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邓廷贤: 作品数：72 被引量：109H指数：5; 供职机构：中国农业科学院更多>>; 发文基金：广西壮族自治区自然科学基金国际科技合作与交流专项项目中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>; 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术更多>>

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水牛信号转导子和转录激活子1基因电子克隆及序列分析被引量：8: 2014年; 本研究运用生物信息学方法对水牛信号转导子和转录激活子1(signal transduction and activators of transcription1,STAT1)基因进行电子克隆及其序列分析。以牛STAT1基因序列作为探针电子克隆了水牛STAT1基因完整的编码序列并进行了RT-PCR验证。序列分析结果表明,水牛的STAT1基因序列长3437bp,包含1个2244bp的开发阅读框,共编码747个氨基酸。该基因cDNA编码区序列与普通牛、绵羊、人、猪、大鼠、小鼠和山羊同源性比对结果表明,其相似性分别为99%、98%、89%、93%、86%、85%和87%。经聚类分析结果表明,水牛与普通牛的分子进化关系最近。; 邓廷贤庞春英陈明棠王建杨炳壮梁贤威; 关键词：水牛电子克隆生物信息学

影响Fat-1转基因水牛胚胎发育因素的研究被引量：2: 2012年; 本试验比较了水牛卵母细胞体外受精后注射外源DNA的时间(5～6、9～10、13～14、17～18、21～22 h)和外源DNA的浓度(10、50、100μg/mL)对Fat-1转基因水牛胚胎的发育影响。结果显示,9～10 h组的胚胎表达率和囊胚表达率最高,其中胚胎表达率极显著高于5～6 h组,囊胚表达率极显著高于21～22 h组(P<0.01);在浓度试验中,50μg/mL浓度组的胚胎表达率和囊胚表达率最高,且极显著高于100μg/mL(P<0.01)。; 王建庞春英邓廷贤杨春艳郑海英黄芬香杨炳壮梁贤威; 关键词：水牛转基因胚胎

水牛原代体细胞慢病毒感染体系的建立被引量：2: 2019年; 试验旨在建立水牛原代体细胞慢病毒感染体系。通过比较慢病毒(lentivirus)感染水牛颗粒细胞(buffalo granulosa cell,BuGC)、水牛乳腺上皮细胞(buffalo mammary epithelial cell,BuMEC)、水牛成纤维细胞(buffalo fibroblast cell,BuFC)的效率及荧光强度,筛选出3种水牛原代体细胞的最佳感染复数(MOI)。分离培养获得BuGC、BuMEC及BuFC。将慢病毒质粒pLVX-Puro-GFP和包装质粒pSPAX2、pMAD2.G脂质体转染HEK293T细胞,于转染后48和72 h收集病毒并通过稀释计数法测定慢病毒滴度。将慢病毒按不同的感染复数(100、200、400、600、800)感染BuGC、BuMEC和BuFC,感染72 h后于倒置荧光显微镜下观察拍照,统计感染效率及荧光强度。慢病毒感染3种水牛原代体细胞后,用嘌呤霉素筛选。结果显示,在MOI≤200时,慢病毒感染后细胞荧光强度BuMEC最强,而BuGC和BuFC间无显著差异;在MOI≥400时,慢病毒感染后细胞荧光强度为:BuMEC>BuGC>BuFC。在MOI=100时,慢病毒感染效率为:BuGC>BuMEC>BuFC;在MOI=200时,BuMEC和BuGC感染效率达到100%;在MOI=800时,BuFC感染效率达到100%。不同细胞类型对慢病毒的毒性耐受存在差异,在嘌呤霉素的筛选和维持下,获得了3种水牛原代体细胞绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)过表达慢病毒稳转细胞株。慢病毒感染BuMEC、BuGC、BuFC的最佳MOI分别为200、400和800;3种水牛原代体细胞均能通过慢病毒获得过表达外源基因细胞株。本研究结果为水牛的乳腺组织发育分化、泌乳调控、生殖发育及转基因动物制备等提供了较好的细胞模型。; 段安琴陆杏蓉马小娅梁莎莎庞春英梁贤威邓廷贤; 关键词：水牛慢病毒颗粒细胞乳腺上皮细胞

人工锌指核酸酶的设计与应用被引量：1: 2012年; 锌指核酸酶是一种人工合成的融合蛋白,由特异性识别靶DNA的锌指蛋白结构域连接非特异性的Fok I切割结构域构造而成,能够在预定的DNA靶位点引起DNA双链中断,随后依靠非同源末端连接和同源重组修复两种途径修饰该位点。近些年来,该技术已广泛的应用于基因转变、基因修饰和基因治疗等方面的研究。本文将简要介绍锌指核酸酶结构与原理,重点对锌指核酸酶的设计和应用进行了回顾与展望。; 邓廷贤庞春英杨炳壮梁贤威; 关键词：锌指蛋白锌指核酸酶基因修饰基因治疗

