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孙悦娜

作品数：11 被引量：119H指数：6
供职机构：浙江海洋学院海洋科学与技术学院更多>>
发文基金：浙江省自然科学基金国家自然科学基金上海市教育委员会重点学科基金更多>>
相关领域：生物学农业科学更多>>

合作作者

文献类型

  • 11篇中文期刊文章

领域

  • 8篇生物学
  • 4篇农业科学

主题

  • 4篇鮸鱼
  • 2篇对虾
  • 2篇多态
  • 2篇多态性
  • 2篇序列标签
  • 2篇沼虾
  • 2篇日本囊对虾
  • 2篇日本沼虾
  • 2篇微卫星
  • 2篇微卫星标记
  • 2篇细胞色素B
  • 2篇基因
  • 2篇EST序列
  • 2篇表达序列标签
  • 1篇单核
  • 1篇单核苷酸
  • 1篇单核苷酸多态
  • 1篇单核苷酸多态...
  • 1篇淡水湖
  • 1篇蛋白

机构

  • 8篇浙江海洋学院
  • 2篇上海水产大学
  • 1篇上海海洋大学

作者

  • 11篇孙悦娜
  • 8篇徐田军
  • 8篇王日昕
  • 4篇石戈
  • 3篇冯建彬
  • 3篇李家乐
  • 2篇廖智
  • 1篇申望
  • 1篇孙典巧
  • 1篇汤达
  • 1篇王健鑫
  • 1篇赵盛龙
  • 1篇程熙
  • 1篇赵匡慈

传媒

  • 3篇浙江大学学报...
  • 2篇动物学杂志
  • 1篇海洋渔业
  • 1篇动物分类学报
  • 1篇海洋与湖沼
  • 1篇遗传
  • 1篇水产学报
  • 1篇水生生物学报

