张文刚 作品数:25 被引量:27 H指数:3 供职机构: 上海市动物疫病预防控制中心 更多>> 发文基金: 上海市科技兴农重点攻关项目 上海市科技兴农推广项目 更多>> 相关领域: 农业科学 医药卫生 经济管理 更多>>
基于SNP芯片分析新浦东鸡的遗传多样性和遗传结构 被引量:3 2023年 旨在探究新浦东鸡群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究采用“京芯一号”SNP芯片对368只新浦东鸡全基因组范围内的SNPs进行检测,对新浦东鸡的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行了分析,以期揭示个体之间的亲缘关系。结果共得到55023个SNPs,通过Plink软件质控,剩余42267个有效SNPs,其中78%的SNPs具有多态性;各位点平均有效等位基因数为1.552,PIC为0.237,MAF为0.226,Ho为0.355,H E为0.353。新浦东鸡群体的平均IBS遗传距离为0.2809,110只公鸡的平均IBS遗传距离为0.2801。通过聚类分析(标准为亲缘关系系数大于等于0.1)构建新浦东鸡家系,110只公鸡被划分为32个家系。新浦东鸡个体ROH长度在0~350 Mb之间,其中,个体ROH长度在100~150 Mb内的个体数比例最大,基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.155,近交程度较高。综上,本研究从基因组水平揭示了新浦东鸡的种群遗传结构和遗传多样性,可为后续的种群选育及开发利用工作提供参考。 齐丽娜 陆雪林 杨凯旋 周瑾 李先玉 刘珂 张文刚 顾欣 章伟建关键词:群体遗传结构 二羟基丙酮对肥育猪生长性能、胴体组成和肉质指标的影响 被引量:2 2017年 试验旨在研究二羟基丙酮对肥育猪生长性能、胴体组成和肉质指标的影响。结果表明:与对照组相比,4.00%添加组料重比降低0.26(P<0.05),2.00%添加组比料重比降低0.18(P>0.05),平均日耗料量分别降低0.39和0.26 kg(P<0.05);平均日增质量试验组与对照组差异不显著(P>0.05)。与对照组相比,4.00%添加组屠宰率提高4.04%(P<0.05),2.00%添加组与对照组的屠宰率差异不显著(P>0.05)。4.00%添加组瘦肉率提高5.41%(P<0.05),眼肌面积提高2.67 cm2(P<0.05);2.00%添加组对肥育猪的瘦肉率和眼肌面积影响不显著(P>0.05)。与对照组相比,4.00%添加组脂肪率降低4.83%(P<0.05),平均背膘厚降低7.8 mm(P<0.05),2.00%添加组脂肪率降低1.88%(P>0.05),平均背膘厚降低6.9 mm(P<0.05)。与对照组相比,试验组可显著降低肥育猪45 min p H(P<0.05),试验组肌内脂肪含量分别降低45.60%和22.50%(P<0.05)。此外,试验组对肥育猪系水率、肉色、嫩度、24 h后p H、肌内水分和蛋白质含量均无显著影响(P>0.05)。 张文刚 吴昊旻 黄家莺 顾欣 商军 孙伟强 雷胜辉 黄士新关键词:二羟基丙酮 肥育猪 胴体组成 肉质指标 动物源大肠埃希菌gyrA基因突变与氟喹诺酮耐药相关性分析 被引量:2 2020年 为了解动物源大肠埃希菌对氟喹诺酮类药物的耐药情况及其与gyrA基因突变的联系,采用微量肉汤稀释法测定200株猪鸡源大肠埃希菌对恩诺沙星和氧氟沙星的最低抑菌浓度(MIC);对大肠埃希菌的gyrA基因片段进行PCR扩增,产物进行变性高效液相色谱(DHPLC)检测和序列测定。