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吴冰珊: 作品数：59 被引量：321H指数：9; 供职机构：福建省疾病预防控制中心更多>>; 发文基金：国家科技重大专项福建省医学创新课题福建省科技创新平台建设项目更多>>; 相关领域：医药卫生哲学宗教农业科学环境科学与工程更多>>

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基于多重RT⁃PCR扩增与双链cDNA合成的A组轮状病毒全基因组测序效果比较: 2024年; 建立A组轮状病毒(Group A rotavirus,RVA)全基因组单管多重RT⁃PCR扩增方法,并比较其与双链cDNA合成方法在RVA临床标本全基因组二代测序中的应用。对2022年某哨点医院的18份腹泻住院患儿RVA阳性粪便标本进行核酸提取,分别用单管多重RT⁃PCR扩增方法对RVA全基因组进行扩增,用随机引物对病毒核酸进行反转录及双链cDNA合成,最后采用Illumina平台对这2种不同类型的产物进行二代测序。用CLC软件对测序数据进行拼接,分析有效数据量、测序深度及全基因组覆盖度等参数,并用IGV软件查看全基因组测序深度覆盖轨迹。多重RT⁃PCR扩增产物测序和双链cDNA测序获得的RVA有效数据量分别为69.39%~99.83%和0.38%~92.99%,平均测序深度分别为10172×~68156×和35×~61783×,全基因组测序深度10×以上的位点覆盖度分别为98.93%~100.00%和86.28%~100.00%。从全基因组测序深度情况来看,多重RT⁃PCR扩增产物测序在同一个基因节段内部测序深度较为均匀,在11个节段之间测序深度差别较大;而双链cDNA测序在不同基因节段之间的测序深度较为均匀,但同一个基因节段内部靠近5'和3'末端测序深度较低。2种方法所获得的病毒核苷酸序列基本一致,部分基因节段在5'或3'末端100 bp区域内存在2个以内的核苷酸位点差异。在多重RT⁃PCR扩增方法中鉴于引物在不同基因型别间的特异性,对本研究中未涉及到的基因型别的扩增效率还有待进一步验证。单管多重RT⁃PCR扩增方法和双链cDNA合成方法虽然各有优缺点,但均适用于轮状病毒全基因组二代测序在基层的推广。; 黄枝妙吴冰珊林琦林卫东翁育伟; 关键词：A组轮状病毒全基因组测序

实时荧光PCR方法快速检测KI多瘤病毒被引量：2: 2016年; 目的采用实时荧光PCR方法快速检测KI多瘤病毒(KIPy V),并与巢式PCR扩增法进行比较。方法收集2007年11月至2015年1月在福州市一家妇幼保健院因呼吸道感染住在儿科重症监护病房(PICU)的259例小儿鼻咽抽取物标本和另两家综合医院146例因严重急性呼吸道感染(SARI)住院的成年患者咽拭子标本,通过实时荧光PCR方法对KIPy V的调节区的基因片段进行检测。结果在小儿鼻咽抽取物标本中检测出3例KIPy V感染阳性病例,检测阳性率约为1.2%,而用巢式PCR扩增法只检测出1例,这例的Ct值较低,约为23,并且扩增曲线呈S型。其它两例的Ct值较高,分别约为33和35。在成年患者咽拭子标本中,用两种方法都未检测出KIPy V感染。在两例Ct值较高的小儿病例中,检测出混合有呼吸道合胞病毒(RSV)感染。结论确立的实时荧光PCR方法可以快速检测KIPy V,且特异性较高。; 修文琼郑奎城吴冰珊陈炜刘光华康育兰; 关键词：实时荧光PCR 呼吸道感染

