李云逸 作品数:17 被引量:90 H指数:6 供职机构: 上海市疾病预防控制中心 更多>> 发文基金: 国家科技重大专项 World Health Organization 比尔和梅琳达·盖茨基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 环境科学与工程 更多>>
上海市环境污水监测埃可病毒11型基因特征和循环动态 被引量:3 2020年 目的探讨基于上海市环境污水监测中埃可病毒11型(echovirus 11,Echo11)的基因特征和循环动态变化。方法本研究对上海市2012—2019年环境污水监测获得的Echo11分离株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,结合上海市急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统和健康儿童肠道病毒监测中Echo11分离株以及Echo11参考株进行序列同源性分析和系统发生学分析。结果上海市3个监测系统来源Echo11分离株共有156株,其中2012—2019年环境污水共分离到136株,其流行高峰主要集中在夏秋季。上海市不同来源Echo11分离株进化速度较快,有40.3%存在第54位氨基酸位点突变。上海市不同来源Echo11共有5个基因亚型传播链,即A1、A2、C1、C3和D5基因亚型。2012年,环境污水、AFP病例和健康儿童之间存在A1基因亚型Echo11共循环现象。2012—2015年的优势传播链为A1基因亚型,从2016年开始,优势传播链逐渐变为D5基因亚型。结论环境污水监测真实反映人类肠道病毒(human enterovirus,HEV)的循环状况,对于HEV相关疾病预测预警具有实际意义。 李云逸 陆菁 杨玉颖 费洁 张莉萍 李智 胡家瑜 李崇山关键词:基因特征 2015-2018年上海市环境污水中非脊髓灰质炎肠道病毒的分布及柯萨奇病毒B5的分子特征 被引量:7 2019年 目的分析2015-2018年上海市闵行区和嘉定区环境污水监测中非脊髓灰质炎肠道病毒(NPEV)的分布特征,探讨环境污水、健康儿童和急性弛缓性麻痹(AFP)病例监测中柯萨奇病毒B组5型(Cox B5)分离株之间的关系和变迁规律。方法选择上海市闵行区和嘉定区污水处理厂作为长期固定监测点,每月采集监测点的污水进行浓缩富集,取上清液并接种于人横纹肌肉瘤细胞(RD)和人喉癌上皮细胞(Hep-2)进行病毒分离。通过反转录–聚合酶链式反应(RT-PCR)获得VP1区序列并进行分析。结果 2015-2018年共采集污水样本84份,共分离242株NPEV,包含19个基因型,Cox B5为比例较高的基因型,占18.18%(44/242)。2015-2018年,环境污水、健康儿童和AFP病例监测中的Cox B5分离株形成2个基因型和3个传播链,即C3、C4和D3基因亚型。C3基因亚型在上海市属于优势基因亚型,而D3基因亚型是2016-2018年新出现的传播链。结论 2015-2018年上海市2个区环境污水中常见的优势基因型为ECHO11、Cox B5、Cox B3和ECHO6。Cox B5在环境污水、健康儿童和AFP病例中存在共循环现象。我国尚未建立完善的NPEV相关疾病监测系统,环境污水监测可作为病例监测的重要补充方法。 李云逸 陆菁 杨玉颖 费洁 张莉萍 李智 胡家瑜 李崇山关键词:非脊髓灰质炎肠道病毒 环境污水 水痘减毒活疫苗与麻疹流行性腮腺炎风疹联合疫苗同时接种的免疫效果和安全性观察 被引量:23 2016年 目的 了解同时接种水痘疫苗和麻疹流行性腮腺炎风疹联合疫苗(measles,mumps and rubella vaccine,MMR)的有效性和安全性,为合理安排水痘疫苗和MMR疫苗的接种时间提供依据.方法 选择3组17-24月龄,符合纳入条件的健康儿童,分别联合接种水痘和MMR疫苗或仅接种水痘疫苗或MMR疫苗,分别在接种疫苗前和接种后35-42 d采集血液标本进行抗体水平监测,每组至少完成100人.