符芳
- 作品数：21 被引量：177H指数：8
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- 微阵列比较基因组杂交技术在诊断和产前诊断不平衡染色体畸变中的应用
- 部分缺失或重复是常见的染色体不平衡畸变,常与先天多发性畸形、发育迟缓和智力低下有关。传统的染色体检查方法为G显带染色体核型分析技术,虽然可以检测整套染色体的数目和明显的结构异常,但其分辨率有限,对于片段长度小于5Mb的不...
- 符芳
- 关键词：拷贝数变异
- 文献传递
- 染色体微阵列分析技术在室间隔缺损胎儿中的应用研究被引量：13
- 2017年
- 目的应用染色体微阵列分析（chromosome microarray analysis，CMA）探讨胎儿室间隔缺损（ventricular septal defect，VSD）的病因。方法选取248例产前超声提示为VSD伴或不伴其他结构畸形的胎儿，将其分为单纯VSD组、VSD合并其他心内异常组、VSD合并心外异常组（包括其他畸形和超声软指标异常）以及VSD合并心内外异常组。对所有胎儿进行常规染色体分析，对6例核型为异常者以及部分核型为正常者进一步进行CMA检测，随访所有胎儿的妊娠结局，对新生儿随访至1岁。结果在248例胎儿中，共发现60例核型异常（包括50例数目异常、7例结构异常、3例嵌合体），检出率为24．2％。CMA检测明确了6例核型异常者衍生染色体的来源和性质，其中2例的缺失区段包含Wolf-Hirschhorn综合征的关键区域，其中包含的WHSCl、LBXl、LDB3、BBS10等可能是先天性心脏病的候选致病基因。在143例核型正常的胎儿中，CMA在11例中发现了致病性拷贝数变异（copy number variants，CNVs），检出率为7．70A（11／143），其长度介于0．33～4．53Mb，其中9例为已知的微缺失或微重复综合征，包括22qli．2微缺失综合征、17p11．2微缺失综合征（Smith-Magenis综合征）、17p13．3微缺失综合征（Miller-Dieker综合征）、1p36微缺失综合征、lq21．1微重复综合征和4q缺失综合征。其致病性CNVs所包含的可能与VSD相关的致病基因包括TBX1、LZTR1、FAT1、AKAP10、SKI、PRDM26、GJA5、ERCC4以及YWHAE。在CMA结果正常的新生儿中，48．4％的VSD在出生后1年内自然闭合。结论CMA技术可将胎儿VSD的遗传学病因检出率提高7．7％，但不同组别的VSD胎儿之间致病性CNVs的检出率无明显差异。对于染色体核型正常的VSD胎儿，建议进一步行CMA分析。
- 邓琼符芳李茹景象一雷婷缨杨昕潘敏甄理韩瑾廖灿
- 关键词：室间隔缺损染色体核型分析产前诊断
- 染色体微阵列分析在婴幼儿先天性心脏病中的应用被引量：4
- 2020年
- 目的:探讨全基因组、高分辨率染色体微阵列分析(CMA)技术在先天性心脏病(CHD)婴幼儿遗传病因学诊断中的应用价值。方法:回顾性分析2016年1月至2018年12月在广州医科大学附属广州市妇女儿童医疗中心儿科住院并接受CMA检查的130例先天性心脏病婴幼儿的临床资料。患儿均按照美国Affymetrix公司CytoScan HD技术平台的标准操作流程行全基因组CMA检测,结果采用ChAS(chromosome ana-lysis suite染色体分析套件)软件及相关的生物信息学方法分析。根据CHD患儿是否合并心外异常分为孤立型CHD组和综合征型CHD组;根据CHD患儿解剖学特点对2组患儿CHD表型进行分类,分为简单型CHD组和复杂型CHD组。结果:在130例行CMA的CHD婴幼儿中,共在53例患儿中检出60个有临床意义的拷贝数变异(CNVs),总体检出率为40.8%(53/130例),其中32例(24.6%)患儿的致病性CNVs<107 bp。检出染色体微缺失/重复综合征29例(54.7%),其中最常见的为22q11.2微缺失综合征、Williams-Beuren综合征及Wolf-Hirschhorn综合征。孤立型CHD组致病性CNVs检出率为42.8%(30/70例),综合征型CHD组致病性CNVs检出率为38.3%(23/60例),差异无统计学意义(P=0.60)。简单型CHD致病性CNVs检出率为34.4%(20/58例),复杂型CHD致病性CNVs检出率为45.8%(33/72例),差异无统计学意义(P=0.19)。通过基因型与表型分析,发现SUZ12、DGCR6、YWHAE、CRKL、LZTR1、DLG1、ADAP2、TBX6基因是与CHD相关的候选致病基因。结论:CMA在婴幼儿CHD中具有重要的应用价值,推荐CMA作为CHD婴幼儿临床一线遗传学检测技术,无论哪种类型CHD均应接受CMA检测。
