杜江峰
- 作品数：5 被引量：7H指数：1
- 供职机构：西北农林科技大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 糜子miRNAs的生物信息学预测及实验验证被引量：1
- 2012年
- microRNA是一类在转录后调控中发挥重要作用的非编码小RNA,其靶标参与高等植物的发育、代谢、胁迫应答等生物学过程.糜子是一类重要的禾谷类作物,但目前还未见与其相关的miRNA报道.通过基于表达序列标签和miRNA前体二级结构的同源搜索,鉴定到43个新的miRN As.这些miRN As不均匀地分布于11个miRNA家族.利用psRNAtarget对这些miRN As分析表明,它们调控68个靶标基因.11个miRN As家族中的10个参与了RNA调控,表明了它们在糜子转录后调控中的基本作用.利用Northern blot对8个家族的miRN As进行了鉴定,表明本实验的预测方法是有效的.
- 武永军杜江峰王晓龙方晓峰单卫星梁宗锁
- 关键词：MICRORNA糜子靶标
- 信息熵方法大批量分析成熟体及前体miRNA序列的重要位点被引量：1
- 2009年
- 为了寻找miRNA连续序列上的位点保守性和碱基关联性的证据,本研究通过信息熵分析研究了一些已报告的miRNA和它们前体上的一些重要位点.根据miRNA的来源(动物、植物和病毒)和序列在miRNA前体上的位置(头部和尾部),把得到的数据分为12组.然后通过计算单个碱基信息的冗余度(D1(L))和相邻碱基相关信息冗余(D2(L))的方法来分析这些数据.研究结果表明D2(L)比D1(L)含有更多的信息,尽管在各个组里面D1(L)和D2(L)值的变化基本呈正相关.病毒的前体miRNA比来源于动物和植物的前体miRNA在这些关键位点上更具有保守性.另外,和其他碱基相比,U在所研究的位点中占有很大比例.研究发现在一些组的中间位点(即Dicer酶在前体miRNAs上的剪切位点)十分保守.这个现象表明保守性在miRNAs的成熟过程中很重要,而且可能参与了Dicer酶的识别和剪切过程.以上这些结果从另外一个角度理解了miRNA前体的一级结构.
- 杜江峰武永军张银霞吴磊陶士珩
- 关键词：MIRNA保守性信息熵前体进化
- MicroRNA重要位点的信息熵分析和高粱microRNA及其靶基因预测
- 本文主要做了两方面的研究。一方面用信息熵的方法研究了miRNA前体和成熟体序列上重要位点的保守性和相关性。另一方面使用对比计算和二级结构预测高粱体中新的miRNAs和它们的靶基因。 MicroRNAs(miRNAs)是在...
- 杜江峰
- 关键词：MICRORNA保守性信息熵高粱
- 文献传递
- 生物信息方法预测高粱miRNA及其靶基因被引量：5
- 2010年
- miRNAs是新发现的一类长约21个碱基对的非编码RNAs.它们在转录后基因调控中起着重要作用.它们的靶目标涉及许多生物进程,如发育、新陈代谢、胁迫应答等.尽管已经有大量物种的miRNAs报道,然而关于高粱miRNAs的相关报道却十分有限.本研究通过基于基因组勘测序列(GSS)的同源序列搜索和miRNAs的二级结构分析,总共发现17条新的miRNAs.它们不均等的分布于11个miRNAs家族中.一些miRNAs的基因存在多位点并且不仅仅存在于单一基因位点上.大多数miRNAs存在同一生物界的保守性,但是我们发现,高粱sbi-miR127和sbi-miR466分别表现出与人类(H.sapiens)和家鼠(M.musculus)具有高度序列相似性.通过靶基因预测软件MiRU对miRNAs的分析表明,它们可能调节64种靶基因,其中多数涉及RNA加工、新陈代谢、细胞周期、蛋白质降解、胁迫应答及转录.在11个miRNAs家族中至少有7个miRNAs的靶目标是NADPH-细胞色素p450还原酶、核苷二磷酸激酶、超氧化物歧化酶等一些在新陈代谢和胁迫应答中必要的蛋白,说明miRNAs在这些过程中起着十分重要的作用.
- 杜江峰武永军方晓峰曹君霞赵亮陶士珩
- 关键词：微小RNA高粱靶标
- 生物信息法预测高粱miRNA及其靶基因
- miRNAs是长约21个碱基对的新发现的一类非编码RNAs。它们在转录后基因调控中起着重要作用。它们的靶目标涉及许多生物进程,例如发育、新陈代谢、胁迫应答等。尽管已经有大量许多物种的miRNAs报道,高粱的miRNAs的...
- 杜江峰方晓峰陶士珩武永军
