姜毅
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：湖南科技大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：湖南省普通高等学校教学改革研究项目博士科研启动基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于BLAST与比较基因组学方法计算鉴定青鳉鱼的microRNA前体被引量：3
- 2014年
- microRNA（miRNA）是一类长度为18～25 nt的单链小分子RNA。它可以调控基因的表达调控。通过与目标mRNA的特定位点的结合,从而抑制蛋白质的翻译或诱导该mRNA的降解。目前鱼类miRNA方面以斑马鱼miRNA的研究较多。为发掘另一种鱼类模式生物——青鳉鱼（Oryzias latipes,medeka）的miRNA,利用BLAST同源搜索方法与比较基因组学方法,并根据成熟miRNA的序列保守性以及miRNA前体（premiRNA）的二级结构的特征,对该模式生物的pre-miRNA进行了计算鉴定与分析。通过与miRBase19中已经发布的miRNA进行比较,在青鳉鱼基因组中共找到了56条新序列。设定miRNA基因间距的阈值为5000nt,新发现的与已知的pre-miRNA共形成31个基因簇。同时,这56条新发现的pre-miRNA可以划分到33个已知的基因家族中,并分析了新发现的、保守miRNA的靶标与功能。
- 刘沅郑新娟姜毅孙远东罗野婯谭树华金元昌严明理袁志栋
- 关键词：MIRNABLAST比较基因组学
- 短尾负鼠microRNA前体的计算鉴定与分析
- 2013年
- 目前,关于microRNA(miRNA)的研究越来越多,但是有关负鼠miRNA的研究却相对较少.为了研究灰色短尾负鼠(Monodelphis domestica)的miRNA,以人和小鼠的miRNA为参考序列,分别利用BLAST、比较基因组学两种方法获得可能的短尾负鼠前体序列(pre-miRNA),并各自用机器学习方法分类鉴定,取这两个结果的交集即得到54条新的短尾负鼠pre-miRNA.将这些新发现的pre-miRNA与miRBase19中已经报道的156条pre-miRNA序列合并,设置miRNA基因间距为5 000 bp时,这些miRNA基因可以形成26个基因簇.这些新发现的miRNA均位于编码基因的间区,同时除部分外,新发现的miRNA基因可以归类到31个已知的miRNA家族.最后,计算分析了保守的新发现的39个miRNA基因的靶基因及其功能.
- 姜毅罗野婯刘沅郑新娟孙远东袁志栋
- 关键词：MIRNABLAST比较基因组学
