余大启
- 作品数：9 被引量：9H指数：2
- 供职机构：北京大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学动力工程及工程热物理生物学一般工业技术更多>>
- Protein-Protein Interaction Kinetic Constant Prediction
- Protein-protein interactions(PPI) play essential roles in biological systems.In current systems biology studie...
- 白红军杨坤余大启张长胜陈芳进来鲁华
- 文献传递
- 细菌化学趋向性受体聚集体的结构与功能
- 受体在细胞膜上层级聚集是常见的细胞现象，大规模的受体聚集体对细胞信号具有放大作用。目前对于大小和形式多样化的受体层级聚集体结构与功能关系知之甚少，对于介导不同层级聚集体结构与功能的机制更缺乏理解。本论文以大肠杆菌化学趋向...
- 余大启
- 关键词：聚集体
- R134a PVT性质的分子动力学模拟被引量：2
- 2003年
- 使用二中心LJ分子嵌入沿轴偶极矩(2CLJD)的分子模型,对新型制冷剂R134a的PVT性质进行了分子动力学(MD)模拟,并与实验数据进行了对比,结果表明通过合理地选择势能参数,利用2CLJD模型预测氟利昂类制冷剂的热物理性质是可行的。
- 余大启李卓毅曹炳阳陈民
- 关键词：分子动力学模拟热物理性质R134A
- 过冷液体结构及其晶体成核的分子动力学研究
- 余大启
- 关键词：成核分子动力学
- R134aPVT性质的分子动力学模拟
- 使用2CLJD型的分子间相互作用模型,对新型制冷剂R134a的PVT性质进行了分子动力学计算,并与实验数据对比,结果表明通过合理地选择势能模型和参数,利用2CLJD模型预测氟里昂类制冷剂的热物理性质是可行的.
- 余大启李卓毅曹炳阳陈民
- 关键词：分子动力学模拟热物理性质R134A制冷剂
- 文献传递
- 刚性多原子分子的正则系综分子动力学算法被引量：7
- 2006年
- 通过将Nose所定义的扩展系统哈密顿量推广到刚性多原子分子系统中,严格地推导了刚性多原子分子在正则系综下的运动方程.在此基础上,证明了依靠所给出的运动方程能得到平衡态的正则分布,并给出了该方程所对应的可逆而守恒的积分格式.
- 余大启陈民
- 关键词：正则系综哈密顿量
- 过冷液体结构及其晶体成核过程的分子动力学研究
- 过冷液体成核是材料科学领域极为重要的相变现象,过冷液体结构及其演化过程对于成核速率,材料的凝固组织乃至性能有十分重要的影响。本文研究了过冷液体的结构分析法,并利用分子动力学(MD)模拟了Lennard-Jones(LJ)...
- 余大启
- 关键词：成核分子动力学
- 文献传递
- Computational design of Tar for in vivo kinetics studies
- The aspartate receptor (Tar) in E.coli, a crucial component in the bacterial sensory systems that mediate chem...
- 杨为张长胜余大启来鲁华
- 细菌化学趋向性受体聚集体的相互作用
- 2014年
- 细菌化学趋向性受体的最小结构单元为二聚体,在细胞膜上这些二聚体会聚集成大团簇.X射线晶体结构和低分辨电镜结构测定表明,这些团簇有两类不同的形式,一种是在晶体结构中观察到的倒金字塔式二聚体的三聚体重复形成的聚集,另一种为由二聚体尾部相互盘绕形成的拉链状聚集.有关拉链状聚集的详细分子模型目前尚不清楚.本文使用蛋白质-蛋白质对接的方法研究了大肠杆菌丝氨酸化学趋向性受体Tsr二聚体之间的相互作用.分子对接计算表明,倒金字塔式聚集和拉链状聚集的基本复合物都是可以出现的,相应复合物的分子动力学模拟表明这些结构都具有一定的稳定性.对于所获得的拉链状聚集体的基本复合物结构模型进行了详细的二聚体作用界面分析,发现二聚体间主要通过静电和疏水作用形成复合物,其中Arg388、Phe373和Ile377是形成拉链状聚集的关键作用残基.所建立的Tsr拉链状聚集的结构模型有助于揭示细菌化学趋向性受体在细胞膜上聚集的分子机制,为进一步的聚集理论及模拟研究提供了基础.
- 余大启涂豫海来鲁华
- 关键词：聚集体分子相互作用分子动力学模拟
