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计明娟

作品数：18 被引量：66H指数：5
供职机构：中国科学院研究生院更多>>
发文基金：国家自然科学基金更多>>
相关领域：理学医药卫生化学工程生物学更多>>

合作作者

文献类型

  • 18篇中文期刊文章

领域

  • 12篇理学
  • 3篇医药卫生
  • 2篇化学工程
  • 1篇生物学

主题

  • 11篇分子
  • 6篇动力学
  • 6篇动力学模拟
  • 6篇分子动力学
  • 6篇分子动力学模...
  • 4篇分子筛
  • 3篇抑制剂
  • 3篇制剂
  • 3篇糖尿
  • 3篇糖尿病
  • 3篇计算机
  • 3篇计算机模拟
  • 2篇电势
  • 2篇定量构效关系
  • 2篇定量构效关系...
  • 2篇药物
  • 2篇英文
  • 2篇中苯
  • 2篇三维定量构效...
  • 2篇脑啡肽

机构

  • 12篇中国科学院研...
  • 8篇北京大学
  • 6篇中国科学技术...
  • 1篇北京工业大学
  • 1篇清华大学

作者

  • 18篇计明娟
  • 11篇叶学其
  • 8篇徐筱杰
  • 7篇侯廷军
  • 5篇杨鹏程
  • 3篇潘咏梅
  • 3篇赵柱流
  • 3篇崔巍
  • 2篇朱丽荔
  • 2篇成元华
  • 2篇张怀
  • 2篇颜达予
  • 2篇张卓娅
  • 1篇刘辉
  • 1篇章威
  • 1篇刘兴云
  • 1篇赵柱流
  • 1篇魏卓
  • 1篇邝平先
  • 1篇王俊梅

传媒

  • 10篇物理化学学报
  • 3篇化学学报
  • 2篇中国科学院研...
  • 1篇高等学校化学...
  • 1篇Chines...
  • 1篇有机化学

