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宋忠魁: 作品数：26 被引量：72H指数：5; 供职机构：广西海洋研究所更多>>; 发文基金：广西海洋生物技术重点实验室主任基金广西壮族自治区科学研究与技术开发计划广西壮族自治区自然科学基金更多>>; 相关领域：生物学农业科学环境科学与工程轻工技术与工程更多>>

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广西茅尾海2种养殖牡蛎重金属含量评价被引量：11: 2011年; [目的]监测广西茅尾海2种养殖牡蛎重金属含量,评价其食用安全程度和养殖环境质量。[方法]以微波消解法消解样品,联合使用等离子体质谱仪和等离子体发射光谱仪测定广西茅尾海的有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)和香港巨牡蛎(C.hongkongensis)的Cu、Zn、Cd、Cr、Hg、As、Se和Pb共8种重金属的含量。使用5类评价标准并结合采用单项质量指数法和综合质量指数法进行评价。[结果]茅尾海2种牡蛎重金属污染严重,食用价值受到严重威胁。[结论]当前无公害海水养殖用水水质评估和海洋生物质量评估标准有待修订。; 宋忠魁; 关键词：牡蛎重金属

拟穴青蟹ISSR-PCR条件的优化被引量：3: 2010年; 分析DNA模板、Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶及甲酰胺、二甲基亚砜等对拟穴青蟹ISSR-PCR反应的影响。研究结果确定了获得清晰条带的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶的浓度范围分别为:模板DNA 8～50 ng/μl,Taq DNA聚合酶0.75～1.0 U,Mg2+1.0～2.0mmol/L(与引物密切相关),dNTP 0.15～0.20 mmol/L,引物浓度0.6～0.8μmol/L。甲酰胺的添加并不能优化拟穴青蟹ISSR-PCR反应结果,而低浓度的二甲基亚砜可提高扩增产物的清晰度,但与引物相关。; 蔡小辉彭银辉彭重威周文红赖成民乐宋忠魁; 关键词：拟穴青蟹 ISSR标记

二种体色拟穴青蟹群体ISSR分析被引量：4: 2011年; 应用ISSR分子标记技术分析二种体色拟穴青蟹群体的遗传多样性.10条ISSR引物共扩增出81条带,其中73条表现出多态性,占总条带数的90.12%.暗红色和深绿色拟穴青蟹群体的多态性位点比率分别为81.48%和77.78%,暗红色群体的Nei’s基因多样性指数(He=0.318 9)和Shannon’s信息指数(I=0.469 0)略高于深绿色群体(He=0.305 4,I=0.449 1).群体间的Nei’s遗传相似性(0.948 4)和遗传距离(0.052 9)表明,群体间遗传分化属于种内遗传分化.POPGENE和AMOVA分析表明,总的遗传变异主要来源于群体内个体间,群体间发生中等程度遗传分化,群体间存在强大的基因流.UPGMA聚类图可视化群体间和群体内的遗传变异,显示60个个体并没有按体色聚类.; 蔡小辉宋忠魁彭银辉聂振平赵鹏苏琼; 关键词：海洋生物学拟穴青蟹体色 ISSR

拟穴青蟹(CA)_n微卫星DNA多态性引物筛选被引量：2: 2013年; 利用FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)技术建立拟穴青蟹Scylla paramamosain基因组文库,并与生物素标记的(CA)15寡核苷酸探针杂交,联合磁珠富集法构建拟穴青蟹微卫星富集文库。测序194个阳性菌落,分析其中的150条序列,结果表明:两碱基重复类型占90%以上,其中重复拷贝数在30以上的占27.45%;含微卫星座位189个,其中完美型146个、非完美型28个和复合型15个。设计125对引物扩增一个拟穴青蟹野生群体(含20个个体),其中的19对引物能稳定扩增且片段大小基本符合理论长度。遗传变异分析表明,17个位点表现出高度多态性,16个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),4组两两位点间存在连锁不平衡现象(P<0.0026,经Bonferroni法校正),7个微卫星位点可能存在无效等位基因。若排除混合微卫星位点的引物对以及扩增位点PIC(polymorphism information content)值在0.5以下的引物对,则13对引物能用于拟穴青蟹群体遗传学等研究。; 宋忠魁聂振平王芳宇; 关键词：AFLP 磁珠富集法

