史耀舟
- 作品数：3 被引量：7H指数：1
- 供职机构：国家工程研究中心更多>>
- 发文基金：上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 应用基因组DNA芯片揭示中国人幽门螺杆菌菌株基因组多态性
- 目的:幽门螺杆菌(H.pylori)是引起无症状性胃炎、消化性溃疡、胃腺癌以及胃粘膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤的重要致病因子,其基因组多态性与其致病结局密切相关。本研究旨在揭示来于上海患者 H.pylori 临床菌株...
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- 文献传递
- 幽门螺杆菌基因组表达谱芯片的研制被引量：7
- 2007年
- 以H．pylori 26695和J99作为模板,采用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open read- ing frame,ORF)片段。使用Genemachine点样仪进行点样,采用随机九聚体、Cy3-dCTP或Cy5-dCTP和Super- scriptⅡ标记H．Pylori RNA标本,完成芯片杂交过程(?)数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)≤0．5为基因表达上调,若ratio值≥2．0则为表达下调。采用芯片重复性、信噪比评估芯片质量,应用RT-PCR反应验证芯片结果。研制的H．pylori基因组DNA芯片共包括1636个ORF,其中H．pylori-26695为1549个,J99为87个。表达谱数据分析显示大多数阵列具有显著高于背景的杂交信号,信噪比(S/N)≥2的基因点数约占总基因数的87．76%。芯片内点间重复率约为94．05%。通过RT-PCR反应显示,在所选择的20个基因中,大部分基因的RT-PCR结果与芯片检测结果一致。
- 韩跃华刘文忠史耀舟赵国屏萧树东张庆华
- 关键词：幽门螺杆菌基因组表达谱芯片
- 幽门螺杆菌基因组DNA芯片的研制
- 2007年
- 目的研制幽门螺杆菌(H.pylori)基因组DNA芯片。方法以H.pylori26695和J99作为模板,利用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段。使用Genemachine点样仪进行点样,采用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow片段标记H.pylori基因组DNA,并完成芯片杂交和数据读取。数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)<0.5则认为不存在这一基因(记作0),若ratio值≥0.5则认为存在这一基因(记作1)。使用芯片重复性、信噪比以及假阳性率和假阴性率评估芯片质量。结果研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1 882个基因片段,相对应于1 636个ORF,其中H.pylori26695为1 549个,H.pyloriJ99为87个。信噪比(S/N)<2的基因点数约为10%。芯片的假阳性率分别为3.4%(H.pylori26695)和7.21%(H.pyloriJ99),假阴性率分别为0.27%(H.pylori26695)和0.24%(H.pyloriJ99)。芯片内点间重复率为98%,芯片间重复率为97%。结论成功制备了H.pylori基因组DNA芯片,所制备的芯片具有较高点一致性、信噪比和统计学重复性,为在全基因组范围内进行H.pylori的基础和应用研究提供了一工具。
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- 关键词：幽门螺杆菌
