方坚松
- 作品数：37 被引量：157H指数：8
- 供职机构：广州中医药大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金“重大新药创制”科技重大专项国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术理学农业科学更多>>
- 沙美特罗防治流感的药物用途
- 本发明属于医药技术领域，涉及平喘药物沙美特罗(Salmeterol)防治流感的药物用途。本发明的创新之处在于药物重定位：研究发现，沙美特罗具有体内、体外具有抗流感病毒作用；具有抗金刚烷胺、奥司他韦耐药毒株的作用。有望成为...
- 刘艾林方坚松郑丽舒许律捷郭鹏飞王喆赵君杜冠华
- 支持向量机（SVM）和贝叶斯等数据挖掘技术在新药发现中的应用
- 2013年
- 在新药研发过程中，针对老年痴呆相关药物靶点如BuChE已发现大量活性化合物，然而用于预测化合物活性的模型并不多见。为了建立化合物活性预测模型，并指导新药筛选与发现，本研究基于药物靶BuChE抑制剂和非抑制剂的结构，应用支持向量机（SVM）、
- 刘艾林方坚松杨然耀刘帼静杜冠华
- 关键词：支持向量机数据挖掘技术新药发现贝叶斯
- 基于化学信息学方法预测药物靶点的研究进展被引量：22
- 2014年
- 网络药理学与多向药理学等新兴学科的出现迫使科学家们重新认识与探索已有药物新的作用机制。药物靶点的预测对阐释药物分子作用机制和老药新用等领域都具有重大意义。本文结合近年来国内外多个课题组的研究成果,主要综述了当前几种基于化学信息学方法预测小分子潜在靶点的方法,包括基于配体结构特征的预测方法、基于蛋白结构特征的预测方法以及基于数据挖掘技术的预测方法,通过应用实例,说明这些方法的优势,并提出今后的发展方向。
- 方坚松刘艾林杜冠华
- 关键词：化学信息学数据挖掘相似性搜索
- 基于UPLC-Q-TOF-MS/MS分析养血清脑丸化学成分与体外抗衰老活性分析被引量：5
- 2024年
- 基于超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)技术,对养血清脑丸(Yangxue Qingnao Wan,YXQNW)的主要化学成分进行分析鉴定。根据质谱信息,用Mass Hunter 10.0分析软件将采集到的准分子离子峰、二级碎片离子结合文献及对照品进行比对。从养血清脑丸中共推测鉴定出131个化合物,包括苯丙素类11个,黄酮类11个,含氮化合物42个,萜类12个,苯酞类17个,醌类23个及其他类化合物15个。应用D-半乳糖(D-gal)诱导的HT22细胞衰老模型,评价了养血清脑丸及养血清脑丸中迷迭香酸、没食子酸、芦丁、7-羟基香豆素、金丝桃苷、香草酸6个化合物的抗衰老活性。通过Beyo ClickTM EdU-555细胞增殖试剂盒从整体及个体的角度观察化合物对HT22细胞的损伤及单个细胞增殖能力的影响,并通过Annexin V-FITC/PI双染细胞凋亡检测试剂盒检测细胞凋亡的情况,最后采用细胞衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒测试化合物抗衰老的作用。该研究对养血清脑丸化学成分进行了较全面的分析,并对其抗衰老作用进行评价,为养血清脑丸进一步开展治疗阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)、头痛、记忆力减退等多种神经系统相关疾病的药效物质基础研究提供科学依据。
- 张洁其符小梅卓越杨金娜郝宁王文佳胡蕴慧方坚松
- 基于网络药理学的生脉散用于COVID-19恢复期治疗的物质基础与作用机制研究被引量：3
- 2020年