福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析: 2018年; 为了探究一例福建省检出的HAstV-5型星状病毒2013/Fuzhou/85毒株基因组分子结构特点,本研究采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,获得2013/Fuzhou/85毒株基因组序列全长6 803bp：5′端和3′端均有85bp非编码区;中间3个开放阅读框：ORF1a长2 802bp（86~2 887nt）,编码非结构蛋白丝氨酸蛋白酶;ORF1b长1 548bp（2 827~4 374nt）,编码非结构蛋白RNA聚合酶;ORF2长2 352bp（4 367~6 718nt）,编码结构蛋白衣壳蛋白前体。目前,GenBank中仅有两株HAstV-5型星状病毒全基因组序列：中国辽宁毒株（JQ403108）和巴西哥亚尼亚毒株（DQ028633）,2013/Fuzhou/85毒株和中国辽宁毒株核苷酸相似度最高,达94.4%。对该HAstV-5型星状病毒3个开放阅读框分别构建系统进化树,发现ORF1a与HAstV-1（JF327666）相似度最高,ORF1b和ORF2与HAstV-5（JQ403108）相似度最高,提示其有可能存在重组,用Simplot软件进行重组分析,重组位点位于2 741bp,在ORF1a和ORF1b重叠区的上游。本研究中对2013/Fuzhou/85毒株的全基因组测序和重组分析,可以为星状病毒的重组和遗传进化规律研究提供参考。; 黄枝妙吴冰珊陈凤钦黄业伟翁育伟; 关键词：全基因组系统进化分析

登革热发病机制的研究进展被引量：4: 2009年; 登革病毒临床上可引起登革热和登革出血热,其发病机制迄今尚未完全阐明,一般认为是由于病毒和宿主复杂的交互作用引起的,本文就登革病毒的分子生物学特征、发病机制、病毒的毒力和变异等方面的国内外研究进展作一综述。; 吴冰珊严延生; 关键词：登革病毒分子生物学发病机制疾病控制

慢性萎缩性胃炎危险因素病例对照研究被引量：16: 2016年; 目的探讨慢性萎缩性胃炎危险因素,为疾病防治提供科学依据。方法以1∶1配对病例对照研究方法,对148例慢性萎缩性胃炎病例和148例健康对照者进行问卷调查。用卡方检验、单因素和多因素条件logistic回归法进行分析。结果烧烤(OR=7.00)、吸烟(OR=3.18)、口味偏咸(OR=2.38)、家族慢性胃病史(OR=2.22)和饮酒(OR=2.14)是慢性萎缩性胃炎的危险因素,而经常吃水果(OR=0.33)、新鲜蔬菜(OR=0.35)、奶制品(OR=0.42)和个性温和(OR=0.49)是保护因素。结论家族慢性胃病史、饮食生活习惯及精神心理因素等对慢性萎缩性胃炎发病有影响。; 林兰郑奎城王雯伍思翰施洪黄良祥吴冰珊陈铁晖李晓庆蔡琳; 关键词：慢性萎缩性胃炎病例对照研究饮食生活习惯

南平地区2006-2007年乙型肝炎病毒分子流行病学研究: 2012年; 目的了解南平地区2006-2007年乙型肝炎病毒的分子流行病学方法。方法对8县区综合医院210份乙型肝炎感染者,采用荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测HBV-DNA含量,ELISA方法检测血清标志物(HBV-M),PCR-RFLP方法对基因分型。结果 HBsAg+/HBcAb+/HBeAg+组HBV-DNA的阳性率为94.9%,HBV-DNA含量也最高。HBsAg阳性组与HBsAg阴性组的HBV-DNA含量差异有统计学意义,HBeAg阳性组与阴性组的HBV-DNA含量差异有统计学意义。结论 HBV-DNA含量与HBsAg、HBeAg的存在明显关联。HBV-DNA含量可真实反应HBV的感染和复制情况,对临床诊断、药物治疗及疗效观察有重要的指导意义。; 王金章吴冰珊沈晓娜王美爱刘振江吴春敏江秀美严延生; 关键词：乙型肝炎病毒分子流行病学

