冯铁男
- 作品数：11 被引量：12H指数：2
- 供职机构：上海大学理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市教育委员会重点学科基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学更多>>
- 二阶HMM算法改进及在miRNA靶基因预测中的应用被引量：5
- 2010年
- 隐马氏模型在语音识别和生物信息学中有重要的应用.本文研究二阶隐马氏模型(HMM2)的基本算法,利用归一化和递推原理,改进模型的前向-后向算法及Baum-Welch训练算法并给予证明,使得该算法更容易理解和机器实现,并保证数值稳定性.将HMM2应用到miRNA靶基因预测的后期过滤处理中取得了较好的结果.
- 高松秦殿刚冯铁男马成荣王翼飞
- 基于小波变换的蛋白质与DNA相互作用的计算机预测
- 2010年
- 蛋白质与DNA的相互作用在细胞的转录调控和DNA修饰等活动中至关重要.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质与DNA的相互作用,运用小波变换找出阳性数据和随机数据的信噪比分布的差异,并通过阈值的选取达到了较好的预测结果.同时,将阳性数据与相应复合物的序列进行序列联配,找到了保守位点,进而从结合位点的角度验证了本方法的正确性.
- 江浩冯铁男秦殿刚王翼飞
- 关键词：离散小波变换信噪比
- 基于小波的肿瘤基因表达数据聚类分析模型被引量：1
- 2011年
- 运用小波的降噪性建立一种基于肿瘤基因表达谱的聚类分析模型,采用小波变换、信息抽取、双向聚类的方法对基因表达谱进行有效的分析.通过这种模型,可以降低基因表达谱的噪音以及样本错聚率.最后,将该方法应用于结肠癌基因表达谱的分析.
- 黄文佳冯铁男王翼飞
- 关键词：基因表达数据小波变换特异表达基因聚类分析
- 基于信噪比的蛋白质相互作用的预测被引量：4
- 2008年
- 蛋白质间的相互作用在生命体中扮演着关键的角色.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质间的相互作用,并改用信噪比为判别参数.此判别参数与之前的判别参数——峰值相比,在保证较高预测精度的基础上,还可以很好地区分阳性数据和随机数据,从而也就能较好地处理过度拟合的问题.
- 冯铁男江浩王翼飞
- 关键词：离散小波变换酵母蛋白质信噪比
- 基于Java3D的蛋白质相互作用网络成像软件
- 2011年
- 蛋白质-蛋白质相互作用网络三维呈现对于蛋白质组学的进一步研究有着重要的促进作用。本文利用Java6.0开发工具包,设计了一个蛋白质相互作用网络显示的软件(Protein-Protein Interaction Network Expandor,简称PINE)。PINE从目前三个常用的蛋白质相关数据库中提取信息,经整合后将蛋白质的综合信息呈现给用户。在二维相互作用网络图的基础上,利用Java3D绘制了三维蛋白质相互作用网络图。此外,PINE还引入三维立体双图,增强了网络图的立体层次感。
- 金鼎立答亮冯铁男王翼飞
- 利用提升小波的蛋白质相互作用特征提取
- 2011年
- 利用提升小波从蛋白质序列中提取出它们相互作用的频谱特征,经支持向量机训练学习后,用于预测蛋白质间的相互作用.模拟计算结果表明,在阳性数据和阴性数据平衡的前提下,利用提升小波获取的低维蛋白质相互作用特征向量可以得到较高预测精度.进一步阐述了不同物种的蛋白质相互作用网络有着不同特征,为了得到更准确的预测结果,需要利用不同的方法提取蛋白质相互作用的特征.
- 冯铁男答亮金鼎立王翼飞
- 关键词：提升小波蛋白质相互作用
- 基于小波的蛋白质相互作用网络的研究
- 生物学实验技术的快速发展,产生了海量的实验数据;计算机计算能力的不断提高,则为生物学数据的高速处理提供了崭新的研究平台,这一切都有力地推动了生物信息学的深入发展。如何从海量的生物学数据中挖掘出有用的信息并归纳出具有实际意...
- 冯铁男
- 关键词：蛋白质相互作用提升小波
- 文献传递
- P311蛋白与金属硫蛋白ⅡA相互作用位点的计算机预测被引量：2
- 2011年
- P311蛋白广泛表达于多种组织,并参与体内细胞分化、调节其他蛋白/基因转录、创伤修复、肿瘤发生等多种正常或异常的生物学活动.研究发现,金属硫蛋白ⅡA(metallothionein ⅡA,MT2A)参与P311基因的表达,并起着关键性的调节作用,这说明二者存在着相互作用的关系.采用同源建模的方法构建P311蛋白的3D结构,使用Autodock 4.0软件将结构模型与MT2A进行分子对接,模拟蛋白质间的相互作用,预测二者的作用区域,找出可能的关键残基GLU14,SER48以及GLU56,为进一步的实验研究奠定基础.
- 薛晓怡冯铁男王群群王翼飞
- 关键词：同源建模分子对接
- 基于信噪比的蛋白质相互作用的预测研究
- 蛋白质是生物体中最重要的功能分子。蛋白质间的相互作用构成生命活动的基础，了解蛋白质间的相互作用可以使我们更深刻地理解生命活动的机理。
传统上，生命科学的研究是以实验为基础的。但是，生物学实验技术的快速发展，产生...
- 冯铁男
- 关键词：信噪比蛋白质相互作用生物信息学离散小波变换
- 文献传递
- 通过序列编码预测蛋白质相互作用被引量：1
- 2009年
- 该文利用蛋白质的一级结构信息,将支持向量机应用于人的蛋白质相互作用预测中,采用三肽频数方法刻画蛋白质序列.计算结果表明,该方法能准确预测人的蛋白质相互作用.比较了半胱氨酸在不同分类下对预测结果的影响,对人的胚胎肝脏蛋白质相互作用网络进行预测,为实验提供了重要的信息。
- 秦殿刚高松冯铁男马成荣王翼飞
- 关键词：支持向量机蛋白质相互作用核函数
