陈相永
- 作品数：10 被引量：68H指数：3
- 供职机构：中国农业科学院作物科学研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家科技基础性工作专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 核酸以及鉴定真菌菌株致病型的方法和试剂盒
- 本发明提供了一种核酸，该核酸具有SEQ ID NO：1所示的序列，或者具有SEQ ID NO：1所示的序列中的特异性序列。本发明还提供了与如上所述的核酸互补的核酸。本发明还提供了一种鉴定真菌菌株致病型的方法，所述真菌菌株...
- 戴小枫陈相永李蕾柳少燕王金龙陈捷胤田李
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- 一种核酸和鉴定真菌菌株致病型的方法以及试剂盒
- 发明提供了一种核酸，该核酸具有SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2所示的序列，或者具有SEQ ID NO：1所示的序列中的特异性序列或SEQ IDNO：2所示的序列中的特异性序列。本发明还提供了与如上所述的核酸...
- 戴小枫李蕾陈捷胤陈相永柳少燕王金龙肖红利
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- 大丽轮枝菌不同毒力菌株全基因组测序及重测序分析
- 黄萎病是一种世界范围内的植物维管束病害。它导致多种经济、食用作物黄化萎蔫，严重时作物质量、产量下降甚至绝收。在我国，大丽轮枝菌是棉花黄萎病的主要病原菌。因对其致病机制了解的尚不够深入，至今没有科学有效的治理方法，是棉花保...
- 陈相永
- 关键词：黄萎病大丽轮枝菌基因组测序
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- 一种核酸以及鉴定真菌菌株致病型的方法和试剂盒
- 本发明提供了一种核酸，该核酸具有SEQ ID NO：1所示的序列，或者具有SEQ ID NO：1所示的序列中的特异性序列。本发明还提供了与如上所述的核酸互补的核酸。本发明还提供了一种鉴定真菌菌株致病型的方法，所述真菌菌株...
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- 一种核酸和鉴定真菌菌株致病型的方法以及试剂盒
- 发明提供了一种核酸，该核酸具有SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2所示的序列，或者具有SEQ ID NO：1所示的序列中的特异性序列或SEQ IDNO：2所示的序列中的特异性序列。本发明还提供了与如上所述的核酸...
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- 核酸以及鉴定真菌菌株致病型的方法和试剂盒
- 本发明提供了一种核酸，该核酸具有SEQ ID NO：1所示的序列，或者具有SEQ ID NO：1所示的序列中的特异性序列。本发明还提供了与如上所述的核酸互补的核酸。本发明还提供了一种鉴定真菌菌株致病型的方法，所述真菌菌株...
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- 植物致病真菌寄生类型与胞外糖基水解酶家族分析被引量：5
- 2014年
- 植物致病真菌侵染寄主植株的过程中,会分泌特异的糖基水解酶至胞外,与寄主植物互作以完成其生活史。本研究利用已公布的基因组数据,注释并比较分析12种植物致病真菌胞外糖基水解酶(GH家族)与寄生类型之间的关系。结果表明,活体与非活体寄生真菌胞外GHs数量与亚家族分布有显著区别。其中参与细胞壁多糖降解的GHs在非活体寄生菌中显著扩增。进一步的系统发育分析显示GH3家族尤其在半活体寄生菌中扩增明显,这意味着植物致病真菌胞外GHs酶谱与病原菌寄生类型密切相关。据分析结果推测,GH 53、GH 61和GH 3亚家族的扩增有助于病原菌非活体寄生;GHs的丰度与多样化可能更有助于致病菌半活体寄生。
- 陈相永陈捷胤李蕾包郁明孔志强戴小枫
- 关键词：分泌蛋白生物信息学
- 一种核酸以及鉴定真菌菌株致病型的方法和试剂盒
- 本发明提供了一种核酸，该核酸具有SEQ ID NO：1所示的序列，或者具有SEQ ID NO：1所示的序列中的特异性序列。本发明还提供了与如上所述的核酸互补的核酸。本发明还提供了一种鉴定真菌菌株致病型的方法，所述真菌菌株...
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- 大丽轮枝菌(Verticillium dahliae VdLs.17)分泌组预测及分析被引量：44
- 2011年
- 【目的】预测并分析大丽轮枝菌基因组范围内的分泌蛋白,为大丽轮枝菌分泌蛋白致病机理的研究奠定基础。【方法】利用已公布的大丽轮枝菌全基因组序列,组合使用生物信息学软件SignalP、TargetP、TMHMM、Big-pi和PROSITE,预测大丽轮枝菌基因组范围内所有分泌蛋白,定义为分泌组。统计分析分泌组中蛋白N-端信号肽特点;应用碳水化合物活性酶类数据库和病原菌-寄主互作蛋白数据库对分泌组蛋白进行注释,预测分泌组中潜在果胶酶、纤维素酶和病原菌寄主互作蛋白;利用真菌激发子的保守结构域,预测分泌组中潜在的激发子蛋白集;应用BLASTP程序比较分析大丽轮枝菌和黑白轮枝菌分泌组,获得大丽轮枝菌相对于黑白轮枝菌特异的分泌蛋白。【结果】大丽轮枝菌分泌组共有922个蛋白。信号肽分析表明,以19个氨基酸为信号肽的蛋白数目最多,非极性氨基酸丙氨酸的出现频率最高,而有带电侧链的氨基酸天冬氨酸和谷氨酸的出现频率最低,信号肽的-3和-1位置上的氨基酸相对保守。大丽轮枝菌分泌组含有158个潜在的碳水化合物活性酶类,其中,包括10个果胶水解酶和14个果胶裂解酶;190个潜在的病原菌-寄主互作蛋白、97个含有RxLx[EDQ]模体的蛋白和52个富含半胱氨酸的小分子量分泌蛋白;58个相对于黑白轮枝菌分泌组特异的蛋白。【结论】本文建立了预测大丽轮枝菌分泌组蛋白的方法。分泌组蛋白信号肽长度具有高度的变异性,氨基酸组成多为脂肪族氨基酸,序列在C-端结构域较为保守。分泌组中包含大量潜在的果胶降解酶、病原菌-寄主互作蛋白、RxLx[EDQ]模体蛋白和富含半胱氨酸的小分子量蛋白等致病相关蛋白。
- 田李陈捷胤陈相永汪佳妮戴小枫
- 关键词：大丽轮枝菌分泌蛋白信号肽激发子
- 植物病原真菌寄生性与分泌蛋白组CAZymes的比较分析被引量：33
- 2014年
- 通过信息学方法对植物病原真菌分泌蛋白组进行预测以及对碳水化合物酶类CAZymes注释和比较,分析病原真菌寄生性与CAZymes家族功能的关系。结果显示非专性寄生(半活体营养型和死体营养型)真菌编码的分泌蛋白占基因组编码基因的比例较专性寄生真菌(活体营养型)的偏高;CAZymes家族中,非专性寄生真菌的糖基水解酶家族GH和多糖裂解酶家族PL较专性寄生真菌显著扩增;功能聚类分析发现,非专性寄生真菌参与纤维素、果胶、木聚糖等植物细胞壁组分降解相关的基因较专性寄生真菌明显增多。结果表明了CAZymes与寄生类型的高度关联性,揭示了其在非专性寄生真菌致病过程中可能的关键作用。
- 陈相永陈捷胤肖红利桂月靖李蕾戴小枫
- 关键词：植物病原真菌寄生性
