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诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列测定及分析被引量：5: 2014年; 目的分析GⅡ-4型诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列,了解其分子结构特点及基因组类型.方法根据Sydney2012参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析.结果 GⅡ-4型NoVs广州株GZ20133135病毒基因组全长7566 bp,病毒基因组分三个开放阅读框（ORFs）,ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.广州株GZ20133135基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型Sydney2012变异株同源性最高,全长同源性为99.07％.根据系统进化分析,广州株GZ20133135株属于GⅡ-4 Sydney2012变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,Sydney2012变异株位点变化情况为：aa294V或A或P→T,aa296S或T→S,aa297H或Q→R,aa298D或N或T→N,aa368T或N或S或A→E,aa372 N或S→D,aa393 N或D或S,aa394 T或G或S→T,aa395T或A→T,aa407 N或D→S,aa412T或D→N,aa413G或I→T.结论诺如病毒广州株GZ20133135与参考株Sydney2012NSW0514同源性最高,属于GⅡ-4Sydney2012变异株.全长序列可应用于流行病学诊断、疫苗开发、预测新变异株的出现及诺如病毒流行株进化研究.; 田毅裴银辉靳淼谢华萍陈克娜李慧莹段招军; 关键词：诺如病毒基因

人博卡病毒VP2蛋白的原核表达及血清学检测方法的建立被引量：3: 2012年; 目的获得高表达量的人博卡病毒（HBoV1、HBoV2）VP2蛋白，建立血清学检测方法。方法按照大肠埃希菌密码子使用偏性，对HBoV1、HBoV2VP2衣壳蛋白基因编码区序列进行优化合成。将合成的目的基因克隆至表达载体pET30a，构建重组表达质粒pET30a-VP2，转化大肠埃希菌BL21（DE3），使用IPTG诱导表达并摸索最佳表达条件；粗提取蛋白进行Ni亲和层析纯化后建立间接酶联免疫吸附试验（ELISA），进行临床血清标本筛查，分析人群HBoV1、HBoV2感染情况。结果优化合成的HBoV1、HBoV2VP2基因正确连接至pET30a载体，开放阅读框正确，用1mmol／LIPTG过夜诱导表达（25℃）得到高表达量的VP2蛋白，目的蛋白主要以包涵体的形式存在。粗提取蛋白经Ni—NTA亲和层析，在pH4．5时获得较理想的纯化蛋白，以其为抗原建立ELISA检查方法，筛查临床血清标本IgG抗体水平，结果显示健康儿童HBoV1阳性率为62．2％，HBoV2阳性率为55．5％，混合感染率为37％。结论本研究成功将H-BoV1、HBoV2VP2衣壳蛋白基因编码区序列进行优化，得到了较高的蛋白表达量，所建立的ELISA法可以应用于HBoV1、HBoV2人群血清流行病学调查。; 蒿叶霞高基民金玉李晓乐李金松谢志萍敖元云陈惜倩陈克娜段招军; 关键词：人博卡病毒密码子酶联免疫吸附试验

GII.12型诺如病毒与受体HBGAs结合模式分析被引量：2: 2015年; 为阐明GII.12型诺如病毒与组织血型抗原(Histo-blood group antigens,HBGAs)受体结合模式,本研究首先合成GII.12型诺如病毒毒株Pune株(GenBank登录号:EU921353)P区基因序列,并在原核系统中表达P蛋白,利用快速液相色谱分析鉴定P粒子的形成,将P粒子免疫小鼠,应用HBGAs表型明确的唾液样本分析P粒子的HBGAs结合模式。通过唾液结合分析,GII.12型诺如病毒Pune株与B型、AB型唾液结合较高,与A型、O型分泌型及O型非分泌型唾液结合较低,表明GII.12型诺如病毒与B抗原亲和性更高,这与先前GII.12型诺如病毒晶体结构的研究一致。这些研究提示,B型、AB型个体相对于其他血型个体,可能对GII.12型诺如病毒更具易感性。GII.12型诺如病毒与B抗原有更高的亲和性,为GII.12型诺如病毒的预防和控制提供了科学基础。; 靳淼陈克娜宋敬东李慧莹章青孔翔羽刘娜高基民段招军; 关键词：诺如病毒急性胃肠炎

诺如病毒深圳株SZ2010422全基因组序列测定及分析: 2013年; 目的分析GⅡ-4型诺如病毒深圳分离株SZ2010422全基因组序列,了解其分子结构特点及进化特性.方法根据New Orleans参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析及衣壳区氨基酸位点分析.结果 GⅡ-4型诺如病毒深圳SZ2010422株病毒基因组全长7559 bp,病毒基因组分三个开放阅读框（ORFs）,ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.深圳株SZ2010422基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型New Orleans变异株同源性最高,全长同源性为99.3％,ORFI、ORF2、ORF3同源性分别为99.5％、99.2％和98.6％.根据系统进化分析,深圳SZ2010422株属于GⅡ-4 New Orleans变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,New Orleans变异株位点变化情况为：aa310N或K→S,aa341D→N,aa359T→S,aa396H→P,aa460H→Y.结论诺如病毒深圳株SZ2010422属于GⅡ-4型New Orleans变异株.; 张翠红覃家剑何雅青张海龙李慧莹靳森陈克娜封少龙段招军; 关键词：诺如病毒基因

2008-2009年北京地区GⅡ.12型诺如病毒基因特征研究: 2013年; 目的了解2008-2009年北京地区成人腹泻样本中诺如病毒（Norovirus,NoV）GⅡ.12型毒株的基因特征.方法用三对引物对11株GⅡ.12型诺如病毒毒株RdRp,、ORF2、ORF3及ORF1/OFF2重叠区分别扩增,PCR产物纯化、克隆、测序,通过DNAStar、MEGA、SimPlot等生物软件进行比对、系统进化分析及重组分析.结果根据系统进化分析,11株在RdRp区属于GⅡ.g,在ORF2和ORF3区均属于GⅡ.12.SimPlot分析进一步证实了11株均为GⅡ.g/GⅡ.12重组株.结论北京地区流行的GⅡ.12型诺如病毒与世界其他地区流行的GⅡ.12型诺如病毒毒株均属同一毒株,确定了北京地区GⅡ.12型诺如病毒毒株的基因特征.; 陈克娜田耕靳森李慧莹李全瑞康利红张翠红孔翔羽高基民段招军; 关键词：诺如病毒腹泻胃肠炎

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陈克娜

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