年份

  • 1篇2013
  • 1篇2012
  • 3篇2011
  • 2篇2010
  • 1篇2009
  • 1篇2008
  • 1篇2007
  • 1篇2006
共 11 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
我国五大淡水湖日本沼虾线粒体COI基因部分片段序列比较被引量：43
2008年
对我国五大淡水湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得578bp核苷酸片段,发现49个变异位点,得到35个单倍型,包括7个共享单倍型,各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性,其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.3187(P<0.05),群体间具有较高的遗传分化。MEGA3.1软件计算五群体的Kimura2-paramter遗传距离,洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191,巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051。以同属胖掌沼虾(Macrobrachium inflatum)为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树,结果显示洞庭湖和鄱阳湖为一族群,太湖、巢湖和洪泽湖为一族群。
冯建彬孙悦娜程熙李家乐
关键词：日本沼虾
鮸鱼EST序列中微卫星标记的初步筛选及特征分析被引量：16
2011年
为大规模发掘和利用Ⅰ型微卫星标记,通过建立全长均一化cDNA文库和随机序列测定,对鮸鱼转录基因组进行较大规模的微卫星序列特征分析和初步筛选。研究从4609条高质量ESTs中筛选到382条微卫星序列,筛出率为8.29%,平均每318 bp的ESTs中就有一段不小于14 bp的微卫星序列。筛选到的微卫星全部在低拷贝区间,且重复类型丰富,其中,二核苷酸和三核苷酸重复类型出现频率较高,分别占微卫星总序列的37.43%和32.98%。这两种类型的微卫星序列占到所有微卫星序列数目的70.41%,而每种重复类型中的优势拷贝类型又存在差异,两核苷酸微卫星中AC型含量最高,达到75.4%;三核苷酸重复的优势重复类型是A、G组合的基元重复类型(AAG和AGG),占三核苷酸类型的44.75%。根据设计的45对引物的多态检测,在可以扩增的33对引物中筛选到9个多态位点,多态位点的比例达到20%。这表明黑鮸EST-SSR中的多态位点比较丰富,适于进行大规模EST-SSR多态标记的筛选。以上结果为近缘物种间的微卫星分布频率和丰度的比较、鮸鱼及近缘物种可用Ⅰ型微卫星标记开发等工作提供基础和分析平台。
孙典巧孙悦娜王日昕徐田军
关键词：鮸鱼EST-SSR多态性
日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化被引量：30
2007年
通过对日本沼虾(Macrobrachium nipponense)3个群体线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行扩增和测定,得到长度为495bp的片段,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为28.6%、36.1%、22.7%和12.5%,AT含量明显高于GC含量。通过对日本沼虾16SrRNA基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在3个群体中只有5个位点发生转换。另外,利用其454bp的同源序列,以中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)为外群探讨了沼虾属日本沼虾、罗氏沼虾(M.rosenbergii)等8种沼虾的系统进化关系。用MEGA3.1软件中的NJ法构建的分子进化树,日本沼虾3个群体先聚在一起后与海南沼虾聚在一起;另外,罗氏沼虾与马氏沼虾、短腕沼虾与贪食沼虾亲缘关系较近先聚在一起,然后再与大臂沼虾和等齿沼虾聚在一起,最后才与外群中国明对虾聚在一起。
孙悦娜冯建彬李家乐聂式忠
关键词：日本沼虾RRNA基因系统进化沼虾属
基于髭鲷属鱼类Cyt b基因全序列探讨髭鲷属在鲈总科的分类地位被引量：8
2010年
为探讨髭鲷属鱼类的分类地位,克隆了两种髭鲷属鱼类(横带髭鲷和斜带髭鲷)的线粒体Cytb基因全长序列,并利用线粒体Cytb基因序列分析了鲈总科6个科29种的分子系统进化关系。结果表明:髭鲷属与石鲈科的其他5个属的遗传距离超过了科间水平的遗传距离,存在较远的遗传分化。29种鲈总科鱼类分成了两大类群,石鲈科的矶鲈属、仿石鲈属、厚唇椒鲷属、异孔石鲈属和石鲈属的物种聚为一起形成石鲈科的一个独立分支,与亲缘关系较近的鲷科、梅鲷科和笛鲷科形成一个类群;而隶属于石鲈科的髭鲷属与石鲷科及雀鲷科形成另一个类群。髭鲷属与其他石鲈科鱼类的亲缘关系已经超过了科间的遗传分化水平,而在遗传距离及系统进化分析上髭鲷属仍然隶属于鲈总科。本研究支持将髭鲷属提升为髭鲷科的观点。
徐田军王健鑫孙悦娜石戈王日昕
关键词：细胞色素B遗传进化
我国东南沿海日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)4个养殖群体遗传分化及其遗传结构分析被引量：2
2009年
