陈开 作品数:20 被引量:55 H指数:4 供职机构: 同济大学理学院化学系 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 更多>> 相关领域: 理学 生物学 环境科学与工程 医药卫生 更多>>
基于知识编码的剪切位点预测 被引量:3 2007年 在现有生物统计中,对脱氧核糖核酸中碱基的编码表达主要限于腺嘌呤,鸟嘌呤,胞嘧啶和胸腺嘧啶4种.但这种编码方式的变量太少,同时没有考虑碱基在脱氧核糖核酸中的位置信息,在剪切位点预测中,准确率不会超过90%.据此采用基于知识的编码方式,即真剪切位点与假剪切位点的统计差表,结合支持向量机方法,大大提高了剪切位点识别的准确率,并进一步采用碱基的统计特征的多变量编码方式使真给体位点和假给体位点的预报率分别达到96.4%和93.0%,真受体位点和假受体位点的预报率分别达到94.4%和93.0%. 黄金艳 李通化 陈开关键词:基因识别 支持向量机 编码方法 化学化工本科生“轮流蹲组”创新型培养模式 被引量:2 2008年 我校建立了本科生"轮流蹲组"创新型人才培养模式,提出了"学士前教育"的理念,本文介绍了此模式的内涵和特色,探讨了其在培养化学、化工专业(乃至理工科各个专业)本科生的人生观、价值观、拓宽知识面、提高综合素质和实验技能等方面所取得的效果。 吴庆生 王晓岗 姚天明 陈伟 陈开 母朝静关键词:本科生 多重序列比对对蛋白质二级结构预测的改进 本文论述一定氨基酸序列排列的多肽链是如何形成有一定空间结构的蛋白质分子的问题仍是分子生物学中心法则中到目前为止还悬而未决的问题.所以预测蛋白质的三级结构是分子生物学迫切需要解决的问题之一.一般认为蛋白质的结构是由其氨基酸... 胡俊彦 李通化 陈开 黄涛关键词:蛋白质 文献传递 基于峭度的重叠峰解析新方法 被引量:12 2004年 峭度是表征曲线陡峭程度的物理量。本实验提出了基于峭度的组分分析 (componentanalysisbasedonkurtosis,CABK)方法来解析重叠峰 ,从中分离出纯组分信息。这种新方法的优点在于半盲源分离 ,即只要判断出重叠峰所含组分的数目 ,就可从混合谱中分离出各组分的纯谱信息。将它用来解析模拟两组分重叠峰体系和酒样的GC MS混合谱 。 高洪涛 李通化 陈开 毕贤 林淑芳关键词:峭度 Tribe-PSO Dock在禽流感药物研究中的应用 分子对接是实现合理药物设计的重要方法之一.利用Chemscore作为能量函数,以及将一种新的优化算法一部落粒子群算法作为搜索算法,得到一种新的对接程序:Tribe-PSO Dock;利用Tribe-PSO Dock考察两... 茅冬华 李通化 陈开关键词:分子对接 神经氨酸酶 文献传递 Kernel PLS用于多氯联苯气相色谱保留行为的预测 <正>多氯联苯是对人类健康和自然环境特别有害的持久性有机污染物之一,根据氯原子取代数目及位置的不同,由209个同系物所组成。对多氯联苯的检测和分析一直是环境分析的研究热点, 其中,对多氯联苯所有同系物在不同色谱条件下保留... 陈开 李通化 唐凯临文献传递 核方法在SELDI-TOF蛋白质组学数据分类中的应用(英文) 被引量:1 2007年 高解析质谱目前应用于疾病分类和治疗,然而海量数据的分析却遇到相当大的挑战。本文使用结合预处理的Kernel-PLS方法,可用于SELDI-TOF蛋白质组学数据分类。留一法交叉验证得到了敏感性0.9833和特异性1.0000的结果。 唐凯临 李通化 陈开 黄金艳用于癌症诊断的基因芯片数据的降维和分类方法 基因芯片技术的发展,使生物医学领域的研究进入了崭新的时代。利用癌症病人样本制得的基因芯片,可将不同种类的癌症进行快速准确地分类,这对于癌症的早期诊断和及时治疗都有重要意义。本文既采用了经典的显著性检验方法 t 检验进行重... 姚微佳 李通化 唐凯临 唐育虹 陈开关键词:基因芯片 核映射 自组织映射 癌症诊断 文献传递 GC/MS检测环境中多氯联苯 被引量:1 1999年 Polychlorinated biphenyls in environment are analyzed by GC/MS in this paper. The methodto enhance the selectiveness of analysis and the possibility of identification of overlappedpeaks in chromatogram are discussed in detail. 陈正夫 陈开 蒋琦关键词:多氯联苯 PCB tPSODock:基于化学得分函数和两层粒子群算法的计算机分子对接程序 被引量:3 2005年 药物分子对接是计算机辅助药物设计的主要方法之一。利用化学得分函数(Chemscore)作为能量函数,以及将一种新的优化算法一两层粒子群算法作为搜索算法,得到了一种新的计算机分子对接程序:tPSODock。利用tPSODock计算了100个蛋白质-配体的复合物,并且与Consdock和Autodock 3.0计算结果进行了对比,结果显示88%的计算结果RMSD小于2.0A, 优于Consdock以及Autodock的计算结果。说明tPSODock在是一种高效的分子对接软件,可以用于大规模数据库的筛选工作,适合新药的开发和研制。 曹同成 陈开 李通化关键词:分子对接 粒子群算法