM2有较强的相互作用,而且还发现另外两个残基Leu22′和Pro27′也与MDM2有较强的相互作用,这为抗癌药物的设计提供了新靶标.同时也证明CH-CH,CH-π和π-π相互作用驱动了p53在MDM2疏水性裂缝中的结合.
- 程伟渊梁志强张庆刚伊长虹王伟王克彦
- 关键词：分子动力学MM-PBSA
- HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究被引量：2
- 2013年
- HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合.同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果证明残基Ala28,Val32/Val32′,Ile47,Gly49,Ile50/Ile50′,Ile84/Ile84′和Pro81′能与蛋白酶产生较为强烈的相互作用,同时也表明CH-π,π-π和CH-O相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为抗艾滋病的药物设计提供理论上的指导.
- 伊长虹梁志强王伟尹妍妍李洪云陈建中
- 关键词：分子动力学模拟
- 硅基扩镓溅射Ga_2O_3反应自组装GaN薄膜被引量：1
- 2008年
- 采用射频磁控溅射工艺在扩镓硅基上溅射Ga2O3薄膜氮化反应组装GaN薄膜,研究硅基扩镓时间对GaN薄膜晶体质量的影响。利用红外透射谱(FTIR)、X射线衍射(XRD)、扫描电镜(SEM)、光电能谱(XPS)和荧光光谱(PL)对生成的GaN薄膜进行组分、结构、表面形貌和发光特性分析。测试结果表明:采用此方法得到六方纤锌矿结构的GaN晶体膜。同时显示:在相同的氮化温度和时间下,随着硅基扩镓时间的增加,薄膜的晶体质量和发光特性得到明显提高。但当硅基扩镓时间进一步增加时,薄膜的晶体质量和发光特性却有所降低。较适宜的硅基扩镓时间为40min。
- 孙振翠曹文田王书运薛成山伊长虹
- 关键词：GA2O3GAN薄膜射频磁控溅射
- 分子动力学研究V82A和L90M变异对HIV PR-IDV复合物的影响被引量：2
- 2010年
- 为了说明V82A和L90M变异对蛋白酶(PR)和茚地那韦(IDV)复合物的影响,进行了5.5ns的MD模拟.用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,计算和实验结果一致.分解自由能为不同能量项说明,这两个变异引起熵的贡献变化大于焓的贡献变化.分解自由能到每个残基说明Wild,V82A和L90M具有相似的结合模式,结合能的贡献主要来源于A28/A28',I50/I50'和I84/I84'这六个残基组,详细分析了Wild和IDV的结合模式,对比分析了V82A和L90M变异引起结合模式的细小变化.V82A变异引起结合模式的变化是由于变异后位阻减小导致的.L90M变异引起D25和L90间的作用增强并引起结合模式的细小变化.研究结果有助于更好地理解变异对抑制剂和HIV-1PR结合模式的影响,并可以用来帮助设计更高效的PR抑制剂.
- 扈国栋陈建中时术华伊长虹张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学模拟
- 抑制剂8CA与脂肪细胞脂肪酸结合蛋白(A-FABP)结合模式的分子动力学研究被引量：1
- 2016年
- 脂肪细胞脂肪酸结合蛋白A-FABP(Adipocyte fatty-acid binding protein)是治疗脂质调节生物过程相关疾病的重要靶标.采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法研究抑制剂8CA与A-FABP结合模式,结果表明静电相互作用和范德华作用驱动了抑制剂8CA与A-FABP的结合.基于残基的能量分解表明抑制剂8CA与R126间的极性相互作用为抑制剂与A-FABP的结合提供了重要贡献,该残基与8CA的相互作用较好地稳定了抑制剂与A-FABP复合物的稳定性.期望该研究可为治疗炎症、动脉硬化和代谢病药物设计提供一定的理论指导.
- 尹妍妍梁志强王伟伊长虹李洪云赵娟张庆刚
- 关键词：分子动力学模拟A-FABP
- I50V变异对HIV-1蛋白酶抑制剂Amprenavir抗药机制的分子动力学研究被引量：1
- 2017年
- HIV-1蛋白酶PR(HIV-1 protease)的变异对抑制剂产生抗药性,严重消弱抗艾滋病的治疗效果.I50V变异是HIV-1蛋白酶残基变异中最重要的一个.采用分子动力学模拟和溶解相互作用能方法SIE(solvated interaction energy)研究I50V变异对抑制剂APV(amprenavir)抗药机制.分子动力学分析表明I50V变异诱导HIV-1蛋白酶整体柔性的增加,影响了抑制剂与蛋白酶的相互作用.结合自由能计算表明范德华作用的下降驱动了I50V变异对APV的抗药性.基于残基的能量分解证明V50/V50'与APV的相互作用相对于野生型的I50/I50'明显减弱,诱导了抗药性.本研究能为高效的缓解抗药性抑制剂的研发提供一定的理论指导.
- 吴世亮梁志强王伟伊长虹李洪云赵娟
- 关键词：分子动力学模拟抗药性