结果表明,200株动物源大肠埃希菌对恩诺沙星和氧氟沙星的耐药率分别为44.5%和41.0%;144株大肠埃希菌gyrA基因产物的DHPLC图谱有异常峰型,即核苷酸突变率为72.0%;测序证实gyrA基因存在5个突变位点,其中2个位点的突变可导致Ser83→Leu和Asp87→Asn/Tyr,突变率分别为54.0%和24.0%,其余3个位点为同义突变点;结合恩诺沙星耐药情况可知,敏感菌株gyrA基因的氨基酸突变率最低(18.5%),其次为中介菌株(56.5%),耐药菌株最高(78.6%),氧氟沙星测试结果与此趋势一致。由此可知动物源大肠埃希菌gyrA基因突变引起的氨基酸替代与氟喹诺酮耐药高度相关。 姜芹 孙冰清 顾欣 张文刚关键词:氟喹诺酮类 变性高效液相色谱 GYRA基因突变 微生物饲料添加剂中丁酸梭菌的测定方法比较研究 被引量:2 2023年 试验旨在建立快速准确测定微生物饲料添加剂中丁酸梭菌的方法,分别对不同计数培养基和菌株鉴定方法进行比较,并开展实际样品测定。结果显示,丁酸梭菌在亚硫酸铁琼脂、TSC琼脂和TSN琼脂中均可生长,但亚硫酸铁琼脂培养基的计数结果最高;微量生化鉴定管、16S rRNA扩增测序、荧光定量PCR及基质辅助激光解析电离质谱(MALDI-TOF MS)均能鉴定丁酸梭菌,但荧光定量PCR方法最快速、准确、适用范围广;2批次市售样品分别含丁酸梭菌9.1×10^(8)、1.2×10^(9)CFU/g,典型菌落荧光定量PCR鉴定结果阳性。研究表明,亚硫酸铁琼脂培养基平板计数法结合荧光定量PCR可对微生物饲料添加剂中的丁酸梭菌进行快速有效的测定。 姜芹 孙冰清 张妤 吴雨珊 顾欣 张文刚 黄士新关键词:丁酸梭菌 活菌计数 生化鉴定 荧光定量PCR 管碟法测定硫酸新霉素效价的方法优化 2024年 目的优化硫酸新霉素含量管碟法测定方法,增大新霉素抑菌圈直径大小,提高检测结果的准确性。方法按照《中国兽药典》2020版一部附录1200抗生素微生物(检定法)的实验基本要求,设置菌液麦氏浊度(0.5、1、2、3和>4 mcf)、培养基pH(7.6、7.8、8.0、8.2和8.4)、磷酸盐缓冲液中NaCl添加比例(0、3%、4%、5%、7%和9%)等变量进行含量测定,比较抑菌圈直径大小和可信限率等指标。结果在添加0.5%的菌液麦氏浊度为3 mcf的金黄色葡萄球菌液、培养基p H为8.0、缓冲液添加5%的Na Cl条件下,高剂量抑菌圈直径扩大至20 mm左右,抑菌圈边缘清晰,且符合《中国兽药典》可信限率的要求(不大于5%)。通过多产品多厂家的实样验证此条件稳定可靠。结论优化后的方法可用于硫酸新霉素常规效价含量的测定。 吴雨珊 孙冰清 张妤 姜芹 顾欣 张文刚 曹莹关键词:新霉素 抗生素微生物检定法 效价测定 上海地区猪源沙门菌的分离鉴定及耐药性分析 2023年 为了解上海地区猪源沙门菌血清型分布及耐药性情况,本研究自上海地区养殖场内采集健康猪肛门拭子,分离纯化沙门菌,并采用肉汤稀释法对分离菌株进行16种抗菌药物敏感性试验。结果显示:2015年至2019年共采集样品4788份,分离出沙门菌106株,分离率为2.21%;共鉴定出11种血清型,其中单相变体鼠伤寒沙门菌和鼠伤寒沙门菌所占比例最高,分别为55.66%和19.81%;药敏数据表明,猪源沙门菌对磺胺异噁唑和四环素耐药率最高,分别为100%和77.01%,对β-内酰胺类和氟喹诺酮类药物敏感;共产生10种耐药谱,其中多重耐药菌株占78.16%(68/87)且主要集中在4~6耐。