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陈园园: 作品数：18 被引量：13H指数：2; 供职机构：南京农业大学理学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金江苏省自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金更多>>; 相关领域：理学生物学医药卫生经济管理更多>>

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Hom-Hopf代数的对极和Drinfel’d偶被引量：3: 2012年; 本文证明了带有等价Hom-范畴的Hom-双代数是Hom-Hopf代数,在基本结构定理成立的前提下,构造了对极使其成为Hom-Hopf代数.研究了拟三角Hom-Hopf代数的对极,并给出了Hom-Hopf代数的Radford公式.最后,对有限维Hom-Hopf代数,引入了Drinfel’d偶的概念,同时证明了Drinfel’d偶是拟三角Hom-Hopf代数.; 王忠伟陈园园张良云

应用基于粒子群优化的支持向量机算法识别真核生物基因的RNA聚合酶II启动子序列被引量：1: 2015年; 启动子是调节基因表达的重要元件,对其的研究对于阐明基因转录调控机制具有重要意义。作者依据RNA聚合酶Ⅱ启动子序列特性选取高效的特征提取方法,构建了基于粒子群优化的支持向量机(particle swarm optimization-support vector machine,PSO-SVM)新方法,用以识别真核生物基因RNA聚合酶Ⅱ启动子。结合5-折交叉检验方法,得到启动子-外显子、启动子-内含子和启动子-基因间序列的分类准确率分别为97.1%、96.7%和98.8%,其马修斯相关系数分别为0.962、0.934和0.976。结果说明,对比其它启动子识别方法,PSO-SVM方法更能有效地识别真核生物基因启动子。; 张文骈聪陈园园张瑾李琴张良云; 关键词：粒子群优化支持向量机启动子识别

江苏高邮湖泊湿地农业系统的保护与发展被引量：1: 2019年; 2017年5月,里下河地区的高邮湖泊湿地农业系统成功入选了中国重要农业文化遗产,并成为全球重要农业文化遗产项目候选,由此高邮湖泊湿地农业系统的保护与发展逐渐被提上日程。本文概述了高邮湖泊湿地农业系统的价值,分析并总结了高邮湖泊湿地农业系统面临的困境。在此基础上,最后从农业文化遗产的视角对高邮湖泊湿地农业系统的保护与发展工作提出可操作性建议。; 陈园园卢勇; 关键词：可持续发展

原核生物全基因组中16S rRNA基因的识别: 2017年; 【目的】识别原核生物全基因组中的16S rRNA基因。【方法】本文依据基因序列的GC碱基含量、碱基3-周期性和马尔可夫链3个方面的特性,构建了识别原核生物全基因组中16S rRNA基因的三层过滤模型。【结果】经检验,模型的特异性、敏感性和马修斯相关系数分别为99.58%、91.60%和91.49%。【结论】结果表明,本文所提出的方法可以高效、准确地识别出16S rRNA基因。; 闫文凯许明敏张广乐乔宁徐炜娜陈园园张良云; 关键词：RRNA基因马尔可夫链

概率论与数理统计教学改革研究--让生活走进数学课堂,让数学回归生活被引量：2: 2023年; 概率论与数理统计课程是大学数学课程中非常重要的一门必修课。教学实践发现概率论与数理统计教学中的主要“痛点问题”包括理论知识难,没头绪;课堂知识脱离生活,学生课堂参与度低;不会做题,学了不会用等。这门课的教学设计本着“让生活走进数学课堂,让数学回归生活”的教学思想,通过教学内容重构,知识体系形成,案例教学法,问题导向教学过程设计,课程思政有机融合等教学改革,很好解决教学实践中的“痛点问题”,提高学生学习的积极性及学生利用知识解决问题的能力。; 陈园园; 关键词：教学改革案例教学法概率论与数理统计