入组对象在疫苗接种后24 h、48 h、72 h及第7、14和30天以自填观察表的形式进行观察.用χ2检验或Fisher′s精确性检验进行率的比较,用非参数检验进行抗体水平比较.结果共有445人完成抗体水平检测,450人完成安全性观察.3组在完成接种后,水痘、麻疹、流行性腮腺炎和风疹抗体水平均较接种前上升,且差异具有统计学意义.联合免疫组接种后的水痘抗体阳性率、4倍增长率和抗体滴度均高于接种水痘疫苗组.接种前流行性腮腺炎抗体阴性者在本次接种后接种MMR疫苗组的流行性腮腺炎抗体浓度较联合免疫组高,且差异具有统计学意义.接种前风疹抗体阳性者在本次接种后接种MMR疫苗组的风疹抗体浓度较联合免疫组高,且差异具有统计学意义.共报告23名对象发生不良反应,报告率为5.11%,均为中度和重度发热,1例伴随发生皮疹.各组间不良反应发生率差异无统计学意义.结论 本研究结果表明,在18-23月龄同时接种水痘疫苗和MMR疫苗与分别接种这两种疫苗均可使阳性率和抗体水平显著上升;两组的不良反应报告发生率无显著性差异;联合免疫组的水痘抗体水平显著高于仅接种水痘疫苗组,麻疹、风疹和流行性腮腺炎抗体水平与仅接种MMR疫苗组没有显著性差异,但由于本研究存在局限性,组间的差异尚需进一步研究验证. 孙晓冬 马相虎 李智 李云逸 马燕丽 张秀英 黄清霄 陈丹丹 庞红 刘小琴 费洁 林效芳 徐斌 陈海平关键词:水痘减毒活疫苗 联合免疫 上海市2011-2017年风疹病毒基因特征分析 被引量:3 2018年 目的分析2011—2017年上海市风疹病毒(rubella virus,RV)野毒流行株的分子流行病学特征。方法选择2011—2017年上海市报告疑似麻疹/风疹病例中经实验室诊断排除麻疹,确定为风疹病例所对应的咽拭子标本进行RV分离,用一步法逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增病毒E1基因,扩增产物进行核苷酸序列测定,并进行分子流行病学分析。结果684份咽拭子标本共分离到395株RV,获得其中377株RV的739个核苷酸(nucleotide,nt)(nt8731~9469)序列。序列同源性分析表明,377株RV分离株分别属于两个不同的基因型,109株为1E基因型,与来自中国的参考株(RVi/Shandong.CHN/0.02/)亲缘性关系更近,其他分离株均为2B基因型,5株分离株在2B基因型中成一个独立小分支。377株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变,氨基酸(aminoacid,aa)序列高度保守,除1株外所有1E基因型RV分离株在E1蛋白aa338位点发生相同突变(亮氨酸→苯丙氨酸),而2B基因型分离株以及其他基因型WHO参考株在该位点均未发生改变。结论2011—2017年上海市存在两种不同基因型RV流行,其中2011—2013年1E基因型为优势基因型。继2011年首次监测到2B基因型RV后,便持续存在流行,并自2014年起成为上海市的优势基因型。 杨玉颖 杨玉颖 王静 唐伟 朱贞 李云逸 王嘉瑜 李崇山关键词:风疹病毒 2020-2021年上海地区分离株柯萨奇病毒A4基因型的全基因组分析 被引量:1 2023年 目的对2020-2021年上海市环境污水和健康儿童粪便标本中分离的9株柯萨奇病毒A4(Coxsackievirus A4,CVA4)进行全基因组特征分析。方法利用人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomy-osarcoma,RD)和人喉癌上皮细胞(human laryngeal carcinoma,Hep-2)对污水样品和健康儿童粪便样品进行病毒分离,抽提病毒RNA进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),利用Illumina二代测序技术进行全基因组序列测定。