付中民 作品数:117 被引量:202 H指数:11 供职机构: 福建农林大学 更多>> 发文基金: 国家现代农业产业技术体系建设项目 国家自然科学基金 福建省自然科学基金 更多>> 相关领域: 农业科学 医药卫生 生物学 轻工技术与工程 更多>>
蜜蜂病毒的传播方式 病毒传播方式的研究一直是一个发展较为快速的领域.在最近十年间,对于病毒在蜜蜂中的传播和流行病学的探究已经取得一定程度的突破.在本综述文章中将对这方面的研究成果作个简要的叙述.通常情况下,蜜蜂中的病毒可通过水平和垂直两个途... 陈大福 付中民关键词:蜜蜂养殖 病毒传播 流行病学 利用第三代纳米孔长读段测序技术构建和注释蜜蜂球囊菌的全长转录组 被引量:14 2021年 【目的】利用第三代纳米孔(nanopore)长读段测序技术对蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)的纯化菌丝(Aam)和孢子(Aas)进行测序,构建和注释球囊菌的高质量全长转录组。【方法】通过Oxford Nanopore PromethION平台对Aam和Aas进行测序。利用Guppy软件对原始读段(raw reads)进行碱基识别(base calling),通过过滤短片段和低质量原始读段得到有效读段(clean reads)。通过识别两端引物鉴定全长转录本序列。通过比对Nr、Swissprot、KOG、eggNOG、Pfam、GO和KEGG数据库获得全长转录本的注释信息。分别利用CPC、CNCI、CPAT、Pfam 4种方法对长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)进行预测,取四者的交集作为高可信度的lncRNA。【结果】Aam和Aas的纳米孔测序分别测得6321704和6259727条原始读段,经质控得到5669436和6233159条有效读段,其中包含的全长有效读段分别为4497102(79.32%)和4963101(79.62%)条。共鉴定到9859和16795条非冗余全长转录本,N50分别为1482和1658 bp,平均长度分别为1187和1303 bp,最大长度分别为6472和6815 bp。Venn分析结果显示有6512条非冗余全长转录本为菌丝和孢子所共有,分别有3347和10283个非冗余全长转录本为二者特有。此外,在球囊菌菌丝和孢子中共鉴定到20142条全长转录本,其中分别有20809、11151、17723、12164、11340和9833条全长转录本可注释到Nr、KOG、eggNOG、Pfam、GO和KEGG数据库。注释全长转录本数量最多的物种是球囊菌、Polytolypa hystricis和荚膜组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum)。GO数据库注释结果显示,上述全长转录本可注释到45个功能条目,涉及细胞组件、细胞和细胞器等细胞组分相关条目;催化活性、结合和转运器活性等分子功能相关条目;以及细胞进程、代谢进程和单一组织进程等生物学进程相关条目。KEGG数据库注释结果显示,上述全长转录本还可注释到抗生素的生物合成、核糖体、氨基酸的� 杜宇 祝智威 王杰 王秀娜 蒋海宾 范元婵 范小雪 陈华枝 隆琦 蔡宗兵 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈大福 付中民关键词:蜜蜂 蜜蜂球囊菌 不同龄期意蜂消化道酶谱带分布及糖转化酶的研究 2001年 采用聚丙烯凝胶电泳对不同日龄的意大利蜜蜂 (Apismelliferaligustica)的消化道酶进行谱带分析 ,不同日龄意大利蜜蜂消化道酶带分布和对糖转化酶的活性有差异。 7~ 1 8日龄意大利蜜蜂糖转化酶活性最高 ,而 1~ 3日龄最低。相同日龄意大利蜜蜂消化道不同部位糖转化酶活性大小依次为中肠、前肠、后肠。 缪晓青 王建鼎 李江红 王英 林道密 吴珍红 付中民 刘玉梅 张其康关键词:意大利蜜蜂 龄期 消化道酶 蜜蜂规模化饲养管理技术 被引量:3 2019年 我国蜜蜂饲养管理技术在世界养蜂中非常独特,主要特征是饲养管理精细,在蜜粉植物资源不是很理想的条件下仍能获得较高的产量。由于片面追求单群产量,导致养蜂生产机械化程度低、投入劳动多、产品质量差和养蜂收益低,改变我国蜜蜂饲养技术模式已成为当前蜂业发展的主要任务。一、规模化蜂场和蜜蜂规模化饲养技术定义规模化蜂场与蜜蜂规模化饲养技术的概念虽然有关系但有所不同,规模化蜂场重点在蜂场的蜂群数量规模,蜜蜂规模化饲养技术重点在一个人能饲养蜜蜂的数量。 周冰峰 朱翔杰 周姝婧 徐新建 付中民关键词:饲养管理技术 规模化 蜜蜂 养蜂生产 机械化程度 植物资源 意大利蜜蜂工蜂中肠的长链非编码RNA的预测、分析及鉴定 被引量:4 2018年 【目的】预测、分析和鉴定意大利蜜蜂Apismelliferaligustica工蜂中肠的长链非编码RNA(lncRNA),探究lncRNA的作用。