- 目的:利用网络药理学方法探索“生脉散(SMS)”用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的物质基础与作用机制。方法:结合中华人民共和国药典并从TCMSP、在线分析平台(ETCM、TCMID、HIT)以及Chemdb数据库搜索SMS复方中每味中药的归经和成分。药物成分潜在靶标通过PharmMapper、DrugBank、E-TCM和Swiss Target Prediction 4个数据库进行预测。然后,运用String数据库进行SMS药物成分靶标与COVID-19之间靶蛋白相互作用关系的分析,接着利用Cytoscape软件进行网络的构建和分析。最后用DAVID和FunRich数据库对候选靶标进行富集分析。结果:生脉散里的3味中药均归属于肺经,从生脉散复方中共筛选出21个符合选择标准的化学成分,主要包括常见的皂苷类化学成分如人参皂苷Rh4、醇类化学成分如β-谷甾醇,木脂素类化学成分如五味子素,另外还有生物碱类、黄酮类和萜类等化学成分。预测得到中药化学成分相关靶标457个,COVID-19靶标51个。通过String分析发现,化学成分中的70个靶标与COVID-19的29个靶标之间存在着紧密的相互作用;通路富集分析表明,候选靶标富集的通路主要包括癌症相关的多条通路、FoxO信号通路、病毒致癌作用信号通路等。结论:SMS中的有效活性成分可能通过作用于CUL2、NUP62、RAE1等多个靶点进而调节多条信号通路来起到抑制新型冠状病毒肺炎作用,研究结果将为进一步研究提供重要信息依据。
- 郭鹏飞方坚松刘艾林
- 关键词：生脉散网络药理学
- 治疗阿尔茨海默病的中药有效成分的网络药理学研究被引量：4
- 2016年
- 目的为了探索用于治疗阿尔茨海默病的中药方剂的网络药理学。方法本文收集了阿尔茨海默病相关的25个作用靶点,以及13种治疗阿尔茨海默病中药方剂,根据单味药出现的频率,从中选取了7种代表性的中草药进行后续研究。结果利用已建立的机器学习分类模型对中草药的化学成分进行作用靶点预测,并构建了化合物-靶点网络,靶点-靶点网络以及靶点-疾病网络来解释中药方剂的多种有效成分的协同作用机制。此外,经过血脑屏障透过性分析及对预测靶点的验证,得到了7个结构具有代表性的多靶点的先导化合物。结论本文应用网络药理学研究了抗阿尔茨海默病的传统中草药有效成分的网络作用机制,为抗阿尔茨海默病的中药临床应用以及多靶点药物设计提供了重要信息。
- 庞晓丛王喆方坚松连雯雯康德赵赢刘艾林杜冠华
- 关键词：阿尔茨海默病中药方剂网络药理学类药性
- 基于大规模比较蛋白质组学的内表型网络揭示阿尔茨海默病的血管功能障碍特征
- 2023年
- 目的基于大规模比较蛋白质组学的内表型网络识别特异性、敏感性、可靠性高的阿尔茨海默病(AD)蛋白标志物,揭示AD的血管功能障碍特征。方法我们提出一种新颖的基于网络的框架,通过大规模比较蛋白质组学分析来识别五种AD病理的内表型特征。首先通过分析来自AD患者和转基因小鼠模型的23套蛋白质组学数据集,揭示了AD内表型的蛋白质组学景观。利用网络近邻法测量AD内表型模块与AD患者皮质、血清和脑脊液的整合蛋白质组学数据集中差异表达蛋白(DEP)的距离显著性,识别AD病理中不同内表型的潜在生物标志物。结果通过整合基因型-脑组织表达RNA-seq数据、全基因组关联研究、单细胞转录组数据和文献证据,重点探讨了包含21个DEP的AD血管功能障碍内表型特征。APP/PS1和MCAO小鼠动物模型实验进一步验证了SEPT5、SNAP25和STXBP1可能作为AD血管功能障碍内表型的候选生物标志物。结论本研究展示了一种有效的网络策略,用于从整合的蛋白质组学数据中推测新的AD标志物,以期揭示AD的不同内表型特征。
- 蔡垂浦代朝方坚松
- 关键词：阿尔茨海默病蛋白质组学
- 治疗阿尔茨海默病的中药有效成分的网络药理学研究
- 目的 为了探索用于治疗阿尔茨海默病的中药方剂的网络药理学。方法 本文收集了阿尔茨海默病相关的25个作用靶点，以及13种治疗阿尔茨海默病中药方剂，根据单味药出现的频率，从中选取了7种代表性的中草药进行后续研究。结果 利用已...