使用BioEdit 7.2.5软件对CVA4进行序列比对和同源性分析,使用软件MEGA10.0.4运用最大似然法(Maximum likelihood,ML)构建系统进化树,建树自展值(Bootstrap)检验1000次。使用Similarity Plots3.5.1软件对CVA4代表株进行重组分析。结果2021年上海市健康儿童粪便样品共分离出5株CVA4,2020-2021年环境污水中共分离出4株CVA4。2020年1月和12月以及2021年1-2月和4-5月采集的污水浓缩液均检出CVA4。9株CVA4分离株之间VP1区核苷酸和氨基酸相似性分别为90.2%~100%和96.3%~100%,均属于C2基因亚型。其中5个CVA4代表株间全基因组核苷酸和氨基酸相似性分别为89.8%~99.3%和96.3%~100%。基因重组分析显示,5个CVA4代表株的基因组在P1区与CVA4原型呈现高度相似性,而在5'UTR区域均与CVA6有重组区域,并在P3的3C区域与CVA5和CVA6存在重组现象。结论分离自上海地区的9株CVA4均属于C2基因亚型,该亚型是国内CVA4的优势基因亚型。其中5株CVA4在5UTR和3C区存在重组现象。本研究可为了解上海流行株CVA4的遗传变异情况提供数据支撑,CVA4的疫苗研发和相关疾病的防控具有参考意义。 李云逸 崔心怡 费洁 仲文江 李淑佩 陈敏关键词:全基因组 2013-2014年上海市污水中人类肠道病毒的基因型分布 被引量:4 2017年 目的 分析上海市闵行和嘉定区污水处理厂中人类肠道病毒(HEV)的时间分布特点及其基因分型。方法 于2013—2014年,选取闵行和嘉定区两所污水处理厂入水口作为采样点,每月24—28日采集污水标本1份,每份1 L,共48份。经阴离子膜吸附的方法浓缩,再用牛肉汤洗脱,取上清液并接种RD、HEp-2和L20B细胞进行病毒分离,共分离HEV 249株,其中非脊髓灰质炎病毒(NPEV)185株,脊髓灰质炎病毒(PV)64株(均为疫苗相关株)。通过RT-PCR鉴定基因型,采用Bioedit 7.0.0对VP1核苷酸序列进行序列同源性分析,使用MEGA 5.0软件,通过邻位法构建系统发生树,分析优势株及病毒传播链。结果 185株NPEV中178株鉴定出基因型,包括:柯萨奇B组病毒(CVB)2、3、5基因型,埃可病毒(ECHO)1、3、6、7、11、13、19、20、24、25、30基因型,柯萨奇A组病毒(CVA)4基因型。CVB5和ECHO6是在NPEV分离株中比例较高的两个基因型,分别占33.5%(56株)和24.9%(43株)。闵行区污水水样中HEV分离株主要集中在4—9月份,其中优势株ECHO6主要分布在2013下半年和2014上半年采集水样中,优势株CVB5主要在2013—2014年散在分布。嘉定的ECHO6和CVB5两个优势株的流行趋势与闵行区的基本一致。2013—2014年CVB5形成C6和C8基因亚型2个传播链,而与国外毒株有较大的差异;ECHO6形成C3、C6和D9基因亚型3个传播链,而D9基因亚型在上海属于优势基因亚型,在国内外有一定地域性的传播。结论 2013—2014年上海市污水中的分离到的PV均为疫苗株。HEV优势株为CVB5和ECHO6,其中ECHO6在2013下半年和2014上半年较为流行,CVB5在2014年下半年开始流行。CVB5和ECHO6存在多条传播链的共同流行现象。 李云逸 陆菁 王秀芝 杨玉颖 费洁 张莉萍 李智 李崇山 左勇关键词:肠道病毒属 柯萨奇病毒感染 环境监测 2018年上海市一起D8基因型麻疹病毒引起的输入性麻疹暴发报告 被引量:6 2019年 目的追踪2018年上海市一起输入性麻疹暴发的来源,并分析其病毒分子流行病学特征。