奶水牛HSD17B4基因的克隆及序列分析被引量：1: 2018年; 17β-雌二醇脱氢酶Ⅳ（17β-Hydroxysteroid dehydrogenaseⅣ,HSD17B4）是一种在类固醇代谢过程中发挥重要作用的酶蛋白。为了阐明HSD17B4基因对水牛繁殖性能的影响,试验以奶牛HSD17B4基因序列（登录号：NM_001007809.2）为探针设计引物,利用PT-PCR克隆水牛HSD17B4基因,并对基因的核苷酸序列和蛋白质序列特征进行生物信息学分析。结果显示,水牛HSD17B4基因mRNA序列全长2 680 bp,其中5＇端长145 bp,3＇端长324 bp,CDS序列长2 211 bp,编码736个氨基酸。同源序列分析显示,水牛HSD17B4基因编码序列与其他物种具有较高的同源性,证明成功克隆水牛HSD17B4,为进一步阐明该基因在水牛上的作用机制奠定基础。; 马小娅庞春英邓廷贤梁莎莎陆杏蓉段安琴梁贤威; 关键词：水牛

水牛STAT1基因多态与产奶性状关联分析被引量：2: 2016年; 本研究旨在检测水牛STAT1基因的单核苷酸多态性(SNP),探究中国水牛多态性位点的群体遗传特征,寻找与产奶性状相关的分子标记。采用PCR和测序法筛选水牛STAT1基因序列的SNPs,以357头水牛为研究对象,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)对群体进行了基因型检测,运用SAS(9.3)软件一般线性模型(GLM)对STAT1基因型与产奶性状的关联程度进行统计分析。结果表明,在水牛STAT1基因中检测出3个突变位点,分别位于5′UTR(g.68G>A)、外显子10(g.986G>T)和3′UTR(g.2881C>A)。关联分析结果显示,水牛STAT1基因g.986G>T位点与305天产奶量和乳脂率显著关联(P<0.05)。Bonferroni t检验多重比较结果显示,基因型TT和GG个体的305天产奶量显著高于GT基因型(P<0.05),基因型TT个体的乳脂率显著高于GG和GT基因型(P<0.05),且305天的产奶量随着胎次的增加呈现上升趋势,直到第3或4胎次时达到最大值,表明胎次是影响水牛产奶量的重要环境因素之一。本研究表明,水牛STAT1基因的g.986G>T位点可能是影响其产奶性状的候选分子遗传标记,为今后建立中国水牛标记辅助选择育种研究奠定基础。; 邓廷贤庞春英朱鹏段安琴陆杏蓉杨炳壮梁贤威; 关键词：水牛产奶性状飞行时间质谱

水牛浮舰蛋白2基因克隆及序列分析被引量：2: 2016年; 试验旨在克隆水牛浮舰蛋白2(Flotillin 2,FLOT2)基因并对其进行生物信息学分析,为揭示该基因在水牛发育繁殖中的作用奠定基础。本研究通过PCR扩增获得了FLOT2基因全长并进行克隆测序,结合生物信息学分析方法,预测及分析其蛋白质结构。结果表明,水牛FLOT2基因编码区长1 287bp,编码428个氨基酸,3′UTR区长277bp。多重序列比较分析显示,水牛FLOT2基因核苷酸序列与牛、山羊、绵羊、小鼠、马、猫和人相应序列的相似性分别为98%、98%、97%、90%、93%、92%和92%,系统进化树分析结果表明,FLOT2基因在不同物种以及进化的过程中具有高度保守性。对FLOT2蛋白质的分析表明,该蛋白呈弱酸性,无信号肽,细胞亚定位于细胞质中,存在SPFH_flotillin和SPFH_hflk等结构域。microRNA预测结果表明,bta-miR-2438、bta-miR-2379和bta-miR-1777a可能是其3′UTR潜在靶标。研究结果为今后阐明FLOT2基因在水牛繁殖性能中的功能,尤其是在配子及胚胎发生过程中的作用及分子机制奠定了基础。; 段安琴庞春英朱鹏邓廷贤陆杏蓉梁贤威; 关键词：水牛克隆

