夏云
- 作品数：19 被引量：51H指数：5
- 供职机构：中国科学院成都生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技支撑计划广西壮族自治区科学研究与技术开发计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术环境科学与工程更多>>
- 一种可视化检测基因序列中单核苷酸多态性位点的反向探针、试剂盒及其检测方法
- 本发明公开了一种可视化检测基因序列中单核苷酸多态性位点的反向探针、试剂盒及其检测方法，反向探针包括H1序列、H2序列、P1序列和G‑四链体结构，H1序列为待检测序列SNP位点5’端的反向互补序列，H2序列为待检测序列SN...
- 涂升斌莫邦辉李辉夏云汪松虎黄维藻刘唤唤左钦月
- 康定湍蛙物种界定被引量：1
- 2015年
- 康定湍蛙Amolops kangtingensis依据多地混合标本订立,其分类地位一直存在争议。本文从居群水平出发,涵盖其多个模式产地及分布区,联合染色体核型、形态数量性状、分子系统发育分析,对其有效性及物种进行界定。结果表明,以新都桥为模式产地的康定湍蛙成立,分布区域大致界定于折多山以西雅砻江流域,海拔3000 m及以上高原地区,而原康定湍蛙大渡河流域各居群应划归四川湍蛙A.mantzorum物种之中。
- 张超华袁思棋夏云曾晓茂
- 关键词：核型主成分分析
- 棘腹蛙线粒体局部重复序列非排序聚类
- 2018年
- 动物线粒体基因组发生局部串联复制后,涉及区域具有多基因拷贝、假基因化、大量插入缺失的特点,难以排序和构建基因树。而不依赖排序的聚类方法理论上可用来归纳和展示这类序列的差异,但未见相关评估和运用。本研究选取棘腹蛙Quasipaa boulengeri 19号个体,以3类常用的基于特定长度(k)子序列集的非排序算法,依次设k值为4、6、8……20,对其轻链复制起点邻近复制区域583~695 bp的序列进行聚类。构建相同个体线粒体1 518 bp蛋白编码序列最大似然树为参照,计算和考查两者间拓扑结构距离和差异。所评估的28种算法中,半数可在主要为8的特定k值下产生和最大似然树拓扑结构相差仅2个节点(11.8%)的聚类树,部分算法在不同k值下均表现不佳,较小的k值(4)适合解析差异程度相对较高的序列间关系。这些结果例证了动物线粒体重复序列非排序聚类的可行性,其中的算法、k值理想组合可能适合类似系统。建议对其他类型的复制重排系统进行类似评估。
- 曹跃夏云郑渝池
- 关键词：棘腹蛙线粒体DNA聚类
- 中药材蛤蚧的特异性PCR鉴定被引量：8
- 2012年
- 以线粒体Cytb、COI、12SrRNA、16SrRNA基因序列为基础,探讨特异性PCR技术鉴定蛤蚧及伪品的可行性。本研究以所扩增的16条COI序列为引物设计依据序列设计了1对位点特异性引物COISF,COISR,同时从Gen-Bank上下载30条序列,设计了CytbSF,CytbSR;16S rRNASF,16S rRNASR;12S rRNASF,12S rRNASR另外3对位点特异性引物,因此共用4对位点特异性引物分别扩增蛤蚧及伪品实验样本。结果表明在复性温度为65℃时,4对引物都出现了理想的结果,即蛤蚧正品出现了扩增条带,而伪品没有扩增条带。同时对市售的蛤蚧商品进行了检测,在所供的7号标本中,有4号为蛤蚧正品,其余3号为蛤蚧伪品。本研究所设计的位点特异性引物可快捷、准确的鉴定蛤蚧及伪品,且在药检工作中具有极大的应用前景。
- 顾海丰夏云徐永莉谷颖乐许尧李力曾晓茂
- 关键词：特异性引物分子鉴定
- 年青性染色体及鉴定方法
- 2022年
- 性染色体进化及性别决定机制是脊椎动物进化研究的热点,近些年更是提出了性别组学的概念。脊椎动物各类群的性别决定机制呈现出多种形式,尤其是具有年青性染色体系统的类群的演化模式更为多样。由于年青性染色体在核型形态上差异不大,传统的研究方法难以识别,因此本文从细胞遗传学方法、性染色体上的DNA序列/RNA序列及其表达、蛋白质表达等多个维度阐述了年青性染色体和性别决定系统的鉴定方法。在高通量测序技术的基础上结合基因组学、蛋白质组学和代谢组学对性别决定系统进行更深层次的研究,从而形成性别组学,并最终解答性别决定的方式多样性及其背后的进化动力和分子途径。
- 楚张卿罗玮夏云
- 关键词：性别决定脊椎动物
- COI与16S在小鲵科DNA条形码中应用
- 线粒体上COI(细胞色素C氧化酶亚单位I)基因5’端的648 bp片段是动物条形码的标准标记。然而,在两栖动物中COI基因却有较高的变异性,其测序常遇到一些挑战。与之相对应,在两栖类条形码中,另外一个线粒体基因——16S...
