庞国兴
- 作品数：3 被引量：42H指数：2
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程重要方向项目国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 坛紫菜(Porphyra haitanensis)丝状孢子体EST的获取及其生物信息学分析被引量：26
- 2005年
- 采用改进的一步法提取坛紫菜丝状孢子体的总RNA,构建了坛紫菜丝状孢子体的cDNA文库,对测序得到的EST进行分析并与条斑紫菜的EST相比较。结果表明,cDNA文库共包含2.5×105个克隆,测序得到490个EST,其中275个与已知功能基因同源,占56.1%,260个EST与已知的条斑紫菜EST同源,占53.0%。使用GO(Gene Ontology)分类方法对275个EST进行分类,其中226个可归属于细胞组分(Cellular component)、分子功能(Molecular function)和生物学过程(Biological process)三个大类,而其余49个则为未知功能的EST。挑选出与条斑紫菜同源性高的28个EST,这些EST所包括的密码子数为3221个,发现密码子第三位的平均GC含量远高于第一位的平均GC含量和第二位的平均GC含量。统计坛紫菜丝状孢子体3221个密码子的使用频率,发现同义密码子第三位碱基偏好使用G或C。
- 庞国兴王广策胡松年曾呈奎
- 关键词：坛紫菜ESTGC含量密码子
- 坛紫菜丝状孢子体EST的获取、生物信息学分析及功能基因的克隆和序列测定
- 本文采用改进的一步法从坛紫菜丝状孢子体中提取总RNA，使用Oligotex mRNA Kits(QIAGEN) 分离mRNA，经过一系列酶促反应合成双链cDNA，通过QIAEXII GEL Extraction Kit ...
- 庞国兴
- 关键词：坛紫菜CDNA文库GC含量
- 文献传递
- 青岛和大连海区海带（Laminaria japonica）外生细菌的16SrRNA基因序列分析被引量：16
- 2004年
- 从采集自青岛和大连的大型褐藻海带(Laminaria japonica)表面分离到22株革兰氏阴性海洋细菌。根据16SrRNA基因序列分析结果，将其分别鉴定为假交替单胞菌(Pseudoalteromonas，Cobetia)菌，嗜冷单胞菌(Psychromonas)，交替单胞菌(Alteromonas)，产碱杆菌(Alcaligens)和海杆菌(Marinobacter)。其中假交替单胞菌在两地样品中占据绝对优势，但每个产地的假交替单胞菌不能单独聚类在一起，不同海区的海带表面存在遗传关系非常接近的菌株。假交替单胞菌之外的其他菌株于两地样品之间存在种或属水平上的差异。本文结果提示外生细菌的种类既与环境相关，又受宿主的状况影响。对8株受试菌株的拮抗实验结果显示了外生细菌在寻找新型抗生素方面的潜力。
- 徐涤秦松庞国兴崔洪霞王鹏
- 关键词：RDNA基因基因序列假交替单胞菌