- 陈晨邓琼张雯雯符芳李茹崔彦芹邓力
- 关键词：先天性心脏病拷贝数变异候选基因
- 多囊性肾发育不良胎儿的染色体微阵列分析被引量：6
- 2016年
- 目的应用染色体微阵列分析技术（ chromosome microarray analysis,CMA）在全基因组水平分析多囊性肾发育不良胎儿（multicystic dysplastic kidney, MCDK）的遗传学病因。方法选取产前超声提示MCDK伴或不伴其他肾外异常的胎儿样本72例进行常规G显带染色体核型分析，并对其中部分病例进行基因组DNA检测，应用ChAS软件和相关生物信息学数据库对结果进行分析。结果G显带染色体核型分析结果显示3例（4．2％）胎儿核型结果异常。在69例染色体核型分析结果为正常的胎儿中，对30例（43．5％）胎儿进行了CMA检测。CMA在5例（16．7％）胎儿中检出了致病性拷贝数变异（copy number variations，CNVs），分别为17q12微缺失综合征、Williams-Beuren综合征、4q35．2微缺失、22q13．33微重复和1p33微重复。对比DECIPHER及OMIM数据库分析，其中22q11区的PEX26基因、7q11．23区的FKBP6基因、22q13．33区的ALG12和TUBGCP6基因以及1p33区的CYP4A11基因为新发现的MCDK候选基因。结论CMA可显著提高MCDK胎儿遗传学病因的检出率，不仅能够确定G显带核型分析所发现的异常片段来源、长度以及性质，还能够检测G显带核型分析所无法识别的微缺失／微重复，同时还能发现新的候选基因，为MCDK胎儿的产前诊断、咨询以及预后评估提供依据。
- 陈斐斐雷婷缨符芳李茹张永玲景象一杨昕韩瑾甄理潘敏廖灿
- 关键词：多囊性肾发育不良拷贝数变异微缺失
- 对传统产前诊断阴性的先天性发育异常胎儿家系应用全外显子测序技术的分析被引量：8
- 2021年
- 目的评估全外显子测序技术(WES)在产前临床应用于传统产前诊断阴性的异常胎儿的价值。方法对2014年1月至2019年12月在广州市妇女儿童医疗中心行侵入性产前诊断[包括G显带染色体核型分析和(或)染色体微阵列分析(CMA)检测],结果为阴性的1152例先天性发育异常(包括先天性结构畸形及超声软指标异常)胎儿进行核心家系WES检测。根据WES检测的时间节点与妊娠终止的关系,分为回顾组(妊娠已终止)及前瞻组(妊娠未终止)。根据胎儿畸形的具体发生部位区分各器官畸形亚组,并根据家族史情况分亚组。随访所有入选胎儿的临床预后,并统计WES检测结果对妊娠决策及临床干预的影响。根据随访结果,对初次WES检测未获得阳性诊断但孕晚期或出生后有新增表型胎儿的数据进行重分析。结果接受WES检测的1152个家系中有5例检出非胎儿生物学父母而被剔除,其余1147例中共152例胎儿获得阳性诊断(13.3%,152/1147),包括回顾组74例(16.1%,74/460),前瞻组78例(11.4%,78/687)。对未获得阳性诊断但孕晚期或出生后出现新增表型的胎儿进行WES检测数据的重分析,阳性诊断率为4.9%(8/163)。共34例(21.3%,34/160)受检者的妊娠结局及临床干预直接受对应的WES阳性诊断影响。在诊断性变异为4级的68例活产儿中,29例(42.7%,29/68)通过快速回顾WES结果获得了适当的医学干预。结论WES对染色体核型分析和(或)CMA阴性的异常胎儿可额外提高13.3%的检出率。产前WES可指导妊娠决策及早期临床干预。重视妊娠晚期及胎儿出生后的专科随访并进行WES数据重分析是提高检出率的有效策略。
- 符芳黎璐珊杜坤李茹喻秋霞王丹雷婷缨邓琼聂志强张雯雯杨昕韩瑾甄理潘敏张丽娜黎福成张永玲景象一李东至廖灿
- 关键词：先天畸形产前诊断系谱
- 染色体微阵列分析对于胎儿十二指肠梗阻的检测价值被引量：2
- 2021年
