石林春
- 作品数：87 被引量：930H指数：17
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金河北省自然科学基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学生物学金属学及工艺更多>>
- 山茱萸药材及其混伪品的ITS/ITS2序列鉴定研究(英文)被引量：3
- 2013年
- 利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法:提取山茱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode Aligner V3.5.4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5.0计算种内、种间的遗传距离,构建NJ(邻接)树鉴定山茱萸药材及其混伪品。结果:山茱萸药材的ITS序列长度均为659bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.005,远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离0.357。不同来源的山茱萸药材ITS2序列无变异,长度均为250bp,其与混伪品的种间平均K2P遗传距离为0.571。ITS/ITS2序列的NJ系统聚类树和BLAST比对结果均可明显区分山茱萸药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论:ITS/ITS2序列可准确有效鉴定山茱萸药材,为临床安全用药奠定了基础,也为其它药材的分子鉴定提供了新的思路。
- 侯典云宋经元姚辉韩建萍庞晓慧石林春王笑尘陈士林
- 关键词：山茱萸ITSITS2DNA条形码分子鉴定
- 基于COⅠ序列的阿胶原材料及其混伪品的DNA条形码鉴定研究被引量：12
- 2018年
- 目的:采用细胞色素C氧化酶亚基1(cytochrome C oxidase subunit 1,COⅠ)基因片段序列鉴定的方法鉴别中药阿胶的原料驴皮及其混伪品马皮、骡皮、牛皮。方法:优化DNA提取试剂盒的通用方法进行总DNA的提取,针对马科动物驴的基因序列变异位点优化COⅠ通用引物及PCR扩增条件,PCR扩增产物双向测序,测得的序列与GenBank下载的基因序列Blast比对分析样品的基原;采用Mega 6.0软件计算序列的碱基组成、种内和种间K2P(Kimura-2-parameter)的遗传距离,采用邻接法(neighbor-joining method)构建系统树,进一步对驴皮及其混伪品进行基原鉴别。结果:22份来自马科和牛科动物的驴、马、牛的皮样品的基因序列与GenBank序列Blast比对结果一致性均大于99%。采用邻接法构建的系统树结果显示驴、马、牛的皮样品具有较好的单系性,均分别独立聚为1个分支,可以显著区分;牛科和马科动物样品的K2P种间平均遗传距离均远大于种内平均遗传距离。结论:利用优化后的COⅠ片段扩增引物及PCR反应程序可作为鉴别阿胶原料DNA条形码物种鉴定的有效方法,为阿胶原料的真伪鉴别提供了科学的鉴定方法。
- 严华陈俊石林春程显隆魏锋马双成
- 关键词：驴皮混伪品马皮阿胶DNA条形码
- 基于DNA条形码技术的毒性药材金钱白花蛇药源调查被引量：9
- 2018年
- 目的：建立基于DNA条形码技术的毒性药材金钱白花蛇药源调查方法,调查市售金钱白花蛇的药源构成。方法：建立金钱白花蛇正品及其主要混伪品的参考细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（CoⅠ）条形码库,收集51份市售金钱白花蛇样品,分别获取每份样品头部和尾部的CoⅠ序列,通过构建邻接系统发育树进行物种鉴定。结果：共获得60条金钱白花蛇正品及其主要混伪品的CoⅠ条形码,银环蛇种内最大遗传距离0.020 1,与金环蛇、赤链蛇和赤链华游蛇的种间最小遗传距离分别为0.156 1,0.208 8和0.209 3,种内最大变异小于种间最小变异;金钱白花蛇正品及其混伪品在邻接系统发育树上聚为独立的支,金钱白花蛇正品及其混伪品在系统发育树上可明确区分。所有市售金钱白花蛇样品均可从头部和尾部成功获得CoⅠ序列,药源调查结果表明银环蛇29份,赤链蛇20份,赤链华游蛇2份,混伪品占比43%;基于头部和尾部的鉴定结果一致。结论：DNA条形码技术可用于市售金钱白花蛇的药源调查;金钱白花蛇市场混乱、混伪品较多,质量问题严重。
- 石林春唐先明胡志刚赵春颖冯丽肖刘金欣
- 关键词：金钱白花蛇DNA条形码银环蛇混伪品
- 黄芩ITS2条形码数据库构建及其种子的DNA条形码鉴定方法建立被引量：22
- 2018年
- 目的：通过构建黄芩核糖体DNA内转录间隔区2（ITS2）条形码数据库,建立黄芩种子DNA条形码鉴定新方法,保障黄芩种子基原准确。方法：收集黄芩对照药材、基原植物、生药材、公共数据库及其常见代用品的ITS2序列,构建黄芩DNA条形码数据库;收集62份市售黄芩种子样品,每份种子获取3-4条ITS2序列,基于BLAST方法、遗传距离法和邻接（NJ）系统发育树法进行物种鉴定。结果：共获得101条黄芩及其代用品的ITS2序列。黄芩的种内序列变异小于种间序列变异,黄芩、甘肃黄芩和粘毛黄芩在NJ系统发育树上分别聚为独立的支,可相互区分。共获得195条黄芩种子的ITS2序列,DNA条形码鉴定结果表明193条为黄芩序列,2条为真菌序列。结论：黄芩ITS2条形码数据库稳定可靠,可满足黄芩种子DNA条形码鉴定的需求。DNA条形码技术可用于黄芩种子的物种鉴定。
- 刘金欣魏妙洁李耿李耿赵春颖赵春颖石林春
- 关键词：黄芩种子内转录间隔区基原植物
- 一种繁殖装置及水蛭产茧方法
- 本发明公开了一种繁殖装置，用于水蛭产茧，包括第一壳体、第二壳体和结合部；第一壳体和第二壳体通过结合部互相配合，形成至少一个容纳腔，容纳腔被设置为能容纳水蛭。还公开了一种水蛭产茧方法，将水蛭放入容纳腔中，并将第一壳体和第二...