广西近江牡蛎风味酶酶解工艺研究被引量：3: 2014年; 以水解度为试验指标,选择料水比、酶解温度、加酶量、pH值、酶解时间等工艺参数作为优化对象,采用单因素试验法和正交试验法开展广西近江牡蛎风味酶酶解工艺优化。单因素试验结果表明,料水比1：2（g/mL）、酶解温度50℃、pH值7.0、加酶量2000 U/g、酶解时间4~6 h等因素组合可使风味酶酶解近江牡蛎达到理想效果。正交试验揭示的风味酶优水平是酶解温度50℃、pH值7.5、加酶量3000 U/g、酶解时间6 h。实验结果为风味酶应用到蚝油生产提供了基础数据。; 宋忠魁谢涛叶开富龙智翔黄一帆林葵黄岛平; 关键词：近江牡蛎风味蛋白酶水解度

广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹群体遗传多样性的RAPD分析被引量：5: 2012年; 采用随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术检测广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹(Scylla paramamosain)6个地理群体的遗传变异和遗传结构,8条10 bp寡核苷酸随机引物扩增99个个体,分析其中的44个位点,31个位点表现出多态性,在种水平的多态位点百分率为70.45%。POPGENE分析结果显示,6个群体的多态位点百分率为29.55%～54.55%,平均为36.97%;群体的遗传多样性自高至低排列为钦州湾群体>党江群体>珍珠湾群体>闸口群体>清化群体>流沙湾群体;群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异,群体间的遗传分化程度较大。AMOVA分析显示,群体内遗传变异占87.03%,群体间遗传变异占12.97%,群体间发生中等程度遗传分化。Mantel检测结果表明,拟穴青蟹6个群体间的遗传距离与地理距离之间的相关性不显著。聚类分析表明,群体间聚类无明显的地域性分布格局。; 孙奉玉宋忠魁赵鹏聂振平苏琼王芳宇; 关键词：拟穴青蟹 RAPD 遗传分化

拟穴青蟹不同大小个体遗传多样性分析被引量：1: 2012年; 在拟穴青蟹(Scylla paramamosain)育种实践中,建立了一种选择个体大小的策略,应用ISSR和RAPD标记技术并以拟穴青蟹雄性个体组建供试群体检验所建立的选择策略的有效性.ISSR与RAPD标记方法的分析数据都表明,大、中、小个体组的几个对应遗传参数值高低依次按中个体组、大个体组、小个体组排列.其基因多样性的Nei’s分析表明,ISSR分析所得到的总遗传多样性(Ht=0.322 3)、平均遗传多样性(Hs=0.270 1)、遗传分化系数(Gst=0.162 2),均高于RAPD分析得出的对应遗传参数值(Ht=0.274 6,Hs=0.233 6,Gst=0.149 3).基于ISSR数据的遗传分化系数表明大、中、小个体组组间遗传分化程度达到较高水平,而基于RAPD数据的遗传分化系数表明大、中、小个体组组间遗传分化程度达到中等水平.上述结果表明应用ISSR标记技术比应用RAPD标记技术能揭示出更加丰富的遗传变异信息.基于ISSR和RAPD分析数据的组间遗传分化系数表明,大个体组与小个体组间的遗传分化系数最高(Gst值分别为0.165 8、0.139 9),与中个体组间的次之(Gst值分别为0.156 6、0.127 2),中个体组与小个体组间的遗传分化系数最低(Gst值分别为0.050 5、0.082 4).基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类分析结果表明,ISSR和RAPD分析数据均支持大个体组优先分离.基于Dice’s系数的个体聚类分析结果也揭示了大个体组个体优先分离并呈现出单独聚类趋势.这表明ISSR与RAPD分析数据均支持了拟穴青蟹个体大小选择策略的有效性.此外,研究结果也表明:拟穴青蟹供试群体遗传多样性高低分布趋势与群体内的不同个体类型的数量分布趋势基本一致,呈正态分布趋势;大个体组的遗传多样性高于小个体组,或小个体组的遗传多样性高于大个体组并不影响大个体组作为育种材料的潜力.; 宋忠魁孙奉玉赵鹏蔡小辉王芳宇聂振平; 关键词：海洋生物学拟穴青蟹育种 ISSR RAPD