【方法】结合lncRNA-seq技术和链特异性cDNA建库方法对意大利蜜蜂工蜂中肠进行深度测序;利用Perl脚本对原始数据进行过滤;联用CPC和CNCI软件对测序数据进行lncRNA预测,并比较lncRNA基因与其邻近的蛋白编码基因的结构特征;通过RT-PCR对随机选取的lncRNA进行鉴定;利用相关生物信息学软件对lncRNA、的上下游基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析。【结果】意大利蜜蜂工蜂中肠样品的lncRNA-seq共得到1 956 118 858原始读段,经过滤得到1 946 489 304有效读段,共预测出6 353个lncRNA,它们较蛋白编码基因含有较少的外显子数、较短的转录本长度。通过RT-PCR验证了9个lncRNA的表达。lncRNA的上下游基因富集在42个GO条目和256条代谢通路,进一步分析结果表明这些lncRNA参与调控意大利蜜蜂工蜂中肠的新陈代谢和细胞生命活动等生物学过程。【结论】研究结果丰富了蜜蜂的lncRNA信息,也为阐明lncRNA在意大利蜜蜂工蜂中肠发育及胁迫响应过程中的作用打下了基础。 熊翠玲 耿四海 王心蕊 刘思亚 陈大福 郑燕珍 付中民 杜宇 王海朋 陈华枝 周丁丁 郭睿关键词:意大利蜜蜂 中肠 长链非编码RNA 温度与PH值对中华蜜蜂(APIS CERANA CERANA)中肠消化酶活力的影响研究 本实验选择蜜蜂最佳发育温度34℃为反应温度,分别以PH值梯度为5.0、6.0、7.0、8.0、9.0的1.0%酪蛋白溶液为蛋白酶代谢底物,以PH值梯度为4.4、4.8、5.2、5.6、6.0、6.4的1.5%可溶性淀粉液... 缪晓青 刘彩珍 张其康 吴珍红 付中民 朱海波 苏荣关键词:蜜蜂饲养 中华蜜蜂 文献传递 网络资源链接 中华蜜蜂控制分蜂热技术 2024年 一、分蜂热的概念及促使分蜂热的主要因素分蜂热是中华蜜蜂饲养管理中较难解决的技术问题,制约了中华蜜蜂饲养管理的规模和效率。养蜂生产必须以强群为基础,分蜂性强的蜂群很难维持强群。分蜂热是指蜂群准备分蜂的状态,突出特点是“怠工”,也就是蜂王产卵减少,泌蜡造脾速度减缓,巢外采集活动积极性减弱。产生分蜂热的蜂群既影响蜂群的增长,又影响养蜂生产,特别是在主要蜜源花期,如果发生分蜂热就会大大影响蜂蜜生产。分蜂热处理不当就会发生分蜂。在中蜂饲养生产上控制蜂群分蜂热是极其重要的管理措施。 朱翔杰 徐新建 徐新建 付中民 周姝婧 周冰峰关键词:蜜蜂饲养 中华蜜蜂 分蜂 中蜂饲养 造脾 强群 基于第三代纳米孔测序技术的东方蜜蜂微孢子虫全长转录组构建及注释 被引量:16 2020年 【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴定全长转录本序列。利用Blast工具将全长转录本比对Nr,Swiss-Prot,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库,获得相应注释信息。分别利用蛋白结构域分析方法CPC,CNCI,CPAT和Pfam对长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)进行预测,获得高可信度lncRNA。利用CPM(counts per million)法计算每一条全长转录本的表达量。【结果】利用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫转录组测序共测得6988795条raw reads,经质控获得6953469条clean reads,其中包含5143999条全长转录本。共鉴定到10243条非冗余全长转录本,N50和平均读长分别为1042 bp和894 bp,最大读长为4855 bp。有9342,4038,4283,2569,4859和3450条全长转录本分别注释到Nr,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库。注释到东方蜜蜂微孢子虫、蜜蜂微孢子虫Nosema apis和家蚕微孢子虫Nosema bombycis的全长转录本数量最多。共鉴定到87条高可信度lncRNA,包含49条正义链lncRNA(sense lncRNA)、25条反义链lncRNA(anti-sense lncRNA)和13条基因间区lncRNA。本研究的测序量足以检测到全部表达的全长转录本,全长转录本的表达量(CPM)范围在0.1到10000以上。【结论】本研究构建和注释了东方蜜蜂微孢子虫的高质量全长转录组数据,可为病原的比较转录组分析、转录本的可变剪接和可变腺苷酸化分析、简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘、基因结构优化以及基因全长序列克隆及功能研究提供关键基础。 陈华枝 杜宇 范小雪 祝智威 蒋海宾 王杰 范元婵 熊翠玲 郑燕珍 付中民 付中民 陈大福 郭睿关键词:长链非编码RNA 蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中长链非编码RNA的比较及潜在功能分析 被引量:3 2021年 【背景】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,可引起成年蜜蜂数量和蜂群群势的急剧下降。