- 庞晓丛王喆方坚松连雯雯康德赵赢刘艾林杜冠华
- 关键词：阿尔茨海默病中药方剂网络药理学类药性
- 补肾方剂治疗阿尔兹海默病的临床及药理机制研究进展
- 2024年
- 阿尔茨海默病(AD)是一种常见的神经退行性疾病,其发病率逐年增长,目前还没有理想的治疗手段,已经成为全球范围内的公共卫生难题。中医认为肾虚是伴随着AD进程的恶化及证候时序演化的关键证候要素,补肾填精益髓是中医治疗痴呆的根本治法。临床研究表明补肾方剂能显著改善轻、中度AD患者的认知功能和日常生活自理能力,且无明显的不良反应发生。其作用机制可能与保护神经,降低脑β淀粉样蛋白(Aβ)水平,抑制炎症因子激活及抗氧化应激等有关。该文综述了补肾方剂治疗AD的临床及药理研究进展,从中医理论及现代医学研究方面探讨了补肾方剂防治AD的优势和不足,以期为中医补肾疗法防治神经退行性疾病提供参考。
- 肖萌张晓莲刘伟杨金娜王文佳胡蕴慧方坚松
- 关键词：补肾方剂药理研究
- 基于网络药理学和分子对接法探索化湿败毒方治疗COVID-19的分子机制研究被引量：8
- 2021年
- 目的利用网络药理学和分子对接技术方法探索"化湿败毒方"抗新型冠状病毒肺炎(CoronaVirus Disease 2019,COVID-19)的分子机制。方法通过多个在线中药数据库检索化湿败毒方中14味中药的归经、化学成分和作用靶点。通过STRING数据库对化湿败毒方药物靶标和疾病靶标之间靶蛋白相互作用关系进行分析并通过Circos Tableviewer、Cytoscape软件进行药物-归经网络、药物-靶点网络和药物靶向蛋白-疾病蛋白(PPI)等网络的构建。接着通过Fun Rich和DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析并基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,通过在线绘图软件Omic Share进行可视化。最后运用CB-Dock分子对接网站软件对新型冠状病毒(SARS-Co V-2)的3CL水解酶(Mpro)以及宿主蛋白ACE2和类药性>0.8的活性成分分别进行对接分析。结果研究发现,化湿败毒方14味中药里有10味中药都相对特异性的归属于肺经,从复方中共筛选出来240个符合标准的化学成分,主要包括常见化合物如黄酮类化合物槲皮素(quercetin)和木犀草素(luteolin)、醇类化合物如豆甾醇(stigmasterol)和β-谷甾醇(beta-sitosterol)以及有机酸如没食子酸(gadelaidic acid)等。其它成分还有酯类、酰胺类和萜类等化学成分;通路富集分析表明,候选靶标富集的通路主要包括与癌症相关的多条通路、B细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、HIF-1信号通路、TGF-beta信号通路等;分子对接结果显示,化湿败毒方中kanzonol F、xambioona dehydroeburicoic acid、cavidine等成分与SARS-Co V-23CL水解酶和ACE2均有较好的亲和作用。结论本文运用网络药理学和分子对接的方法初步探索了化湿败毒方可能通过多成分作用于病毒复制相关靶点和关键宿主蛋白,进而调节机体免疫和代谢通路等多种途径,最后发挥预防和治疗COVID-19的药效作用。
- 郭鹏飞方坚松许律捷张宝月赵君刘艾林杜冠华
- 关键词：网络药理学分子对接