- 目的探讨染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)对于胎儿十二指肠梗阻(duodenal obstruction,DO)的检测价值。方法选取51例超声提示存在DO的胎儿,将其分为单纯组和合并其他异常组。对其进行CMA检测,并随访所有病例的妊娠结局。结果在51例胎儿中共发现8例异常,检出率为15.7%,包括3例染色体数目异常,5例致病性拷贝数变异(copy number variations,CNVs),分别为17q12微重复综合征、13q21.33q31.1微缺失、13q21.32q22.3缺失、13q21.2q31.1缺失和1q43q44重复。13q的EDNRB及17q12的HNF1B为胎儿DO的候选基因。单纯DO组于合并其他结构异常组致病性CNVs的检出率差异无统计学意义(9.5%vs.11.1%,P>0.05)。39例活产,1例死胎,引产的11例中包括8例CMA结果异常者。结论DO与基因组拷贝数异常存在一定的相关性,须进行产前诊断。CMA不仅可以检测微缺失/微重复变异,同时具有发现可疑致病基因的能力,可为DO胎儿的产前诊断、咨询以及预后评估提供依据。
- 张雯雯杜坤符芳李茹张永玲景象一杨昕潘敏甄理韩瑾廖灿
- 关键词：十二指肠梗阻拷贝数变异产前诊断
- 染色体微阵列技术在分析胎儿侧脑室扩张病因方面的应用被引量：14
- 2017年
- 目的探讨全基因组高分辨染色体微阵列分析（chromosome microarrayanalysis，CMA）技术在产前超声或磁共振提示侧脑室扩张（ventriculomegaly，VM）且染色体核型为正常的胎儿中的应用价值。方法收集2011年7月至2016年6月在广州市妇女儿童医疗中心产前诊断中心就诊的341例产前超声或磁共振提示胎儿为VM的孕妇病例，按VM的程度、是否合并其他异常、VM为单侧还是双侧以及孕妇是否高龄等因素进行多维度分组。对所有胎儿样本进行染色体核型分析，对染色体核型正常的胎儿样本进行CMA分析，并对全部病例进行临床随访，了解妊娠结局和新生儿预后。结果（1）341例胎儿样本中，21例为染色体核型异常，异常核型发生率为6．2％（21／341）。320例染色体核型正常，其中有179例（55．9％，179／320）胎儿样本进一步接受全基因组高分辨CMA检测，结果提示12例（6．7％，12／179）胎儿存在致病性拷贝数变异（copynumbervariations，CNVs）。致病性CNVs大小范围在198kb～8．71Mb之间，分别为1q21．3q23．1微缺失、2q37．3微缺失、3p14．1p13微缺失、6q25．3微缺失、8q11．23微重复、10q21．1微缺失、15q11．2微缺失、16p13．11p12．3微重复、22q13．33微重复、22q11．21微重复（22q11微重复综合征）以及Xp21．1微缺失（Duchenne型肌营养不良症）。（2）将VM胎儿的致病性CNVs检出率进行分组比较，轻度VM组和重度VM组分别为7．5％73S．3．1％（P=0．615）；孤立性VM组和非孤立性VM组分别为6．1％vs.7．4％（P=0．732）；单侧VM组和双侧VM组致病性CNVs检出率分别为5．6％vs.7．9％（P=0．511）；高龄组和非高龄组分别为6．7％vs．6．7％（P=1．000）。结论VM胎儿中染色体核型异常检出率为6．2％。在染色体核型正常的VM胎儿中，CMA能额外提高6．7％的致病性检出率，且不同组别的VM与致病性CNVs之间的相关性无统计
- 李周洲符芳雷婷缨李茹景象一杨昕韩瑾潘敏甄理廖灿
- 关键词：侧脑室扩张脑积水拷贝数变异
- 染色体微阵列分析在815例早孕期颈项透明层增厚胎儿中的应用被引量：16
- 2020年
- 目的:探讨颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚胎儿的遗传学病因及预后。方法:收集产前超声提示NT增厚(≥3.0 mm)的胎儿815例,根据NT的厚度将其分为3.0~3.4 mm组、3.5~4.4 mm组、4.5~5.4 mm组、5.5~6.4 mm组以及≥6.5 mm组,又根据是否合并其他结构异常分为单纯NT增厚组和合并其他结构异常组。应用染色体微阵列(chromosomal microarray analysis,CMA)对其进行分析,并追踪妊娠的结局。结果:CMA检测共发现178例胎儿携带致病性CNVs,总体检出率为21.8%。其中染色体数目异常138例,占77.5%;微缺失/微重复综合征14例,占7.9%;其余26例(14.6%)携带非综合征性致病性CNVs。614例成功随访,排除CMA检测阳性以及结构异常后,不良妊娠结局者仅占2.7%。