杨琳琳 作品数:7 被引量:16 H指数:3 供职机构: 华东理工大学生物工程学院生物反应器工程国家重点实验室 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 教育部“新世纪优秀人才支持计划” 国家科技重大专项 更多>> 相关领域: 医药卫生 化学工程 更多>>
基于通路关联网络研究丹酚酸B治疗心血管疾病的机理 被引量:4 2012年 研究候选药物治疗疾病的作用机制是药物研发过程中的一个重要步骤.目前,运用系统生物学方法对蛋白、药物和疾病相互关联网络的分析加深了对药物治疗疾病机理的理解.然而,针对这些关联网络的分析大都是从基因/蛋白的角度直接关联到疾病层面.考虑到蛋白通常通过参与生理通路实现其自身的生物功能,所以本研究提出了以生物通路关联网络的分析方法,以生物通路为研究视角来研究药物治疗疾病的机理.许多研究表明,丹参主要活性成分丹酚酸B对心血管疾病有良好的疗效.本文在运用药物-蛋白关联网络分析方法的基础上,尝试结合生物通路关联网络去分析丹酚酸B治疗心血管疾病的机理.利用分子对接方法计算得到丹酚酸B的作用靶点,同时通过文献挖掘收集实验验证的丹酚酸B治疗心血管疾病的调控蛋白及目前治疗心血管疾病的西药及靶点数据.利用药物-蛋白关联网络分析发现,丹酚酸B能够通过作用肾素-血管紧张素-醛固酮系统中血管紧张素转化酶和肾素,从而舒张血管,最终调节心血管疾病.通过生物通路关联网络分析发现,丹酚酸B可能通过作用凋亡生理过程、免疫/炎症生理过程、离子迁移生理过程和基础代谢生理过程来调节心血管疾病,并且倾向于调节免疫生理过程.因此,基于通路关联网络的分析方法能够为分析药物的治病机理提供新的视角. 叶立 何园 叶浩 刘雪平 杨琳琳 曹志伟 唐凯临关键词:心血管疾病 丹酚酸B 网络分析 基于靶基因比较MicroRNA与HBV蛋白的作用模式 乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)感染是当前严重威胁人类健康的病毒性疾病之一。我国正处于乙型肝炎的高发地区,是乙肝患者大国。microRNA (miRNA)是一种广泛存在于真核生物中的的内源性单... 杨琳琳关键词:乙肝 MICRORNA 靶基因 GO 网络 文献传递 网络资源链接 活血化瘀类中药抗肝纤维化作用的计算药理探讨 被引量:5 2012年 如何防治肝纤维化是目前备受关注的问题,活血化瘀类中药治疗肝纤维化有良好的效果。研究发现,虽然活血化瘀类中药有效组分结构相似性不高,但是理化性质比较相似。与实验阶段药物和中药数据库中全部活性成分相比,活血化瘀类中药有效组分的化学空间分布更接近已知药物,约90%的有效组分符合Lipinski五规则。基于靶点蛋白作用通路的研究发现,活血化瘀中药通过直接作用或间接影响纤维化相关蛋白,并且多靶点多通路协同作用于多条生物路径,直接抑制TNF或间接调控NF-kappaB是其中典型的两条途径。这些研究结果可为阐明活血化瘀类中药的作用机制提供更多信息,有助于进一步筛选抗肝纤维化作用药物。 刘雪平 杨琳琳 付鹏 唐凯临 曹志伟关键词:活血化瘀 肝纤维化 基于pathway谱对药物重定位的探讨 被引量:6 2012年 新药开发一直面临着高投入低产出的困境.药物重定位(drug repositioning)是解决这一问题的有效方法,因而成为现今药物研究的热点之一.目前流行的方法主要是基于药物小分子的相似性或关联性(化学结构、副作用、表达谱和小分子-蛋白作用关系等),预测药物的新功能.由于仅仅依赖药物-药物之间的关系,这些新功能限制在现有药物的功能空间之内.本研究中提出一种以疾病为导向,基于pathway谱的药物-疾病关联性评估方法来预测药物的新功能.考虑到药物在临床应用中除了作用于预先设定的主要治疗靶点以外,还能作用于其他一些额外的靶点,而这往往是产生副作用或是新的治疗功能的原因.该方法充分利用药物的已有靶点信息,认为药物通过作用于多条疾病相关蛋白影响的pathway,达到调节疾病的病理过程的目的.以2010年全球最热销的8个药做测试,美国食品药品监督管理局(Food and Drug Administration,FDA)批准的主治功能排在前10的位置,超过60%的预测功能可以得到文献的直接支持.它可以作为以往方法的有效补充,为药物的重定位以及毒副作用评估提供一种新的视角. 叶浩 杨琳琳 曹志伟 唐凯临 李亦学关键词:药理功能 基于靶基因比较microRNAs与HBV蛋白的作用模式 被引量:1 2012年 乙型肝炎病毒(hepatitis Bvirus,HBV)感染是当前严重威胁人类健康的病毒性疾病之一.近年来许多研究证实microRNA(miRNA)可以介导宿主与病毒之间的相互作用,阐明miRNA在HBV感染中的作用有助于新型治疗策略的提出.然而,miRNA的多靶点特性限制了其功能研究.为了研究miRNA对HBV的调节机制,本文在靶基因水平上比较了HBV相关miRNA和HBV蛋白的功能谱、采用半定量手段进行分析并从网络层面挖掘其潜在作用模式.结果表明,在靶基因上,miRNA功能较为集中,HBV蛋白的作用效应可能更为广泛;在网络拓扑结构上,miRNA主要通过直接作用于HBV蛋白的靶基因及其邻居节点达到其调节作用;在生理效应上,miRNA在凋亡、细胞周期以及体液免疫的调节上呈现出拮抗HBV蛋白效应的趋势.本研究不仅为miRNA的功能研究提供了一种良好的方法,而且miRNA在HBV感染中的作用模式有助于今后基于miRNA的乙肝治疗方案的提出. 杨琳琳 叶浩 唐凯临 曹志伟关键词:乙肝 MICRORNA 靶基因 GO 网络 活血化瘀中药有效组分抗肝纤维化作用机制的网络分析 目的:肝纤维防治是一国际难题。对抗肝纤维化明确有效的活血化瘀类中药组分进行研究,阐明其主要作用机制,是当务之急。本文尝试使用网络分析方法研究活血化瘀类中药抗纤维化作用,从计算角度多层次分析可能的作用机制。方法:1、活血化... 唐凯临 叶浩 杨琳琳 曹志伟文献传递 螺带-螺杆工业搅拌釜中高粘流体流场的CFD模拟计算 高粘聚合体系的搅拌混合应用广泛,是聚合物合成工业中的关键,但采用实验方法难以得到其流场。螺带搅拌桨及螺带—螺杆组合搅拌桨能在整个搅拌釜内产生较强的搅拌作用,因此常被应用于高粘流体的混合和传热。 本文应用CFD商用... 杨琳琳关键词:高粘流体 模拟计算 CFD软件