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胡永林: 作品数：14 被引量：17H指数：2; 供职机构：中国科学院生物物理研究所更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程更多>>; 相关领域：生物学理学医药卫生更多>>

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巴尔通氏体效应蛋白BepE干扰人源Csk蛋白信号通路的结构与功能分析: 2018年; 巴尔通氏体作为多种人类疾病的病原菌,可分泌多种毒力效应蛋白.其中的7个毒力效应蛋白BepA^BepG由一个Ⅳ型分泌系统VirB注入宿主细胞内,干扰宿主细胞的多种信号传递通路.在这7个效应蛋白中,BepD^F的N端含有特征的EPIYA基序.注入宿主细胞后,这些EPIYA基序上的酪氨酸残基被宿主细胞中的SFK激酶磷酸化,磷酸化后的EPIYA基序可与宿主细胞中含SH2结构域的蛋白结合并干扰宿主细胞的SH2蛋白相关信号通路.在此之前,已经有多种病原菌的效应蛋白被发现含有EPIYA基序,并且通过磷酸化的EPIYA干扰哺乳动物宿主的SH2信号通路.这些毒性效应蛋白除EPIYA基序之外并没有明显的序列同源性.与此相应,在人类蛋白质组中目前只发现了6种含有EPIYA基序的蛋白,这个基序出现的频率显著低于基于随机预测的频率,这可能是在人类进化过程中含有EPIYA基序的蛋白会干扰正常信号通路传导而被淘汰.JAM-A是已报道的6个人体内EPIYA蛋白之一,它存在于人血小板中,可通过招募Csk至血小板来避免血栓的形成.已有的报道证明了BepE可与人源Csk相互作用,通过影响Csk的功能进而干扰一系列信号通路.人源Csk蛋白作为一个可以同时被来自于病原菌毒力蛋白和内源蛋白中磷酸化EPIYA基序识别并结合的分子,为我们研究并对比这两种含EPIYA基序的蛋白质对人类细胞中SH2信号通路的作用提供了一个理想的靶标.本文报道了Csk与BepE及JAM-A2种磷酸化多肽复合物高分辨率晶体结构并分别测定其亲和力.Csk与多肽复合物结构显示,Csk与2种多肽结合方式相似,都是通过SH2结构域与磷酸化酪氨酸结合,多肽链垂直于SH2结构域中的β片层.SPR实验结果显示,来源于巴尔通氏体的BepE比人源JAM-A与Csk亲和力高,这暗示毒力蛋白通过磷酸化的EPIYA基序以高亲和力结合人体内含SH2结构域的蛋白,进而干扰SH2蛋白所涉及的信号通路.; 张柯刘清波胡永林胡永林; 关键词：CSK 晶体结构

真核转录的结构生物学——2006年诺贝尔化学奖简介被引量：1: 2006年; 用X射线晶体学方法测定的一系列RNA聚合酶Ⅱ复合物结构揭示了真核转录的分子机制.; 胡永林; 关键词：晶体结构

一类新型血红素氧合酶催化活性的结构基础: 胡永林姜帆张睿邹全明王大成

血红素氧合酶HugZ组氨酸-249对组氨酸-245侧链缺失补偿的结构基础: 2012年; 血红素氧合酶HugZ是幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori)利用宿主血红素作为铁源的关键蛋白.HugZ的His245残基侧链咪唑基与血红素中心铁配位结合,是酶活中心的重要组成部分.用定点突变的方法构建HugZ突变体H245A、H249A和H245A/H249A基因,并将突变体蛋白表达纯化.通过X射线晶体学途径解析了突变体H245A与血红素复合物的2.55魡分辨率晶体结构.结构解析表明,HugZ的His249残基侧链咪唑基团与血红素的铁原子结合,从而补偿了His245侧链缺失.这种结构特征在已知血红素氧合酶中未曾发现.Val238ψ平面的可翻转和Gly239的柔性是His249能与血红素配位结合的关键原因,二者的共同作用改变了C端肽链的走向,使Val238与His249之间的柔性回折与α1螺旋的相互作用发生解离,并向远离血红素的方向伸展.HugZ蛋白与血红素结合的光谱实验证明HugZ柔性C端上的组氨酸残基有利于HugZ与血红素的结合.研究结果表明,含多个组氨酸残基柔性C端的存在有利于血红素氧合酶HugZ结合和分解血红素.; 沈溪辉胡永林王大成; 关键词：幽门螺旋杆菌血红素氧合酶致病菌

