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容健锋

作品数:2 被引量:12H指数:2
供职机构:香港理工大学更多>>
发文基金:国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域:生物学自动化与计算机技术更多>>

文献类型

  • 2篇中文期刊文章

领域

  • 1篇生物学
  • 1篇自动化与计算...

主题

  • 2篇代谢网络
  • 2篇数据库
  • 2篇网络
  • 2篇WEB服务
  • 1篇英文
  • 1篇数据库重构
  • 1篇网络构建
  • 1篇网络建模
  • 1篇关系数据库
  • 1篇MYSQL

机构

  • 2篇军事医学科学...
  • 2篇香港理工大学
  • 1篇国防科学技术...
  • 1篇并行与分布处...

作者

  • 2篇朱云平
  • 2篇王正华
  • 2篇容健锋
  • 1篇陈振冲
  • 1篇贺福初
  • 1篇王勇献
  • 1篇董蕴源
  • 1篇周婷婷
  • 1篇周婷婷

传媒

  • 1篇生物化学与生...
  • 1篇计算机工程与...

年份

  • 2篇2010
2 条 记 录,以下是 1-2
排序方式:
一种基于KEGG数据库重构代谢网络的新方法被引量:6
2010年
从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的第一步。针对以往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题,本文采用分而治之的递归策略,提出了一种基于KEGG数据库自下而上重构全物种代谢网络的新方法。与以前的方法相比,本方法的优点在于:使用KEGG的Web服务获取数据,以保证数据的准确性和及时更新;依靠KEGG/PATHWAY库的数据选择机制选取数据,以保证构建网络的数据无冗余;整个方法基于Java实现,保证程序的跨平台通用性;通过构建MySQL本地数据库将远程数据本地化,大大降低数据读取的时耗。评估结果显示,该方法不仅能够保证重建网络数据的准确性和及时更新,而且有效地提高了多物种多次重构情况下的网络重构效率。
周婷婷容健锋王正华董蕴源王勇献朱云平
关键词:代谢网络网络构建WEB服务MYSQL
MetaGen:从KEGG建模代谢网络的新工具(英文)被引量:6
2010年
为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结构进行了初步研究,并以此为例展示了该工具广阔的应用前景.MetaGen利用KEGGweb服务保证建模数据的可靠性,依靠本地关系数据库加速网络建模过程并提供更多的数据管理和利用方式,并结合高级JAVA技术提高代码的可扩展性.MetaGen完全开源,可直接从http://bnct.sourceforge.net/下载.
周婷婷容健锋容健锋陈振冲王正华朱云平
关键词:代谢网络网络建模WEB服务关系数据库
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