结果表明,上海地区猪源沙门菌血清型较为复杂,以单相变体鼠伤寒沙门菌为主,对部分药物耐药情况严重,多重耐药情况需引起警惕,猪场应进一步规范、合理使用在抗菌药物。 张妤 孙冰清 姜芹 张文刚 顾欣关键词:沙门菌 血清型 耐药性 药物敏感性试验 沙乌头猪繁殖性状全基因组关联分析 2024年 试验选取103头沙乌头猪母猪为研究对象,利用猪50K SNP芯片对猪耳组织DNA进行基因型分型,数据质控后,利用全基因组关联分析技术对影响猪繁殖性状的关键位点进行鉴别。结果表明:103头沙乌头猪母猪的耳组织DNA经基因分型质控后剩余44 739个SNPs位点用于关联分析。平均亲缘关系系数为0.03,亲缘关系较远,不存在明显的群体分层。与活仔数显著关联的SNP有19个,候选基因包括VANGL2、PEX19和USP7等;与出生窝重显著关联的SNPs有6个,候选基因包括U6、SOCS2和IRAK4等;与断奶窝重显著关联的SNPs有2个,候选基因包括QDPR、CLRN2和MED28等。根据基因功能注释推测SOCS2、QDPR和MED28可能是影响沙乌头猪繁殖性状的重要候选基因。本研究为解析沙乌头猪的部分繁殖性状及改善沙乌头猪繁殖性能的方案提供理论依据,同时为沙乌头猪的繁殖性状选育提供分子标记。 齐丽娜 陆雪林 张文刚 李先玉 沈东 周瑾 章伟建关键词:繁殖性状 SNP 全基因组关联分析 候选基因 规模养殖场兽用抗菌药物使用减量化养殖模式初探 被引量:2 2022年 兽用抗菌药物减量化三年试点工作落下帷幕,上海市6家养殖场顺利通过评价,先后被列入兽用抗菌药使用减量化行动试点达标养殖场名单。本文以试点养殖场为调研对象,从制度建设、环境控制、疫病防控、饲养管理、替抗方案等五个方面总结了各养殖场在抗菌药物减量化试点工作中取得的经验及减抗成效,以期为养殖场在开展兽用抗菌药物使用减量化行动过程中提供可复制、可操作的经验,推动建立兽用抗菌药使用减量化管理长效机制。 孙冰清 姜芹 张妤 顾欣 季海丰 卢春光 俞向前 卫龙兴 李守富 曹莹 张文刚关键词:兽用抗菌药物 粪肠球菌活菌数EMA-qPCR快速检测方法的建立 2019年 利用叠氮溴乙锭(Ethidium monoazide,EMA)和实时荧光定量PCR(qPCR)的结合,建立一种快速检测粪肠球菌(Enterococcus faecalis)活菌数的方法。选择粪肠球菌保守基因sodA(超氧化物歧化酶基因)作为目的基因进行qPCR方法建立;对粪肠球菌活菌和死菌进行不同浓度的EMA处理,探索最佳EMA处理浓度。结果显示,qPCR检测灵敏度为500 CFU/mL,在106~1010 CFU/mL浓度范围内,qPCR荧光信号值与活菌浓度对数值呈线性相关(R2=0.999 9),重复试验变异系数小于5%;EMA浓度为20μg/mL时,死菌的ΔCt值(加EMA-未加EMA)最大,且对活菌扩增无显著影响。试验结果表明,EMA-qPCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可定向检测菌液中粪肠球菌活菌数,为粪肠球菌饲料添加剂等产品的质量控制提供技术支撑。 姜芹 孙冰清 张文刚 顾欣关键词:粪肠球菌 实时荧光定量PCR 饲料添加剂 新型的饲料添加剂——二羟基丙酮 被引量:3 2015年 本文综述了二羟基丙酮的理化性质、生产方法、生理功能及其在动物生长中的应用,并简要展望了二羟基丙酮研究和应用的前景。 张文刚 黄家莺 顾欣 黄士新关键词:饲料添加剂 二羟基丙酮