符志彦
- 作品数:5 被引量:24H指数:3
- 供职机构:中山大学更多>>
- 发文基金:国家杰出青年科学基金国家自然科学基金国家社会科学基金更多>>
- 相关领域:生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 一种以测序为基础的基因分型方法的建立被引量:8
- 2001年
- 设计了一种自动化的基因分型方法,能够直接利用PCR产物的DNA测序结果作为数据,通过自动化基因分型程序(automatic genotyping program)与一个含有其等位基因序列的数据库进行比较,来完成高精度的基因分型工作.用这种方法对50个随机挑选的中冈南方人的HLA-DPB1基因进行广基因分型,证明该方法是可行的,并从中发现了2个不明确杂合子以及一个新的等位基因序列.随后对这些样品克隆测序,发现除了2个不明确杂合子得到了进一步的区分外,其它样品都与前面的分型结果一致,显示了96%的精确性.通过以上的研究表明,成功建立了一种高精度的、基于序列的分型(sequence-based typing)方法.既然该方法能成功分型HLA-DPB1基因,预示了该方法同样能应用于其它基因的分型.该AGP程序可以在http:/genome.zsu.edu.cn免费下载.
- 刘泽寰林蒋海符志彦潘德京徐安龙
- 关键词:基因分型测序HLA-DPB1免疫系统
- DNA序列分析系统的构建和初步应用
- 该文描述了利用生物信息学构建了一套DNA序列分析系统,并将该系统成功应用于中国1﹪人类基因组计划及海洋生物功能基因组的项目中.该系统适合于大规模DNA测序分析.可以对测序过程进行质量监控,降低成本,防止浪费.可以自动完成...
- 符志彦
- 关键词:生物信息数据库CDNA序列人类基因组计划
- 文献传递
- 云南纳西族HLA-DRB1基因多态性研究及其族源分析被引量:7
- 2001年
- 首次在国内采用本室改进的高分辨率的基于内含子的PCR -SBT分型方法 ,检测云南纳西族HLA -DRB1基因多态性。在 60例纳西族个体中共检出 37种HLA -DRB1等位基因 ,其显著特点是等位基因的类型检出较多 ,频率分布比较平均 ,除 1 2 0 2 1 ( 1 7 5 0 % )外其他的等位基因频率均低于 8% ,其他较常见的等位基因 ( >5 % )还有 1 40 4 ( 7 5 0 % ) ,1 5 0 4 ( 5 83% ) ,0 4 0 5 1 ( 5 83% ) ,0 80 32 ( 5 83% ) ,0 90 1 2 ( 5 % ) ,0 30 1 1 ( 5 % )。这几种中频等位基因共占可检出等位基因的 35 % ,与 1 2 0 2 1一起共占 5 2 49%。其中DRB1 0 30 5、0 4 38、1 1 2 3、1 1 32、1 31 0、0 81 2为首次在我国人群中检出 ,并且在世界各地人群中也比较罕见。对纳西族和世界各地人群的HLA -DRB1频率进行了聚类分析。比较分析的结果显示纳西族明显属于中国南方族群 ,未显示出其族源来自北方的痕迹。根据遗传数据 ,并参照民族学、历史学研究 。
- 贾宗剑潘德京付永贵陈为民刘泽寰林蒋海朱玉芳陈荣祥符志彦周大鸣徐安龙
- 关键词:纳西族PCR-SBT基因多态性
- 基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用被引量:1
- 2002年
- 基于unix/linux操作系统和mysql数据库 ,利用phred/phrap ,stackpack ,blast软件 ,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析。它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化 ,去除载体污染和重复序列 ,序列聚类 ,拼接 ,分析可变剪切 ,数据库搜索进行相似性分析。该系统可以加速大规模EST测序的分析速度。
- 符志彦卢阳叶兰汀何智良徐安龙
- 关键词:大规模测序系统开发MYSQL数据库
- 广州地区汉族人乙型肝炎病毒感染与HLA-DPB1基因的相关性研究被引量:9
- 2002年
- 目的 :探讨人类白细胞抗原 (HLA)的DPB1基因与广州地区汉族人乙型肝炎病毒 (HBV)感染的相关性。方法 :采用测序分型技术 (SBT)对广州地区汉族人中 58例乙型肝炎患者和 75例正常个体的HLA -DPB1基因位点进行了基因分型。结果 :两者的HLA -DPB1等位基因表现型频率差异均无显著性。结论 :本研究检验的广州地区部分汉族人的HBV感染与HLA
- 刘泽寰范新兰林蒋海符志彦潘德京付永贵贾宗剑徐安龙
- 关键词:汉族乙型肝炎病毒感染乙型肝炎病毒HLA抗原人类白细胞抗原