目的分析罗汉果Siraitia grosvenorii种质遗传基础,以为其资源保护、品种改良和性状遗传结构解析提供依据。方法采用SSR荧光分子标记对325份罗汉果及其近缘物种资源进行亲缘关系鉴定,并且进一步分析罗汉果遗传多样性、群体结构和构建其核心种质。结果优选出的15对SSR荧光引物共检测到185个等位基因(平均为12.33个),平均香农信息指数(Shannon’s information index,I)为1.67,多态性信息含量指数(polymorphism information content,PIC)≥0.54;325份种质亲缘关系聚类在遗传距离0.95附近被划分为赤瓟、翅子罗汉果和罗汉果3个亚群,其中罗汉果亚群发现大量几乎无遗传差异个体,共鉴别获得140份具遗传差异的罗汉果初级核心种质。这些初级核心种质遗传分化系数(genetic differentiation coefficient,FST)为0.140,群体间、群体内、个体内遗传变异分别占总变异的14.0%、19.0%和67.0%,野生、地方和栽培种平均遗传距离分别为0.8021、0.5768、0.4220,I分别为1.798、1.092、0.603;Jaccard遗传距离聚类分析在遗传距离0.8处被划分为9个亚群,群体结构和主成分分析均被划分为4个亚群。通过10%~70%比例随机抽样法,构建了32份核心种质,其采集地点占原始种质的94.12%,等位基因数与原始种质的符合率为96.13%,I值为1.9449。结论优选出的15对SSR荧光引物多态性高,能有效鉴别罗汉果及其近缘物种赤瓟、翅子罗汉果。罗汉果初级核心种质存在中等程度遗传分化,遗传变异主要来自群体与个体内部,野生种与地方种遗传多样性高,栽培种遗传多样性低,存在4个明显基因库。构建的32份核心种质能充分代表原始种质地理来源与遗传多样性。