对我国东南沿海日本囊对虾的4个养殖群体广东群体(GD)、台湾群体(TW)、福建群体(FJ)和浙江群体(ZJ)的线粒体细胞色素b基因片段进行PCR扩增,对产物进行测序后分析。经比对获得552bp的核苷酸序列,发现了52个变异位点,得到了50种单倍型。广东、台湾、福建和浙江群体的核苷酸多样性依次分别为0.0082、0.0044、0.0137、0.0045,各群体均存在较好的单倍型多态性和核苷酸多态性。群体遗传分化分析表明各群体间保持着一定的遗传差异,其中福建群体与其它群体之间存在明显的遗传分化。采用MEGA软件计算了群体间的遗传距离,福建群体与广东群体间的遗传距离最远0.012,台湾群体与浙江群体间的遗传距离最小为0.005。以其它4种对虾为外群构建了4个群体的NJ系统进化树,结果显示台湾群体与浙江群体最先聚为一组群。
徐田军王日昕孙悦娜申望廖智赵匡慈
关键词：日本囊对虾细胞色素B遗传分化
虾虎鱼类线粒体全基因组序列结构特征分析及系统发育关系探讨被引量：17
2013年
虾虎鱼类体态变异大、体型小、种类多,形态鉴定及谱系分类较为困难。为深入开展虾虎鱼类的鉴定、分类及遗传进化等研究,文章对已获得的26种虾虎鱼线粒体全基因组进行分析。结果发现,虾虎鱼类线粒体基因组的基因组成及排列模式与大多数脊椎动物线粒体基因组特征基本一致;由于不同物种的控制区存在不同数量的重复序列而导致基因组序列长度存在明显的差异;26种虾虎鱼线粒体全基因组序列及不同基因中A+T的含量均超过50%,并存在碱基G偏倚现象。基于37个编码基因序列,利用Kimura双参数法计算遗传距离,发现矛尾刺虾虎鱼与斑尾刺虾虎鱼、斑纹舌虾虎鱼与钝吻舌虾虎鱼分别为同种异名。通过对26种虾虎鱼线粒体基因组控制区序列的比较,识别了终止结合序列区、中央保守区及保守序列区。利用26种虾虎鱼线粒体基因组的36个编码基因序列构建系统发育树,发现部分聚类结果不同于传统的形态学分类方式,虾虎鱼科中的5个亚科出现了明显的分化,近盲虾虎鱼亚科、背眼虾虎鱼亚科、瓢虾虎鱼亚科亲缘关系较近而聚成一大支,然后与拟虾虎鱼亚科种类形成姐妹类群,虾虎鱼亚科与其它的4个亚科亲缘关系较远,单独成为一个类群。根据分子钟估算结果推测虾虎鱼科物种可能起源于始新世晚期至渐新世时段,在中新世进一步分化为具有现代表征的虾虎鱼种类。
金逍逍孙悦娜王日昕汤达赵盛龙徐田军
关键词：线粒体基因组结构特征系统发育基因组学
鮸鱼EST-cSNP位点发掘及其特征分析被引量：2
2011年
为发掘鮸鱼的EST-cSNP位点,以测序获得的鮸鱼脾脏4 609条高质量表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列为源序列,利用Vector NTI 11.0软件拼接出707条重叠群(contig)序列,检测到209个可信度高的编码区单核苷酸多态性(coding-region single nucleotide polymorphism,cSNP)位点;SNP位点数在包含SNP序列中的发生概率为0.743%,在209个SNP位点中包含114个碱基转换位点、74个碱基颠换位点和21个插入缺失位点,转换与颠换比为1.54;对所鉴定的SNP位点的相关序列进行基因注释表明,这些序列包括一批与免疫抗逆相关的基因,例如主要组织相容性复合体、免疫球蛋白、T细胞受体以及各类蛋白酶等.说明所发掘的SNP将有助于促进鮸鱼的分子遗传学及分子辅助育种研究.
徐田军孙悦娜石戈王日昕
关键词：鮸鱼表达序列标签单核苷酸多态性
鮸鱼全长均一化cDNA文库的构建及EST序列信息学分析
2011年
采用双链特异性核酸酶（DSN）均一化技术与SMART技术相结合,以经过鳗弧菌感染后获得的鮸鱼脾脏材料构建均一化全长cDNA文库.该原始文库约含有7.5×106个重组子,插入片段在1~3kb之间,文库滴度为1.6×106CFU·mL-1.从文库中随机挑选5 952个克隆进行测序,共获得5 053条表达序列标签（EST）,其中高质量序列4 609条.对序列进行组装后,发现非冗余基因序列3 221条,重叠群656个,单拷贝序列2 565条,冗余率为30.11%.对全部序列分析后发现,其平均读长为550 bp,大部分序列长度在500~599 bp之间,GC含量大部分分布于40%~60%之间.1 397个基因能够进行GO（geneontology）功能注释,并初步筛选到大量与免疫功能相关的蛋白家族及功能域的基因序列,为进一步鮸鱼分子育种奠定了基础.
徐田军孙悦娜石戈王日昕
关键词：鮸鱼脾脏表达序列标签
微卫星标记技术在虾类分子遗传学研究中的应用被引量：8
2006年
微卫星是一种新型的分子标记。本文分析总结了近年来微卫星技术在虾类遗传多样性、亲缘关系鉴定、遗传结构和遗传变异及遗传连锁图谱构建和基因定位等方面的研究进展情况。
孙悦娜冯建彬李家乐
关键词：微卫星标记虾类分子遗传遗传连锁图谱
鮸鱼应激蛋白STI1基因克隆及表达分析被引量：1
2012年
根据获得的鮸鱼应激蛋白(stress-inducible protein I,STI1)基因的EST序列,克隆测序获得鮸鱼STI1基因的全长cDNA序列。鮸鱼STI1基因全长为2 194bp,包括5’非翻译区31bp,3’非翻译区634bp,开放阅读框1 629bp,编码542个氨基酸。根据氨基酸序列推测鮸鱼STI1分子中含有5个酪氨酸激酶磷酸化位点,1个多聚脯氨酸识别位点,2个核定位信号识别位点,9个TPR结构域。对物种间STI1基因比对表明,鮸鱼存在保守的半胱氨酸位点,与其他物种STI1基因的相似性在76.5%～94.3%之间。用邻接法构建的STI1基因的系统发育树表明,硬骨鱼类的STI1基因形成独立的一支,其中鮸鱼与大黄鱼的STI1基因同源性最高。荧光定量PCR结果显示,鮸鱼STI1基因的mRNA主要分布于肌肉和肾脏中。
孙悦娜徐田军石戈王日昕
关键词：鮸鱼应激蛋白克隆
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