不同NT厚度组胎儿致病性CNVs检出率的差异具有统计学意义(χ^2=107.329,P=0.000);合并与未合并其他结构异常组致病性CNVs检出率的差异有统计学意义(χ^2=7.722,P=0.005);不同NT厚度组总体不良妊娠结局发生率之间的差异有统计学意义(χ^2=109.146,P=0.000)。结论:CMA可作为一线检测技术应用于早孕期NT增厚的胎儿,致病性CNVs的总体检出率高达21.8%,可为产前遗传咨询提供依据。NT厚度与合并超声结构异常、致病性CNVs以及胎儿不良妊娠结局相关,尤以NT≥4.5 mm者为甚。胎儿NT增厚合并其他结构异常时不良妊娠结局的风险增加。
- 杨丹杨昕雷婷缨符芳李茹李东至廖灿
- 关键词：颈项透明层增厚拷贝数变异产前诊断
- 全外显子组测序技术在先天性结构异常胎儿中的应用被引量：4
- 2021年
- 目的探讨全外显子组测序技术在先天性结构异常胎儿产前诊断中的应用价值。方法对排除了染色体病及基因组不平衡的1147个先天性结构异常胎儿家系进行全外显子组测序分析。根据随访结果,对初次测序分析并未明确诊断但孕晚期或出生后有新增表型胎儿的数据进行重新分析。根据累及器官的数目及部位分组。采用STRING数据库以及Cytoscape软件绘制所有的致病性/可能致病性变异的基因调控网络图。应用Fisher确切概率法对各组致病基因诊断率的差异进行比较。结果共有160例胎儿获得了阳性诊断,其中包含数据重分析检出的8例(4.9%,8/163),共涉及125个致病基因的178个变异位点,总体阳性诊断率为13.9%。诊断率最高和最低的分别为骨骼畸形组(31.5%,39/124)以及胸部畸形组(0,0/32)。胎儿水肿及胎儿宫内生长受限的致病基因簇均独立分布,且与主要结构畸形的致病基因无关。每对父母携带相同的隐性致病变异的概率为0.03(39/1146),有阳性家族史者为0.08(4/53)。结论对传统遗传学检测为阴性的先天性结构异常胎儿进行全外显子组测序,可额外检出13.9%与表型相关的致病性/可能致病性基因变异,其对于产前诊断的价值因受累器官不同而存在差异。通过随访,对孕晚期或出生后出现新增表型的病例进行测序数据重分析可进一步提高诊断率。可针对特定病种深入研究,进一步探讨相关的遗传学机制。
- 黎璐珊符芳李茹喻秋霞王丹雷婷缨邓琼张雯雯杜坤杨昕韩瑾甄理潘敏张丽娜黎福成张永玲景象一李东至廖灿
- 关键词：产前诊断单基因遗传病
- 染色体微阵列分析技术用于先天性肺囊性病变胎儿致病基因拷贝数变异的研究被引量：5
- 2019年
- 目的采用染色体微阵列分析(CMA)技术对先天性肺囊性病变胎儿进行检测,探讨其可能的致病基因拷贝数变异(CNV)与先天性肺囊性病变的关系。方法收集2009年7月至2017年3月在广州市妇女儿童医疗中心行侵入性产前诊断的先天性肺囊性病变胎儿共57例,根据是否合并其他结构异常,分成孤立性先天性肺囊性病变组(孤立性组)44例及非孤立性先天性肺囊性病变组(非孤立性组)13例,所有胎儿均行荧光定量PCR(QF-PCR)技术检测以排除常见的染色体非整倍体者,并行染色体核型分析,对其中结果均正常且DNA检测合格的45例胎儿样本进一步行CMA检测。通过检索染色体数据库确定先天性肺囊性病变表型与CNV之间的关系,并分析可能包含的候选致病基因。结果所有胎儿行QF-PCR技术检测均未见常见的染色体非整倍体异常,染色体核型分析均未见异常。57例染色体核型分析结果正常的胎儿中45例DNA检测合格,行CMA检测存在1~11个CNV,共检出258个CNV片段,大小为100.00 bp^6.70 Mb。3例胎儿检出致病性CNV,检出率为7%(3/45)。其中,孤立性组和非孤立性组胎儿的致病性CNV的检出率分别为6%(2/32)及1/13,两组比较,差异无统计学意义(P>0.05)。检出的染色体微缺失和(或)微重复综合征包括肾囊肿糖尿病综合征、遗传性压力易感神经病综合征、肌萎缩-牙齿1A综合征。此外,有23个CNV片段共同出现在2个及以上的胎儿中,其中3个共同的片段包含致病基因(DUSP22、PRSS1、SHOX基因)。结论对于传统的细胞遗传学方法未能检测出的先天性肺囊性病变胎儿的染色体异常,CMA能额外发现部分致病性CNV。推测共同片段中的DUSP22、PRSS1、SHOX基因可能是先天性肺囊性病变的候选基因。
- 刘娟邓琼符芳刘泽群张永玲李发涛郭晓玲刘正平廖灿
- 关键词：染色体非整倍体囊性病变基因拷贝数微阵列分析致病基因胎儿