FADS2基因在奶牛乳腺细胞中的过表达和干扰研究被引量：3: 2019年; 为了研究脂肪酸脱氢酶2(fatty acid desaturases 2,FADS2)基因在奶牛乳腺细胞脂肪酸代谢中的作用,本研究在奶牛乳腺上皮细胞中对FADS2基因进行过表达和干扰,研究FADS2基因表达对脂肪酸合成相关基因的调控及对奶牛乳腺上皮细胞中甘油三酯含量的影响。针对FADS2基因的CDS序列设计siRNA和过表达载体pcDNA3.1-FADS2-EGFP,转染奶牛乳腺细胞检测FADS2基因过表达和干扰对脂肪酸代谢相关基因表达的影响及细胞中甘油三酯含量的变化。结果显示,试验成功获得过表达载体pcDNA3.1-FADS2-EGFP和干扰片段,转染细胞后具有良好的过表达和干扰效果。FADS2基因过表达后,1-酰基甘油磷酸酰基转移酶(AGPAT1)、固醇调节元件结合蛋白裂解激活蛋白(SCAP)、3-磷酸甘油转移酶(GPAM)、脂肪酸延长链5(ELOVL5)、乙酰辅酶A酰基转移酶1(ACAA1)、脂肪酸脱氢酶1(FADS1)、二酰基甘油转酰基酶1(DGAT1)和过氧化物酶体增殖激活受体α(PPARα)基因显著下调(P<0.05),脂滴蛋白2(PLIN2)基因极显著上调(P<0.01)。FADS2基因干扰过后可引起AGPAT1、GPAM、ELOVL5、ACAA1、PLIN2和FADS1基因显著上调(P<0.05),脂肪酸合成胰岛素诱导基因1(INSIG1)极显著上调(P<0.01),DGAT1和PPARα基因显著下调(P<0.05)。甘油三酯检测结果显示,FADS2基因过表达和干扰均可降低奶牛乳腺上皮细胞中甘油三酯的含量。综上所述,在奶牛乳腺上皮细胞中,FADS2基因能调控脂质合成相关基因的表达,对乳腺脂质合成具有调控作用。; 马小娅庞春英邓廷贤段安琴陆杏蓉梁莎莎梁贤威; 关键词：过表达

水牛溶血磷脂酸受体3基因的克隆及生物信息学分析被引量：1: 2018年; 本试验旨在进行水牛溶血磷脂酸受体3(lysophosphatidic acid receptor 3,LPAR3)基因的克隆及生物信息学分析。以水牛卵巢组织DNA为模板,参考GenBank中公布的水牛LPAR3基因(登录号:XM_006047539.1)序列设计引物,利用PCR扩增水牛LPAR3基因序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,水牛LPAR3基因全序列为1 552bp,包含1个1 062bp的CDS序列,编码353个氨基酸。同源性对比结果表明,水牛LPAR3基因编码的氨基酸序列与美洲野牛、黄牛、绵羊、野猪、马、果蝠、白眉猴同源性分别为99.4%、98.9%、98.0%、88.6%、90.0%、90.3%和91.2%,表明LPAR3基因在不同物种间具有较高的保守性。LPAR3蛋白分子式为C1853H2878N476O486S31,分子质量为40.59ku,理论等电点(pI)为9.52,不稳定系数为47.05,平均亲水性为0.324,属于碱性不稳定疏水蛋白质;该蛋白质存在7个跨膜结构且无信号肽,属于非分泌蛋白;二级结构分析表明LPAR3以α-螺旋、无规则卷曲和延伸链为主,其中α-螺旋占48.16%,无规则卷曲占41.36%,延伸链占10.48%,属于全α类蛋白质,与三级结构预测结果一致;亚细胞定位分析发现,LPAR3蛋白分布在等离子体膜(56.5%)、内质网(26.1%)、空泡(8.7%)、高尔基体(4.3%)和细胞核(4.3%)中,推测可能在运输和结合及嘌呤和嘧啶等方面发挥转运蛋白和信号转导等作用。本试验结果可为今后深入探讨LPAR3基因功能奠定基础。; 庞春英梁莎莎马小娅邓廷贤陆杏蓉段安琴黄韵琪梁贤威; 关键词：水牛溶血磷脂酸受体3 基因克隆生物信息学

水牛PNPLA8基因编码区克隆、表达分析及催乳素对该基因的调节作用: 2020年; 为了探究磷脂酶patatin样域包含蛋白8(patatin-like phospholipase domain containing 8,PNPLA8)在水牛乳腺脂质代谢中的作用,试验根据GenBank中公布的奶牛PNPLA8基因序列(登录号:XM_005205444.4)设计引物,应用PCR扩增并克隆水牛PNPLA8基因编码区(CDS),应用生物信息学软件分析序列及蛋白质结构;抽提水牛不同组织及不同泌乳期乳腺组织RNA,利用实时荧光定量PCR检测PNPLA8基因在不同组织间和不同泌乳期的表达;利用不同浓度的催乳素处理水牛乳腺上皮细胞,通过定量检测催乳素对PNPLA8基因表达的影响。结果显示,水牛PNPLA8基因CDS长2355 bp,编码784个氨基酸,与牦牛、山羊等PNPLA8基因具有较高的同源性;PNPLA8基因在所检测的水牛11个组织中有不同水平的表达,在肺脏和乳腺中表达量相对较高,在脂肪和肌肉组织中表达量较低;在整个泌乳期内PNPLA8基因的表达呈现“低—高—低”趋势;催乳素处理水牛乳腺上皮细胞结果显示,随着催乳素浓度升高,PNPLA8基因表达量逐渐下降。本研究成功克隆了水牛PNPLA8基因,并发现PNPLA8基因是参与乳腺泌乳的一个功能基因,为进一步研究PNPLA8基因在水牛乳腺中的功能奠定基础。; 马小娅庞春英陆杏蓉段安琴梁莎莎梁燕银邓廷贤梁贤威; 关键词：水牛克隆泌乳乳腺上皮细胞

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