邬龙
- 作品数：6 被引量：11H指数：1
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学更多>>
- 串联质谱数据母离子检测模型训练方法及母离子检测方法
- 本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法，包括下列步骤：1)获取母离子已知的谱图数据集，对于其中每张二级谱图，确定该二级谱图的候选母离子；2)提取每个二级谱图‑候选母离子组合的特征向量，并根据二级谱图和候选母离子配对...
- 邬龙曾文锋袁作飞刘超孟佳明贺思敏
- 文献传递
- 串联质谱数据母离子检测模型训练方法及母离子检测方法
- 本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法，包括下列步骤：1)获取母离子已知的谱图数据集，对于其中每张二级谱图，确定该二级谱图的候选母离子；2)提取每个二级谱图-候选母离子组合的特征向量，并根据二级谱图和候选母离子配对...
- 邬龙曾文锋袁作飞刘超孟佳明贺思敏
- 文献传递
- pParse:蛋白质组学质谱数据深度解析中的母离子快速灵敏检测
- 基于质谱数据的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学中的基础技术[1],而母离子检测是深度解析鸟枪法蛋白质组学质谱数据的第一步。针对这个问题,我们在2012年开发了可以校准母离子的同位素峰[2],并导出共洗脱母离子[3]的质谱数据...
- 涂慧君邬龙袁作飞刘超迟浩孙瑞祥贺思敏
- 关键词：蛋白质组学串联质谱
- 文献传递
- pTop:整体蛋白质上的规模化鉴定算法
- 目前,蛋白质鉴定广泛采用的方法是基于酶切肽段的串联质谱技术;最近五年多,高效的整体蛋白质分离技术和高分辨率的质谱技术的快速发展,使得研究人员开始采用基于整体蛋白质的串联质谱技术来鉴定蛋白质及其翻译后修饰[1,2]。相比于...
- 孙瑞祥罗兰邬龙曾文锋迟浩刘超贺思敏
- 关键词：TOP-DOWN搜索引擎
- 文献传递
- 规模化蛋白质鉴定中母离子的准确检测技术研究被引量：1
- 2013年
- 蛋白质组学的基础研究之一是蛋白质鉴定.规模化的蛋白质鉴定通常采用"鸟枪法",即选择一些酶切肽段(母离子)碎裂生成二级谱图,通过二级谱图及其母离子质量鉴定肽段,再推断对应的蛋白质.在鉴定过程中,母离子质量是一个关键参数.母离子是否是肽段的单同位素峰决定了正确肽段是否能进入候选,母离子的质量精度决定了候选肽段的数目.本文从判断单同位素峰和系统误差校准这两个角度研究了母离子的准确检测技术.判断单同位素峰的技术在蛋白质上已有研究,包括电荷判断、单同位素峰判断和重叠同位素峰判断.可以借鉴蛋白质水平的技术研究母离子的单同位素峰判断方法.同时母离子的系统误差校准也有较为成熟的方法.这两个角度的研究有助于提高规模化蛋白质的鉴定率.
- 袁作飞邬龙刘超迟浩樊盛博张昆曾文锋孙瑞祥贺思敏
- 关键词：蛋白质组学蛋白质鉴定
- 蛋白质结构与相互作用研究新方法--交联质谱技术被引量：10
- 2014年
- 蛋白质的空间结构信息以及蛋白质间的相互作用信息对于研究蛋白质的功能有重要意义.研究蛋白质结构与相互作用的传统技术,如核磁共振技术、X射线晶体衍射技术等,对于蛋白质的纯度、结晶性和绝对量均有比较高的要求,限制了其广泛应用.交联质谱技术是近十多年来发展起来的新技术,它将质谱技术与交联技术相结合,在研究蛋白质结构与相互作用方面具有速度快、成本小、蛋白质各方面性状要求低等优势.本文就交联质谱技术各个环节的技术方法加以综述,包括交联质谱实验分离富集技术、常见交联剂特性、交联质谱数据库搜索算法、结果验证研究和交联质谱技术的应用等方面,并展望了该研究方向未来的发展.
- 樊盛博吴妍洁杨兵迟浩孟佳明卢珊张昆邬龙孙瑞祥董梦秋贺思敏
- 关键词：蛋白质结构蛋白质相互作用蛋白质组学质谱技术