方法直接从临床咽拭子标本中提取病毒核酸,采用一步法反转录–聚合酶链式反应,扩增麻疹病毒核蛋白基因COOH末端676个核苷酸,然后对扩增产物进行核苷酸序列测定,并分析其同源性,以确定病毒基因型及其可能的来源。结果本次暴发病例来自于同一家庭,且2例成年人病例在发病前21 d内有共同的出境旅游史;导致此次暴发的麻疹病毒为D8基因型。结论结合流行病学调查和实验室检测结果,推断此次疫情为一起D8基因型麻疹病毒引起的输入性麻疹暴发。 李崇山 李智 王静 胡家瑜 唐伟 杨玉颖 李云逸 杨彦基 崔晓娴 叶玉龙 张曦 袁政安关键词:麻疹病毒 基因型 2008-2012年上海市急性弛缓性麻痹监测中非脊髓灰质炎肠道病毒的基因型分布 被引量:1 2014年 人类肠道病毒(human enterovirus,HEV)可以引起多种临床病症,如急性弛缓性麻痹(acute of laccidparalysis,AFP)、无菌性脑膜炎(asepticmenigitis,AM)、脑炎(encephalitis)、心肌炎(myocarditis)、急性出血性结膜炎、手足口病(handfootandmouthdisease,HFMD)及发热等类似感冒症状的综合病症。 李云逸 陆菁 杨玉颖 丁晓光 刘敏勇 李崇山 孙晓冬关键词:急性弛缓性麻痹监测 非脊髓灰质炎肠道病毒 基因型分布 急性出血性结膜炎 无菌性脑膜炎 临床病症 2001—2018年上海市麻疹病毒流行株血凝素基因特征分析 被引量:1 2022年 【目的】分析2001—2018年上海市麻疹病毒(MeV)流行株血凝素(H)基因特征。【方法】收集2001—2018年上海市报告疑似麻疹病例的咽拭子样本,采用非洲绿猴肾细胞(Vero)/转染人信号淋巴细胞激活因子(hSLAM)细胞分离MeV,提取病毒核酸,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增H基因全长,对扩增后的产物进行测序及序列分析,分析其基因特征。【结果】2001—2018年上海市麻疹风疹监测网络共收集咽拭子样本5665份,分离到1394株MeV,349株代表性MeV分离株H基因核苷酸和氨基酸同源性分别为87.4%~100.0%和85.1%~100.0%;与中国疫苗株(S191)核苷酸和氨基酸同源性为85.7%~100.0%和84.1%~100.0%。所有H1a基因亚型MeV分离株均丢失aa240所在的糖基化位点。【结论】2001—2018年上海市MeV流行株根据H基因进行的分子分型结果与N基因C末端450片段分子分型结果一致,绝大多数为H1a基因亚型,H蛋白氨基酸序列在主要功能位点上是比较保守的。 杨玉颖 陈达瑜 唐伟 李云逸 王嘉瑜 李淑佩 李崇山关键词:麻疹病毒 血凝素 亲缘性分析 水痘-带状疱疹病毒基因特征分析 被引量:11 2009年 目的对引起上海市某小学水痘暴发的水痘-带状疱疹病毒进行基因特征分析。方法对采集到的患者疱疹液用MRC-5细胞进行病毒分离,用水痘-带状疱疹病毒标准血清鉴定病毒分离株,并通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和序列测定对分离到的病毒进行基因特征分析。结果从采集的5份疱疹液标本中均分离到导致细胞病变的病毒,经水痘-带状疱疹病毒标准血清中和鉴定,证实为水痘-带状疱疹病毒;对分离病毒的ORF22、38、54、62、68等不同区段进行PCR-RFLP或序列测定结果显示:所有分离到的水痘-带状疱疹病毒均为J基因型野毒株(BglⅠ阳性,PstⅠ阳性,SmaⅠ阳性);糖蛋白E中3B3抗原决定簇的第150位氨基酸未发现类似北美VZV-MSP株或VZV-BC株的碱基突变。结论此次水痘暴发是由J基因型水痘-带状疱疹病毒野病毒引起。有41.1%的患者曾经接种过水痘疫苗,初免失败或者抗体水平下降可能是造成水痘突破的原因。因此有必要对病毒基因特征及水痘疫苗免疫策略进行进一步的研究。 李崇山 鲁礼瑞 陆菁 翁康生 汤素文 丁晓光 刘敏勇 李云逸 胡家瑜关键词:水痘-带状疱疹病毒 免疫策略