- 石林春刘金欣石二刚王铭昕成光磊
- 文献传递
- 复合材料及其制备方法和其在电化学检测丹参素中的应用
- 本发明公开了复合材料及其制备方法和其在电化学检测丹参素中的应用，涉及材料领域。本发明提供了含二维金属碳化物和金属有机框架的复合材料，二维金属碳化物拥有很大的比表面积和良好的导电性但易团聚，金属有机框架也拥有大的比表面积但...
- 王静刘金欣孔维军石林春
- 哈蟆油基因组DNA提取方法、试剂盒及其应用
- 本发明公开了一种哈蟆油基因组DNA提取方法，包括取哈蟆油药材，加入含酸活性水对样品进行复性，加入缓冲液ATL和蛋白酶K裂解样品；加入脂肪组织去除液酚/氯仿/异戊醇去除脂肪及蛋白；加入洗涤液洗涤，通过吸附柱吸附DNA，最终...
- 石林春刘建辉宋经元刘金欣唐先明刘景波姚辉周建国王福宾于海龙
- 文献传递
- 紫芝栽培品种‘武芝2号’(‘紫芝S2’)全基因组测序及分析被引量：7
- 2021年
- 采用PacBio SMART技术并基于三代和二代数据(3+2策略)完成紫芝栽培品种‘武芝2号’(原名:S2)(通称‘紫芝S2’)基因组De novo测序、组装,完整地获得紫芝栽培品种‘武芝2号’(原名:S2)全基因组,序列总长度56.849 Mb,包括核基因组和线粒体基因组共72条Scaffolds。其中,核基因组16681个基因,完成其中13161个基因的注释,约占总数的78.89%;预测分析到4组串联重复的rRNA簇、405个非编码RNA和3305个启动子,并找到rpb2、beta-tubulin和18S,28S rRNA(SSU,LSU)等基因序列以及漆酶同工酶基因,鲨烯合酶、羊毛甾醇合酶基因与麦角甾醇合成代谢相关基因及其分布位置,为今后紫芝栽培品种(系)分子鉴定与菌株鉴别、功能基因的挖掘与利用提供可靠信息,同时也为其后续开展中国栽培灵芝种类的比较基因组学分析积累科学数据。
- 陈体强徐晓兰石林春钟礼义
- 关键词：栽培品种全基因组测序
- 植物叶绿体基因组中matK基因的分布及引物通用性研究
- matK基因是叶绿体基因组编码蛋白基因中,进化较快的基因之一.2009年被生物条形码联盟(CBOL)推荐为植物DNA条形码研究中的核心序列之一. matK基因的扩增效率一直是matK基因作为通用条形码序列的争议问题之一,...
- 石林春刘金欣宋经元姚辉陈士林
- 关键词：植物学叶绿体蛋白基因条形码
- 文献传递
- 豆蔻属药用植物DNA条形码鉴定研究被引量：17
- 2010年
- 目的:针对鉴定十分困难的豆蔻属药用植物筛选适合其鉴定的DNA条形码序列,探索豆蔻属药用植物鉴定新方法。方法:对该属植物36个物种,46个样本的8个候选条形码序列(psbA-trnH,matK,rbcL,psbK-psbI,rpoB,atpB-rbcL,ITS,ITS2)进行PCR扩增、测序和序列分析,我们采用了4种方法对于数据进行分析,应用Mega4.1计算不同序列的种间和种内遗传距离(K-2P);用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的变异性;用Taxon DNA软件评估"Barcoding Gap";用Blast、Distance方法检验物种鉴定的可靠性。结果:ITS2和ITS序列变异显著,物种水平鉴定成功率达100%,其它6个候选序列(psbA-trnH,matK,rbcL,psbK-psbI,rpoB,atpB-rbcL)不能有效鉴定豆蔻属物种。结论:本文推荐将ITS2和ITS作为豆蔻属药用植物潜在的DNA条形码序列,并依此建立该属药用植物的DNA条形码鉴定方法。
- 石林春宋经元陈士林姚辉韩建萍
- 关键词：豆蔻属DNA条形码