毛白杨4-香豆酸:辅酶A连接酶晶体结构与功能研究: 苯丙氨酸类代谢途径(phenylpropanoid pathway)是植物中最重要的次级代谢途径之一。植物通过这个代谢途径,将碳以苯丙氨酸的形式从主要代谢途径中分流出来,生成种类繁多的最终产物,例如类黄酮类化合物和木质素...; 胡永林殷雷李德峰盖颖蒋湘宁王大成

His-234是毛白杨对香豆酸:CoA连接酶的重要酶催化活性残基被引量：2: 2013年; 对香豆酸∶CoA连接酶(4-coumarate:coenzyme A ligase,4CL)是植物苯丙烷类代谢途径中的一个重要的酶.4CL以肉桂酸衍生物(香豆酸、咖啡酸、阿魏酸等)、ATP和CoA为底物合成相应的酰基-CoA酯,这些酰基-CoA酯是一系列重要化合物(如木质素)的前体.4CL的酶催化反应分两步进行:第一步以肉桂酸衍生物和Mg2+-ATP为底物合成酰基-AMP,第二步用CoA取代AMP,产生酰基-CoA酯,催化过程中酶的构象产生明显的变化.因为4CL在木质素的合成中所起的作用,这个酶是通过蛋白质工程方法改进林产品质量的重要靶标.我们通过X射线衍射技术,解析了毛白杨对香豆酸∶CoA连接酶1(Pt4CL1)与其中间产物对香豆酰-AMP的复合物晶体结构,与同家族成员结构比对,确定所获得的蛋白质结构为Pt4CL1催化第二步反应,即酰基-CoA酯合成的构象.结构分析表明:His-234残基在Pt4CL1的酶催化机理中起着多重作用,即通过侧链与AMP磷酸基团形成氢键,降低磷酸基团的负电荷,催化CoA的亲核取代反应;侧链可以采取两种不同的构象以调节CoA进入Pt4CL1的催化中心;His-234的侧链还可能夺取CoA巯基的质子,从而增强CoA的亲核反应活性.突变体酶活数据结果也显示His-234对Pt4CL1的活性非常重要,是Pt4CL1催化中心的活性残基.; 任百光李德峰郑彩霞盖颖蒋湘宁胡永林; 关键词：木质素合成

痢疾杆菌谷氨酸/天冬氨酸结合蛋白1A分辨率晶体结构——揭示其底物识别的分子结构基础: ＜正＞在革兰氏阴性菌中广泛地存在一类由ATP水解驱动的跨膜传输系统。这些传输系统由三个部分组成:胞内的ATP水解酶为整个系统提供能量,一个横跨细菌内膜的蛋白复合物,以及一个存在于细菌周际空间的结合蛋白。这类结合蛋白对其底...; 胡永林范成鹏浮广森王大成; 文献传递

CorC:配体结合决定蛋白构象与功能: 志贺氏痢疾杆菌(Shigella flexneri)是一种革兰氏阴性的病原菌,在全球范围内每年约有百万人死于由其引起的细菌性腹泻。CorC是来源于S.flexneri的蛋白,其序列在多种致病菌中高度保守,但功能尚不明确。...; 张宁李德峰朱德裕胡永林任崤铭王大成

幽门螺旋杆菌新型致癌因子-肿瘤坏死因子α诱导蛋白的晶体结构: 幽门螺旋杆菌基因组中由HP0596基因编码的肿瘤坏死因子α诱导蛋白(Tipa)是幽门螺旋杆菌新型致癌因子。它通过NF-кB的激活来诱导TNF-α的表达,从而发挥促肿瘤活性。Tipa以天然二体的方式由H.pylori分泌表...; 高明明李德峰胡永林王大成

微重力下的蛋白质晶体生长被引量：8: 1993年; 空间微重力环境是研究复杂的蛋白质结晶过程和生长高质量蛋白质晶体的理想地方。于1992年8月应用国内研制的装置,在返回式卫星FSW-2上完成了空间蛋白质晶体生长实验。有6种蛋白质在空间长出了晶体,其中蛇毒酸性磷脂酶A_2和鸡蛋清溶菌酶的晶体明显优于地面对照实验长出的晶体,表明空间的微重力利于改进蛋白质晶体的大小、完整性、形态及内部有序性。; 毕汝昌桂璐璐师珂王耀萍陈世芝韩青胡永林沈福苓牛秀田华子千卢光莹张健李松林龚为民牛立文黄其辰; 关键词：晶体生长蛋白微重力

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