- 夏云顾海丰彭锐陈勤郑渝池Robert W.Murphy曾晓茂
- 关键词：小鲵科DNA条形码物种鉴定
- 文献传递
- 大沽河溶解态无机氮时空分布特征及来源探讨被引量：7
- 2020年
- 入海河流的氮污染问题已引起全球关注。大沽河是胶州湾最大的入海河流,河口附近海域无机氮和活性磷酸盐浓度多年不达标,已成为陆源污染物控制入海的关键区域。为此,本研究分别于2018年8月、10月和2019年1月在大沽河流域开展河流水样及可能污染源的样品采集工作,运用非参数检验、聚类分析和Pearson相关分析等方法对大沽河河流溶解态无机氮(Dissolved inorganic nitrogen,DIN)浓度的时空差异、影响因素进行分析,并对其主要来源进行探讨。结果表明,DIN浓度在研究期间表现出显著的季节差异(P<0.05),枯水期最高,丰水期最低,主要是受到降水、气温、溶解氧(DO)等因素的影响。DIN浓度的空间差异也比较明显,其中,上游水体NO3--N浓度较高,主要是受农业化肥施用和农村生活污水等非点源污染的影响;支流水体NH4+-N含量相对较高,主要受畜禽养殖废水等非点源和工业废水、污水处理厂出水等点源污染的共同影响;中下游干流处DIN浓度较低,主要是受闸坝的拦截和滞留效应的影响。
- 夏云夏云张波涛
- 关键词：无机氮影响因素污染来源
- 渤海赤潮遥感监测方法比较研究被引量：9
- 2020年
- 渤海是我国赤潮重灾区,近年来赤潮灾害频发且呈加剧趋势。有效监测渤海赤潮的发生、发展及消亡过程具有重要意义。本研究基于MODIS(moderate resolution imaging spectroradiometer)数据,比较分析了叶绿素浓度异常法、赤潮指数、波段比值法、红波段差值法、Karenia brevis指数等5种方法对渤海赤潮遥感监测的有效性。结果表明:5种方法均能有效监测到天津滨海旅游区附近海域的赤潮,不仅提取的范围与赤潮发生的最大面积相符,而且空间分布也一致。然而,由5种方法提取的秦皇岛附近海域的赤潮信息却表现出明显的差异,其中由叶绿素浓度异常法和波段比值法对赤潮信息的提取结果相对较为合理。因此,无论采用哪种方法进行赤潮监测,均需结合实地调查数据或ERGB(enhanced red-green-blue)影像等资料对不同时间、不同区域发生的赤潮的监测结果进行证实。
- 姜德娟王昆夏云
- 关键词：赤潮遥感监测
- 基于亲缘关系的红蛤蚧与黑蛤蚧药效再评估被引量：1
- 2011年
- 目的基于药用亲缘学原理,对红、黑蛤蚧药效情况进行再评估。方法通过Mega软件,采用MP法构建系统发育树,基于系统发育树判断红、黑蛤蚧之间的亲缘关系,并依此探讨红、黑蛤蚧及药效之间的关系。结果红、黑蛤蚧在系统树上相互嵌合在一起,不能各自形成独立分支(单系),来自不同产地的红、黑蛤蚧分别构成了4个独立支系,这与红、黑蛤蚧截然可分的概念相悖。结论红蛤蚧可能具有和黑蛤蚧相似的药效,不同地区的红、黑蛤蚧药效可能存在差异。该研究旨在为红、黑蛤蚧的药效及化学成分研究提供前瞻性的建议,即开展相关研究应基于亲缘关系,分别对不同产地红、黑蛤蚧样品进行分析。
- 顾海丰夏云彭锐郑渝池李力曾晓茂
- 关键词：药效
- 蛤蚧及其伪品微型DNA条形码的引物筛选被引量：11
- 2011年
- 文章旨在筛选出适合于扩增蛤蚧及伪品微型DNA条形码引物。通过引物设计软件,经过多序列比对,设计了两对引物mini-barcode F2,mini-barcode R2;mini-barcode F3,mini-barcode R3,并用这两对引物和目前已报道的微型条形码引物PCR扩增蛤蚧及伪品61个样本,结果表明mini-barcode F2,mini-barcode R2和mini-barcode F3,mini-barcode R3这两对引物的PCR扩增成功率分别为100%和90%,而目前已报道的微型条形码引物PCR扩增蛤蚧及其伪品得到了长度约500 bp非微型条形码序列片段。因此目前已报道的微型条形码引物不适用于扩增蛤蚧及伪品,该研究筛选出了适合于蛤蚧及伪品的微型条形码引物。
- 李力顾海丰夏云徐永莉彭锐莫邦辉曾晓茂
- 关键词：PCR引物
