金晖
- 作品数：8 被引量：23H指数：3
- 供职机构：北京大学基础医学院病原生物学系更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家重点基础研究发展计划北京市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 两种型特异性引物聚合酶链反应法检测乙型肝炎病毒基因型和亚型的评价被引量：2
- 2009年
- 目的比较并评价本室创建的方法和日本Naito等建立的乙型肝炎病毒（HBV）型特异性引物聚合酶链反应（PCR）基因分型法。方法分别用新方法和Naito法检测系列稀释的含有A、D基因型和B1、C2亚型HBV基因组的质粒及不同浓度比例的B1／C2亚型混合质粒，评价两种方法的灵敏度和特异度。此外，用该两种方法分别对深圳市、河北邯郸市、新疆乌鲁木齐市送检的113份HBV DNA阳性慢性乙型肝炎患者的血清标本进行HBV基因分型，并对该两种分型方法检测结果不一致的血清样本，用PCR产物直接测序法分析。结果两种方法对单一型别的质粒样本灵敏度无差异，但新方法对B／C混合型质粒样本的灵敏度及对各型别质粒样本的特异度明显优于Naito法。该两种方法检测单一基因型血清标本的灵敏度无差异，但新方法对B／C混合型血清样本的检出率更高。该两种方法检测结果总符合率为83．2％（94／113），不一致率为16．8％（19／113）。从两法分型不一致的19份血清标本中，选取15份以PCR产物直接测序法进行分析，结果与新方法检测结果完全一致，而与Naito法不一致。结论本室建立的HBV型特异性引物-PCR基因分型法具有较高灵敏度，其特异度也明显优于目前临床上常用的Naito法，适用于HBV基因型和基因亚型的临床及流行病学研究。
- 金晖王杰庄辉李卓闫玲聂晶晶李杰
- 关键词：基因亚型
- A～D基因型乙型肝炎病毒全长逆转录酶区PCR方法的建立及应用被引量：6
- 2008年
- 目的建立适用于扩增我国常见的乙型肝炎病毒(HBV)A～D基因型全长逆转录酶(RT)区(包含全长HBsAg编码区)的聚合酶链反应(PCR)法,并确定其在分析临床标本中的应用价值。方法建立我国HBV基因序列库,设计适用于扩增A～D基因型HBV全长RT区引物,以A～D基因型HBV重组质粒为模板建立半巢式PCR(snPCR)法,并确定该法灵敏度。用所建立的snPCR对44份HBV DNA定量阳性(>5.0×102拷贝/ml)慢性乙型肝炎患者血清标本进行扩增及PCR产物直接测序。结果琼脂糖凝胶电泳及测序证实,snPCR可扩增A～D基因型HBV全长RT区,对A、B、C和D基因型HBV质粒扩增的灵敏度分别为1.2×103、7.0×102、6.0×102和6.0×102拷贝/ml。snPCR检测HBV DNA>5×102拷贝/ml血清标本的阳性率为88.64%(39/44),扩增阴性血清标本HBV DNA滴度均处于103拷贝/ml水平。扩增目的产物经直接测序确证无误。生物信息学分析显示,样品中B和C基因型分别占35.90%(14/39)和64.10%(25/39);其中15.38%(6/39)发生RT区变异,包括4例为已知耐药变异;7例(17.95%)存在HBsAg编码区变异,其中2例为已知免疫逃逸变异;6例(15.38%)发生RT区和HBsAg编码区"镜像改变"。结论建立了一种新的扩增全长RT区(涵盖全长HBsAg编码区)的snPCR。该法结合直接测序法,可同时分析我国HBVA～D基因型已知和潜在的耐药变异位点。
- 刘宝明李彤董建平胥婕李晓光严平王凤水闫玲李文鹏金晖杨靖娴庄辉
- 关键词：乙型肝炎病毒逆转录酶区耐药变异
- 乙型肝炎病毒B基因亚型（Ba，Bj）半巢式PCR检测方法的建立
- 2008年
- 目的建立一种灵敏特异且简便易行的乙型肝炎病毒（HBV）B基因Ba和Bj亚型分型方法。方法用DNAStar软件比较分析GenBank中登录的B基因型HBV（HBV／B）和C基因型HBV（HBV／C）的基因序列，分别设计出HBv／B型特异性引物HB及Ba和目基因亚型特异性引物BA和BJ。第一轮PCR反应以HBV／B型特异性引物HB作为上游引物，以日本学者Sugauchi等设计的引物HBAS-4V作为下游引物（外引物）；第二轮PCR反应同样以HB作为上游引物，亚型特异性引物BA和BJ作为下游引物（内引物），在同一个反应管中进行。根据PCR产物片段的大小判定B基因亚型。随机选取实验室内经型特异性引物PCR法鉴定为HBv／B（56份）及经preS／S区序列测定证实为HBV／C（15份）的HBV慢性感染者血清标本共71份，以研究设计的引物进行半巢式PCR反应，检测Ba和Bj基因亚型，并以载有HBVBi亚型基因组的质粒作为尉亚型的阳性对照。然后随机选取15份B型样本的第一轮PCR产物直接测序，利用Blast和DNAStar软件将测序结果与GenBank中登录的Ba及Bj亚型序列进行同源性分析，验证该半巢式PCR法的准确性。结果56份HBV／B血清标本经该半巢式PCR法检测，均为Ba亚型，随机选取的15份B型PCR产物直接测序，结果均为Ba亚型，与研究中应用的半巢式PCR方法检测结果一致。15份HBV／C的血清标本检测结果均为阴性。结论建立了HBVBa和Bi亚型半巢式PCR法。该方法灵敏、特异、简便、易行，可用于临床和流行病学大样本检测。
- 王杰高俊薇李杰庄辉王佳李雅娟金晖
- 关键词：B基因型半巢式聚合酶链反应
- 乙型肝炎病毒基因型及基因亚型分型方法研究进展
- 目前，根据HBV全基因组核苷酸序列差异≥8％，或S基因序列差异≥4％，将HBV分为9个基因型，分别命名为A～I。现行的HBV基因分型方法有：(1)基因测序分型法;(2)聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分型法(PCR-R...