一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法: 2010年; [目的]探讨一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法,为开展珍稀贝类的分子生物学研究提供参考。[方法]以文蛤、栉江瑶、翡翠贻贝、香港巨牡蛎、毛蚶为供试材料,以闭壳(合)肌全基因组DNA作为参考,采用常规酚-氯仿法抽提贝类贝腔液基因组DNA,使用生物光度计法、琼脂糖凝胶电泳、目的片段扩增测序验证其质量,并建立系统发育树检测其来源的真实可靠性。[结果]采用常规酚/氯仿基因组DNA提取方法获得的贝腔液DNA质量优于闭壳(合)肌DNA,蛋白质、多酚色素污染较少,完全满足目的片段扩增测序;系统发育进化树则证实了贝腔液并非外源污染。[结论]从贝腔液中获取基因组DNA是完全可行的,并可将其用于目的基因片段的扩增。; 彭银辉王芳宇蔡小辉宋忠魁; 关键词：基因组DNA 系统发育进化树

拟穴青蟹(Scylla paramamosain)微卫星位点开发-基于(AG)12探针杂交被引量：1: 2013年; 采用FIASCO(Fast Isolation by AFLP sequences containing repeats)技术和磁珠富集方法开发拟穴青蟹微卫星位点。结果表明,400bp以下长度的序列含微卫星的概率超过400bp以上长度的序列;从二碱基重复类型到五碱基重复类型,完美型微卫星的概率在增加。利用设计的28对引物扩增一个供试群体,其中12对引物能稳定扩增且片段大小基本符合理论长度,10个微卫星位点表现出高度多态性,9个微卫星位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),两组两两位点间存在连锁不平衡现象(P<0.0042,经Bonferroni法校正)。Micro-checker分析揭示其中的5个微卫星位点可能存在无效等位基因。排除混合微卫星位点的引物对以及扩增位点PIc值在0.5以下的引物对,8对引物能用于拟穴青蟹群体遗传学等研究。; 宋忠魁聂振平谢达王芳宇; 关键词：磁珠富集法拟穴青蟹微卫星

拟穴青蟹群体遗传多样性的ISSR分析被引量：2: 2011年; 采用ISSR技术对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)3个地理群体:福建群体(FJ)、广西防城港群体(FC)和北海群体(BH)的遗传多样性进行检测。用10对ISSR引物对90个个体进行PCR扩增,用POPGENE32计算遗传参数,并用ARLEQUIN软件进行AMOVA分子变异分析。结果共检测到63个位点,多态位点数为56。福建、防城港和北海群体Nei's基因多样性指数(He)分别为0.2670、0.1819和0.2257,Shannon's信息指数(I)分别为0.3945、0.2708和0.3371,遗传多样性水平从高到低依次为FJ>FC>BH。He和I在群体水平上分别为0.2248和0.3341,在物种水平上分别为0.3186和0.4337。拟穴青触32.34%的变异发生在群体间,67.66%的变异发生在群体内,3个群体间的遗传分化系数为0.1542,产生了一定的遗传分化。; 蔡小辉彭银辉宋忠魁阎冰杨家林; 关键词：拟穴青蟹 ISSR

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