人冠状病毒HKU1 N和S蛋白基因序列及进化分析被引量：4: 2018年; 目的了解人冠状病毒HCoV-HKU1在我国福州急性重症下呼吸道感染患儿中的感染情况以及病毒N基因和S基因的系统进化特征。方法通过RT-PCR法对2007年11月至2015年1月因呼吸道感染住进医院儿科重症监护病房的266例小儿鼻咽抽取物标本进行4种人冠状病毒的检测和人冠状病毒HCoV-HKU1的确认检测,测序并BLAST比对分析8份人冠状病毒阳性产物。结果在266例标本中检出2例HCoV-HKU1感染阳性病例,检出率为0.75%(2/266)。这两例患儿一例诊断为支气管炎、一例诊断为急性重症肺炎。通过检测都发现混合感染了人副流感病毒3型(HPIV-3)。对这两株病毒FZ90和FZ96的N和S蛋白基因进行序列测定、拼接和系统进化分析;结果表明这2株HCoV-HKU1都属于HKU1基因型A。结论人冠状病毒HCoV-HKU1可能是儿童下呼吸道感染中较为重要的一种病原,混合感染导致儿童病情加重。; 修文琼郑奎城吴冰珊谢剑锋黄萌康育兰刘光华; 关键词：呼吸道感染

2016-2017年福建省腹泻儿童新型诺如病毒检测情况被引量：6: 2018年; 目的鉴定福建省2016-2017年导致儿童腹泻的新型诺如病毒,并分析其分子特征。方法收集2016-2017年福建省病毒性腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便标本,共计892份。应用RT-PCR方法检测诺如病毒,对诺如病毒RNA聚合酶、衣壳蛋白片段进行序列测定和分子流行特征分析。结果892份标本检出诺如病毒核酸阳性141份,其中GⅠ型6份,GII型125份,GⅠ和GII混合型10份。107份GII型诺如病毒标本成功测序。序列分析结果表明,主要型别为GII.4型和GII.3型,且检出多种新型诺如病毒,包括GII.P17/GII.17、GII.P16/GII.2和GII.P16/GII.4,毒株的核苷酸序列分别与2014年日本的Kawasaki323株、2016年日本的Kawasaki151毒株和2016年英国的NOR2565株高度同源。结论福建省腹泻儿童检出多种新型诺如病毒,需密切关注其流行趋势。; 吴冰珊黄枝妙林卫东张云琳翁育伟; 关键词：儿童腹泻诺如病毒基因型分子流行病学

福建省首次检出Aichi病毒及其分子流行病学调查被引量：3: 2011年; 目的了解福建地区Aichi病毒的存在和流行情况。方法对2008-2009年福建省多家医院的5岁以下腹泻儿童粪便179份,采用RT-PCR方法进行分子流行病学调查。结果检出Aichi病毒阳性粪便1份。测序后与国外已发表的毒株比较,表明了所测定FJ081021毒株序列(GU459258)与Qld/2008/204/Australia最接近,同源性达98.1%,证实其为B型Aichi病毒。结论首次发现福建地区人群中存在Aichi病毒。; 吴冰珊沈晓娜王美爱严延生; 关键词：胃肠炎分子流行病学

婴幼儿急性腹泻459例病原检测分析被引量：7: 2012年; 目的了解婴幼儿急性腹泻的病原构成,为本地区临床合理有效地控制小儿急性腹泻提供病原依据。方法对2009年1-12月福州儿童医院消化专科收治的459例急性腹泻患儿的粪便标本进行细菌培养,采用免疫胶体金法检测轮状病毒（RV）抗原;抽取其中218例,再应用ELISA法检测RV抗原,逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）法检测诺如病毒（NV）核酸。结果 459例患儿细菌感染35例（7.6%）,真菌感染5例（1.1%）,检出RV阳性117例（25.5%）。218例中RV阳性69例（31.7%）,NV阳性61例（28.0%）,上述二种病毒混合感染14例（6.4%）。两种病毒感染阳性率男女性别差异无统计学意义（P〉0.05）,不同年龄组间RV及NV阳性率差异有统计学意义（P〈0.05）,均以2岁以下患儿为主。RV、NV均有明显的季节特征,RV以10-12月份为发病高峰,NV以7~9月份为发病高峰分布,差异均有统计学意义（P〈0.05）。结论小儿感染性腹泻病原类型复杂多样,在临床诊治中应重视病原学检测。; 陈凤钦卓玲林卫东叶礼燕吴冰珊; 关键词：急性腹泻轮状病毒诺如病毒真菌

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