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类新近发现的非编码RNA,在表观遗传、细胞周期、剂量补偿等众多生命活动中发挥重要生物学功能。【目的】明确球囊菌菌丝和孢子中lncRNA的数量、种类和表达谱差异,并探究共有lncRNA、特有lncRNA和差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA)在菌丝与孢子中的潜在功能。【方法】利用基于链特异性建库的lncRNA-seq技术对球囊菌的纯化菌丝(AaM)和纯化孢子(AaS)分别进行测序。根据FPKM(Fragment Per Kilobase of per Million mapped reads)法计算lncRNA在AaM和AaS中的表达水平。通过Venn分析筛选AaM与AaS的共有lncRNA和特有lncRNA。按照P≤0.05且|log2 fold change|≥1的标准筛选AaM vs AaS比较组中的DElncRNA。通过Blast工具将共有lncRNA、特有lncRNA和DElncRNA的上下游基因比对GO和KEGG数据库,以进行功能及通路注释。根据靶向结合关系构建共有lncRNA、特有lncRNA和DElncRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络并利用Cytoscape软件进行可视化。利用RT-qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】AaM和AaS分别测得108614646和105675408条原始读段(raw reads),经严格过滤得到107780032和104621402条有效读段(clean reads),Q20分别为98.76%和98.72%,Q30分别达到95.84%和95.78%。共鉴定到850个lncRNA。AaM和AaS的共有lncRNA为701个,二者的特有lncRNA分别为39和110个。上述共有lncRNA通过顺式作用调控3992个上下游基因,它们涉及细胞进程、代谢进程和催化活性等42个功能条目,以及代谢途径、次生代谢物的生物合成和抗生素的生物合成等117条通路;AaM的特有lncRNA和AaS的特有lncRNA通过顺式作用分别调控243和672个上下游基因。AaM vs AaS比较组包含的255个DElncRNA通过顺式作用调控1 陈华枝 王杰 祝智威 蒋海宾 范元婵 范小雪 万洁琦 卢家轩 郑燕珍 付中民 付中民 陈大福 郭睿关键词:蜜蜂球囊菌 长链非编码RNA 菌丝 孢子 中华蜜蜂幼虫肠道中微小RNA的鉴定及分析 被引量:1 2022年 【目的】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术和生物信息学方法对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道的微小RNA(microRNA,miRNA)进行全转录组鉴定和分析,旨在丰富中蜂的miRNA信息,并为深入研究miRNA调控中蜂幼虫肠道发育的分子机理提供依据。【方法】利用sRNA-seq技术对中蜂4、5和6日龄幼虫肠道样品(Ac1、Ac2和Ac3)进行测序,通过数据质控获得有效标签序列(clean tags)。采用Blast工具将clean tags连续比对东方蜜蜂(Apis cerana)基因组和miRBase数据库,以鉴定保守miRNA和新miRNA。采用TPM法对miRNA的表达量进行归一化处理。通过GraphPad Prism7软件统计各组肠道样品中sRNA占比、miRNA长度分布及首位碱基偏向性。利用相关软件预测上述miRNA靶向的mRNA并进行GO和KEGG数据库注释。进一步根据靶向结合关系构建和分析注释到发育和免疫相关通路的基因及其靶向miRNA的调控网络,并利用Cytoscape软件进行可视化。利用茎环反转录PCR(Stem-loop RT-PCR)、分子克隆和Sanger测序验证miRNA的表达和序列的真实性。【结果】共鉴定到中蜂的371个保守miRNA和64个新miRNA;这些miRNA的长度介于18—25 nt且首位碱基主要偏向于U;上述miRNA共靶向14 750条mRNA,涉及离子结合、金属离子结合、细胞膜、细胞膜组件和单一有机体进程等2 270个GO条目,以及内吞作用、细胞凋亡、mTOR信号通路、RNA转运和昆虫激素的生物合成等332条KEGG通路。进一步分析结果显示156个miRNA与注释到Wnt、Hippo、Notch和mTOR等生长发育相关通路的67个靶基因存在调控关系,145个miRNA与注释到Toll、Imd/JNK、Jak-STAT和抗菌效应因子等免疫相关途径的21个靶基因存在调控关系。Stem-loop RT-PCR结果显示miR-8-y、miR-9-z、miR-14-y、miR-281-y、miR-283-x和miR-306-x均能扩增出预期的特异性片段;Sanger测序结果显示上述6个miRNA的序列与深度测序结果一致。【结论】提供了中蜂miRNA的数 冯睿蓉 付中民 付中民 张文德 范小雪 王海朋 万洁琦 周紫彧 康育欣 陈大福 郭睿 史培颖关键词:东方蜜蜂 中华蜜蜂 肠道 微小RNA 调控网络