年份

  • 1篇2012
  • 3篇2009
  • 1篇2005
  • 1篇2004
  • 2篇2003
  • 1篇2001
  • 3篇2000
  • 2篇1999
  • 2篇1998
  • 1篇1997
  • 1篇1996
共 18 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
芳香类化合物在ITQ-1分子筛中吸附特性的蒙特卡罗模拟被引量：5
2001年
用巨正则统计系综蒙特卡罗模拟研究了苯、甲苯以及间二甲苯分子在ITQ 1分子筛中的吸附特性 .从这 3种分子的粒子分布云图上 ,可发现分子的扩散和吸附主要在十二元环超笼内发生 ,在十元环通道内的吸附和扩散则相对较难 .从一系列不同压力下的蒙特卡罗模拟还预测了 3种分子的吸附等温线 ,预测结果与实验结果相符 .这 3种分子在一定压力下 ,都可通过十元环通道或连接十二元环超笼的十元环窗口到达分子筛孔道内部 ,达到较好的吸附平衡状态 .
侯廷军朱丽荔徐筱杰计明娟叶学其
关键词：芳香类化合物
苯并呋喃/噻吩联二苯类PTP1B抑制剂三维构效关系研究被引量：8
2003年
主要采用比较分子力场分析方法 (CoMFA)对苯并呋喃 /噻吩联二苯类PTP1B (proteintyrosinephosphatase 1B)抑制剂进行了三维构效关系的研究 ,考察了静电场、立体场和氢键场对构效关系的影响 .交叉系数q2 的值达到 0 .5 8,表明CoMFA得到的构效关系模型比较理想 .同时testset中分子的预测活性也表明 ,模型具有较好的预测能力 .研究还表明 ,氢键场的加入不一定有利于模型的改善 .通过对分子场等值面图的分析 ,可以观察到叠合分子周围立体场和静电场对化合物活性的影响 ,为改进原有化合物的结构 ,提高它们的活性提供了指导 .还尝试采用比较分子相似性指数分析方法 (CoMSIA)对这一系列化合物作了研究 ,结果表明虽然CoMSIA中加入了疏水场 ,但是对于研究的体系 。
潘咏梅计明娟叶学其邝平先
关键词：苯并呋喃COMFA糖尿病治疗药物
马来酰胺类糖原合成酶激酶-3β抑制剂的分子对接和三维定量构效关系(英文)被引量：5
2009年
通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对48个化合物做三维定量构效关系的分析.两种方法得出的交互验证回归系数分别为0.669(CoMFA)和0.683(CoMSIA),证明该模型具有很好的统计相关性,同时也说明该模型具有较高的预测能力.根据该模型提供的信息,设计出9个预测活性较好的分子.
魏卓张怀崔巍计明娟
关键词：糖原合成酶激酶3Β三维定量构效关系分子对接
新型二氟甲基磷酸类酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B抑制剂的分子动力学模拟和结合自由能计算(英文)被引量：2
2009年
通过分子对接建立了一系列含二氟甲基磷酸基团(DFMP)或二氟甲基硫酸基团(DFMS)的抑制剂与酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B(PTP1B)的相互作用模式,并通过1ns的分子动力学模拟和molecular mechanics/generalized Born surface area(MM/GBSA)方法计算了其结合自由能.计算获得的结合自由能排序和抑制剂与靶酶间结合能力排序一致;通过基于主方程的自由能计算方法,获得了抑制剂与靶酶残基间相互作用的信息,这些信息显示DFMP/DFMS基团的负电荷中心与PTP1B的221位精氨酸正电荷中心之间的静电相互作用强弱决定了此类抑制剂的活性,进一步的分析还显示位于DFMP/DFMS基团中的氟原子或其他具有适当原子半径的氢键供体原子会增进此类抑制剂与PTP1B活性位点的结合能力.
崔巍张怀计明娟
关键词：分子动力学模拟
分子筛模型中非骨架离子位置的研究被引量：1
1998年
从理论上研究了非骨架阳离子可能的分布位置．计算了分子筛晶体基本结构单元在整个空间的静电势分布，找出空间中静电势的各个极小点．在静电势最低点逐个放置钠离子，优化，重新计算模型分子筛的电势分布．研究了阳离子放置过程中静电势变化的趋势．
杨鹏程叶学其计明娟赵柱流张卓娅侯廷军徐筱杰
关键词：静电势分子筛计算机模拟晶体
基于遗传算法的PTP1B抑制剂的二维定量构效关系研究被引量：1
2003年
利用遗传算法,并结合线性回归和交叉验证方法,对一系列43个苯并呋喃/噻吩联二苯类PTP1B抑制剂作了二维定量构效关系的研究.计算得到了一组效果较好的定量构效关系模型.模型不仅具有好的回归能力,而且还具有很好的预测能力.同时,通过分析在遗传优化过程中参数在精华种群中所占的比例,还得到了可能对活性影响较大的成分.计算结果表明,分子的4个参数:lgP(分配系数)、Area(表面积)、MW(分子量)以及Dip(偶极距)是影响化合物活性的最重要的参数,这对抑制剂的设计和改造提供了指导.
潘咏梅计明娟
关键词：遗传算法糖尿病药物
模型分子筛对水分子的吸附被引量：1
2000年
用PM3半经验量子化学方法研究了模型分子筛对水分子吸附的性质.通过模拟计算确定了两个低能吸附位点及相应的吸附热,结果与实验值非常接近.同时,从两个不同低能吸附位点可以看出,大笼内的吸附流动性比β笼内的流动性好,即对水分子的吸附有较宽的区域.
计明娟杨鹏程叶学其侯廷军徐筱杰
关键词：计算机模拟水分子
葡萄糖苷酶抑制剂作用机理的分子动力学模拟和自由能计算(英文)被引量：6
2012年
含有锍离子的葡萄糖苷酶抑制剂如kotalanol(SK)和它除去磺酸基团后的衍生物(DSK),是潜在的毒副作用较小的治疗Ⅱ型糖尿病的候选药物.α-葡萄糖苷酶抑制活性实验显示,DSK活性比SK略高,而将二者环上的S原子替换成NH后(分别称为DSN和SN),DSN的活性要比SN高1500倍左右.本文用分子动力学模拟,结合自由能计算和自由能分解的方法对上述四个抑制剂的作用机理进行了研究.研究结果表明活性的巨大差异是由NH基团取代效应和磺酸基团立体效应共同作用的结果,由于N―C键长比S―C键长短,NH基团取代导致烷基链的翻转,同时,磺酸基团限制了链的翻转,因此改变了抑制剂的结合模式.计算结果与实验基本一致.本文的研究结果有助于进一步理解含锍离子的葡萄糖苷酶抑制剂的结合机理,并为设计更有潜力的葡萄糖苷酶抑制剂提供了有价值的信息.
罗芳高剑成元华崔巍计明娟
关键词：葡萄糖苷酶抑制剂分子动力学模拟
MCM-22型分子筛中苯分子吸附行为的分子动力学模拟被引量：20
2000年
用分子动力学方法研究了纯硅 ＭＣＭ－２２型分子筛（ＩＴＱ－１）中苯分子的吸附行为．计算结果 表明，模拟采用刚性骨架或柔性骨架对苯分子的扩散系数并没有大的差别，这表明在较低吸附值 的情况下，分子筛骨架的柔性对苯分子吸附和扩散并没有产生大的影响．从吸附质的分子运动轨 迹上看，苯分子的扩散和吸附主要发生在１２元环超笼内，而通过１０元环窗口从一个超笼扩散到 附近的超笼时则需要较高的激发能量．在吸附质的运动过程中，Ｓ１位点和Ｓ２位点附近成对苯分 子之间会产生较强的π－π堆积力，为了使体系在能量上处于最佳，吸附质之间在运动上会保持很 强的协同效应．
侯廷军朱丽荔徐筱杰计明娟叶学其
关键词：分子动力学苯
甲硫氨酸脑啡肽的活性位点
2000年
用AM1方法中计算静电势的PMEP子程序研究了甲硫氨酸 脑啡肽的活性位点.通过计算得到了整个分子的三维空间静电势分布和由静电势导出的各原子的电荷分布.进一步分析,确定模型分子活性位点为酪氨酸残基的叔氮原子和苯酚基、苯丙氨酸残基的苯基及部分氧原子.它们分别以静电作用、疏水作用、氢键作用提供与受体分子相识别的作用位点.所有结果分析与麻醉镇痛药物的分子药效图象和前文的分子动力学模拟结果相吻合,证明用静电势和由静电势导出的各原子的电荷来研究药物分子活性位点是一种更定量化的和更有效的方法.
计明娟杨鹏程
关键词：静电势AM1活性位点麻醉药
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