- 李杰金晖庄辉
- 关键词：乙型肝炎病毒基因分型特异性引物
- 文献传递
- 中国4城市慢性乙型肝炎病毒感染者中B基因亚型分布被引量：1
- 2008年
- 目的了解北京、石家庄、温州和深圳4城市慢性乙型肝炎（乙肝）病毒（HBV）感染者中B基因亚型（Ba和Bj）的分布情况。方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析（PCR-RFLP），对北京（18例）、石家庄（22例）、温州（34例）、深圳（27例）市101例乙肝患者血清标本，经多对型特异性引物巢式PCR鉴定为B基因型慢性HBV感染者的血清标本进行B基因亚型分析，并对部分血清标本以PCR产物直接测序法确定其亚型，以验证PCR-RFLP的准确性。结果经PCR-RFLP分析101例均为Ba亚型，未发现Bj亚型，其中30例经测序分析也证实为Ba亚型。结论4城市的HBV／B主要为Ba亚型。
- 王杰高俊薇庄辉李杰王佳李雅娟金晖
- 关键词：乙型肝炎病毒基因型聚合酶链反应-限制性片段长度多态性
- 新疆维吾尔族慢性乙型肝炎患者HBV基因型及亚型分析被引量：3
- 2010年
- 目的探讨新疆维吾尔族(维族)慢性乙型肝炎患者中乙型肝炎病毒(HBV)基因型及基因亚型。方法用本实验室建立的HBV基因型及基因亚型特异性引物巢式聚合酶链反应(nPCR)法,对54份新疆维族慢性乙型肝炎患者血清样本进行HBV基因型及亚型分析。随机选取11株经nPCR法鉴定为D基因型的样本,同时进行PreS/S区及PreC/C区测序以鉴定D基因亚型。随机选取2株D型HBV进行基因组全长扩增并克隆测序。从GenBank下载75株各国HBVD1亚型参考序列,根据Kimuratwo-parameter法计算中国新疆地区与其他国家的HBVD1亚型株进化距离。结果新疆维族人群HBV感染以D基因型为主,占66.67%,同时存在B(5.56%)、C(5.56%)基因型及混合感染(22.22%)。新疆存在D1和D3两种亚型,以D1亚型为主。新疆D1亚型与中亚哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、蒙古等国及中东地区土耳其、伊朗、埃及等国的进化距离较近。结论新疆维族慢性乙肝患者中D基因型为优势株,主要为D1亚型,其进化距离与中亚中东等国较为接近。
- 聂晶晶闫玲李卓希尔娜依.阿不都黑力力金晖孙奎霞李杰庄辉
- 关键词：乙型肝炎病毒基因亚型
- 两种型特异性引物聚合酶链反应法检测乙型肝炎病毒基因型及亚型的评价
- 目的：比较并评价本研究室和日本Naito等建立的乙型肝炎病毒(HBV)型特异性引物聚合酶链反应(PCR)基因分型法。
材料和方法：分别用新方法和Naito法，检测系列稀释的含有A、D基因型和B1、C2亚型HBV...
- 金晖王杰闫玲李卓聂晶晶李杰庄辉
- 关键词：乙型肝炎病毒血清检测聚合酶链反应基因分型法
- 文献传递
- 乙型肝炎病毒A～D基因型及B1、B2、C1和C2基因亚型巢式聚合酶链反应分型法的建立被引量：12
- 2008年
- 目的建立检测乙型肝炎病毒（HBV）基因型和亚型特异性巢式聚合酶链反应（nPCR）分型法。方法用DNAStar软件比较分析GenBank中登录的A～H8种基因型HBV全基因组序列，用Primer Premier5．0软件进行引物设计，建立nPCR分型法。该法在第一轮扩增基础上，第二轮分为3步扩增：第一步用MixA扩增，检测B、D基因型和C1、C2亚型；第二步用MixB扩增，检测A基因型；第三步用MixC扩增，检测B1和B2亚型。应用该法检测68份慢性HBV感染者的血清样本，并从中随机选取15份样本的PCR产物直接测序，以验证该法的准确性。结果该法检测68份慢性HBV感染者血清样本中，23．53％（16／68）为B2亚型，11．76％（8／68）为C1亚型，48．53％（33／68）为C2亚型，1．47％（1／68）为D型，11．76％（8／68）为B2C2混合型，1．47％（1／68）为C2D混合型，1．47％（1／68）为B2C1D混合型。随机选取15份样本测序分型，结果与PCR法一致。结论nPCR分型法简单快速，具有较高的灵敏度和特异度，可检测A～D基因型和B1、B2、C1、C2亚型。
- 金晖王杰闫玲聂晶晶李杰庄辉
- 关键词：聚合酶链反应基因亚型
