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序列比对(Alignment)的随机分析与快速算法: 沈世镒阮吉寿吴忠华胡刚王奎; 该项目对二重序列，给出了用统计判决理论实现了线性计算复杂度的SPA算法，计算速度大大快于国际著名的Smith-Waterman 的动态规划算法。将离散情形推广到一般度量空间的情形，并在蛋白质空间结构与图像处理等问题中开展...; 关键词：

一般罚分(或得分)矩阵下的SPA算法被引量：1: 2007年; 本文在一般罚分(或得分)矩阵条件下推广SPA(Super Pairwise Alignment)算法,该算法是一种次优算法,与Smith-Waterman算法比较,计算速度有明显改进(计算复杂度随序列长度线性增长).; 沈世镒张拓王奎; 关键词：线性复杂度

原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析: 2009年; 基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全部po-MORF序列.我们还比较了若干原核生物基因组中所有CDS与po-MORF序列的相互关系,并讨论了关于基因识别中的有关问题.; 沈世镒高建召胡刚王奎

用SVM和FFT对膜蛋白功能分类: 2009年; 膜蛋白在细胞生命活动中扮演着重要的角色。目前,有很多方法用来预测和分类膜转运蛋白。然而,预测膜蛋白功能的工作并不多。为了解决这个问题,基于蛋白质序列信息结合快速傅里叶变换利用支持向量机的方法预测来自TCDB数据库中的channels/pores,electrochemical potential-driven transporters和primary active transporters三类膜转运蛋白共1817条蛋白质的功能。模型使用20种氨基酸的分布,残基的疏水性、平均极性和溶剂化自由能为原始的特征数据,利用快速傅里叶变换将其转化为频域上的信息作为机器学习的特征输入。通过五倍交叉检验预测准确率达到了72.1%,而先前的文献报道的准确率为68.1%。论文的研究证明该方法可以有效地对channels/pores,electrochemical potential-driven transporters和primary active transporters三种不同功能的膜转运蛋白进行功能分类。; 高建召王奎胡刚张华; 关键词：支持向量机快速傅里叶变换疏水性

多重序列突变网络系统分析与应用: 2006年; 为分析多重生物序列的突变结构,首先是要作它们的多重比对,在多重比对基础上可作出各序列的系统树与最小距离树,在最小距离树中如果把它们的弧用突变模结构来表示,那么我们称由此所产生的数学模型为多重序列突变网络系统(以下简称突变网络),突变网络分析的主要问题是如何确定各种不同类型突变的相互关系问题,一种最简单关系是二个突变的突变区域互不重叠,我们称之为正交化。因此突变网络分析的一个重要目的是对突变网络作正交化的简化,本文给出了突变网络正交化的基本定理,并以SARS病毒基因组为例,说明它们的突变网络系统模型与正交化运算,并由此得到SARS病毒从早期传播到爆发的基因突变过程的确定。; 沈世镒胡刚王奎董骝焕

利用蛋白质的二面角序列对蛋白质结构比对被引量：2: 2009年; 蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列,来比较蛋白质的结构,拟合两蛋白结构距离的分布后,利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有:利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量;结构距离服从参数为μ=94.7697,σ=41.5837,ξ=0.1925的广义的极值分布;和其他结构比对算法相比,该算法比CTSS的搜索结果要好。; 高建召胡刚王奎崔家峰; 关键词：广义极值分布动态时间规整

基于序列和局部信息熵的蛋白质折叠速率预测模型被引量：2: 2010年; 正确预测蛋白质折叠速率对理解蛋白质的折叠机制非常重要。本文从AAindex数据库中的531种残基物理化学性质、序列长度信息和局部结构信息熵中筛选特征,从而提出了一个基于蛋白质序列信息的线性回归模型。针对三种折叠机制two-state,multi-state和mixed-state,用Jackknife验证模型,预测的折叠速率和实验验证的折叠速率相关系数分别为0.790,0.829和0.778。本文结果表明四阶局部结构信息熵和折叠速率有很高的负相关性;蛋白质的长度和蛋白质的折叠速率成反比关系;螺旋的含量会加快蛋白质的折叠过程。对two-state蛋白质β折叠的含量会减慢蛋白质的折叠过程;和其他模型相比,我们提出的线性回归模型具有输入参数少,计算简单,平均绝对误差小的优点。; 高建召胡刚王奎沈世镒

生物信息学有关的数据结构与智能计算问题: 随着生物技术的发展，积累了越来越多的生物数据，对生物数据的存储分析形成了新的学科：生物信息学。生物信息学的发展是多种学科交叉的结果，但是另外一方面对生物数据的分析，新算法的开发对数学和计算机科学的发展也起到了一定的推动作...; 王奎; 关键词：生物信息学数据结构聚类分析

The analysis and applications of protein structure: This paper is focused on the analysis of the protein primary and spatial structure and their application. The ...; 沈世镒胡刚王奎高建召

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王奎