组合Hom-Hopf代数的构造: 2020年; 受Makhlouf和Silvestrov的Horm-结构的启发,我们引入了组合Hom-Hopf代数,推广了组合Hopf代数的概念.并且在分次连通双代数基础上给出了一种构造组合Hom-Hopf代数的方法.作为应用,我们利用对称函数构造出相关的组合Hom-Hopf代数.; 陈智陈园园杨涛张良云; 关键词：对称函数

基于位置关联权重矩阵及序列组分的多样性增量识别剪接位点被引量：4: 2014年; 前体mRNA的剪接是真核基因表达的关键阶段,识别剪接位点对基因表达也起着至关重要的作用。作者用紧邻与非紧邻的位置关联权重矩阵及组成分的多样性增量得到的五维特征向量来表示序列,应用支持向量机对供体位点和受体位点进行识别。采用5-fold交叉检验,得到供体和受体位点的马修斯相关系数分别为0.924和0.947,ROC曲线下面积分别为99.08%和99.54%。与一些传统方法相比,这一方法考虑了位点之间的相关性和序列的生物信息,表现出特征少、精度高等优点。; 李琴张瑾骈聪陈园园李强张良云; 关键词：支持向量机剪接位点

Hopf拟群上的拟重模代数与Yetter-Drinfel'd拟模代数: 2016年; 给出Long斜Hopf拟群成为拟重模代数的充分必要条件,研究了辫子Hopf拟群和Yeterr-Drinfel‘d拟模代数之间的关系。最后,通过Harrison-2余循环构造量子化的Long斜Hopf拟群。; 吴紫娟陈园园张良云

基于基因表达数据的乳腺癌分期预测: 2020年; 乳腺癌的医治方案以及预后基本由分期所决定。因此,能够准确定位患者所属的分期变得尤为重要。本文旨在探求可以通过基因表达数据预测患者的乳腺癌分期的方法。对数据集进行过采样,对数据较少的晚期样本进行有放回随机抽取至与早期样本同等大小的样本,获得平衡的分期数据。构建随机森林模型对平衡样本的分期进行预测,其准确率达到96.75%,模型的灵敏性和特异性分别为97.5%和89.3%。将随机森林模型与k-近邻、支持向量机方法相比,随机森林模型的AUC (Area Under Curve)值明显高于其他两种方法。采用十折交叉验证对随机森林预测模型进行评估,平均准确率为96.71%。最终结果表明随机森林模型具有良好的预测性能。对随机森林算法中重要性得分排名前200的基因进行功能富集分析,富集得到的通路多与乳腺癌相关,可以认为选用的基因表达数据预测分期有意义,从而为今后乳腺癌的治疗方法和预后提供了一定的依据。; 程佩文石涵钰夏心语陈园园; 关键词：过采样

乳腺癌个体特异的差异甲基化基因识别被引量：1: 2022年; 针对癌症个体之间明显的异质性,本研究提出一种个体特异的差异甲基化基因识别方法并构建乳腺癌预后模型,在个体水平分析乳腺癌的发生发展。基于TCGA数据库中的乳腺癌甲基化数据,利用差异分析法和Grubbs离群值检测法识别个体特异的差异甲基化基因,通过基因富集分析得到12条与乳腺癌相关的生物通路。利用Cox回归模型和Lasso回归模型,筛选出47个和乳腺癌生存预后显著相关的预后基因。基于基因甲基化值构建乳腺癌生存预后模型,对乳腺癌患者进行生存预后分析。结果显示,构建的生存预后模型能成功区分乳腺癌患者的高风险组和低风险组。研究结果表明,本研究方法不仅能鉴定出乳腺癌共有的异常甲基化基因,同时能够识别出个体特异的差异甲基化基因;构建的生存预后模型可以稳健地预测乳腺癌患者的生存预后状态,有利于从个体基因甲基化的层面更好地理解乳腺癌的发生发展机制,促进精准医疗的发展。; 赵一凡胡一诺陈维琳陈园园; 关键词：DNA甲基化