盛华芳
- 作品数：6 被引量：149H指数：5
- 供职机构：南方医科大学公共卫生学院环境卫生学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 基于BIPES分析微生物群落的生物信息学方法的建立
- 微生物以群落形式广泛存在，它与众多研究领域密切相关。在医学领域，人体共生菌群被称为人的“第二基因组”(The other genome)，与健康密切相关;在环境领域，微生物以群落形式发挥功能，驱动生命基本元素(C/N/S...
- 盛华芳
- 关键词：微生物群落结构生物信息学分层聚类算法
- 文献传递
- 河南宝天曼不同林龄与林型森林土壤的细菌群落结构与多样性被引量：33
- 2015年
- 采用高通量16S rRNA标签测序法,比较了地处北亚热带与暖温带过渡带的宝天曼自然保护区不同林龄与林分类型的土壤细菌群落结构及多样性.结果表明:宝天曼森林土壤细菌以变形菌门(29%)、酸杆菌门(18.5%)、疣微菌门(10%)等为主,共检测到60门1209属,优势属主要有疣微菌门的DA101(6.3%)、酸杆菌门的Acidobacteria-2(5.9%)和Candidatus Solibacter(2.9%)、泉古菌门的Candidatus Nitrososphaera(2.6%)等.不同林龄和林分类型土壤分别具有特有的种属组成及高丰度和低丰度种属.林龄与林分类型都对土壤微生物群落结构影响显著,且林分类型的影响大于林龄.80年林龄的锐齿栎土壤菌群多样性在不同林龄和林分类型中均最低.p H、土壤全氮、有机碳等是不同林龄及林分类型下土壤菌群结构变化的重要影响因子.
- 白晓旭史荣久尤业明盛华芳韩斯琴张颖
- 关键词：土壤微生物群落结构ILLUMINA
- 高危型人乳头状瘤病毒感染与阴道菌群的相关性研究被引量：45
- 2016年
- 目的探索高危型人乳头瘤状病毒(high-risk human papillomavirus,HR-HPV)感染阴性与阳性女性之间阴道菌群构成的差异。方法采集2014年9月至2015年9月间于我科就诊的33例未感染HR-HPV(HPV^-)女性及98例感染HR-HPV(HPV^+)患者的阴道分泌物,分别对每个样本进行细菌总基因组DNA提取、16S rRNA V4区基因扩增及采用Illumina高通量测序技术对扩增的PCR产物进行测序等步骤,然后通过BIPES、TSC、GAST等程序,分析阴道菌群物种丰度和结构,并对两组女性的阴道菌群构成进行比较。结果 HPV^-组女性阴道菌群以乳酸杆菌为优势菌属,占81.54%,同时含有少量的加德纳菌属、链球菌属、普氏菌属等。HPV^+组患者阴道菌群中乳酸杆菌属则显著减少(40.48%),加德纳菌属显著增加(32.35%),同时普氏菌属、奇异菌属、厌氧球菌属等多种厌氧菌属相对丰度也有所增加。在HPV^+组女性的阴道菌群中发现布鲁菌属的存在,而HPV^-组中未见此菌属。结论阴道菌群失调与HR-HPV感染之间存在相关性,HR-HPV感染者阴道菌群中乳酸杆菌属显著减少,加德纳菌属等多种厌氧菌属过度增殖,并发现有布鲁菌属存在。
- 潘颖盛华芳康玲马啸郑慧敏周宏伟刘木彪
- 关键词：人乳头状瘤病毒阴道菌群高通量测序
- 微生微生物组学大数据分析方法、挑战与机遇被引量：16
- 2015年
- 微生物组学是新兴学科,与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组,主要包括16S rRNA和宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包括序列处理、分类、注释及统计分析4个环节。随着测序技术的升级,测序成本将逐步降低,而大数据分析将成为核心内容。数据的标准化和可积累性、通过数据建模和预测疾病的发生发展是未来应用的基础,数据知识产权保护以及数据本身价值的开发与保护价值将日益显现,培养和基于培养的功能验证将是未来的重点之一。人体微生物组学将阐述并调整人与微生物组之间的关系,此领域相关研究有巨大的发展空间。
- 盛华芳周宏伟
- 关键词：宏基因组学
- 氧化三甲胺分布特征及其与肠道菌群的关联性被引量：47
- 2016年
- 目的：了解中国社区人群氧化三甲胺（TMAO）分布水平，分析TMAO与心脑血管风险因素的相关性及探讨TMAO与肠道菌群关系。方法研究对象为颈动脉彩超检查无动脉硬化斑块的体检人群，共纳入181例，男96人，年龄30～73岁。采集血清标本，运用稳定同位素内标液质联用法检测TMAO。采集粪便标本，通过Illumina高通量测序检测16S rRNA基因V4可变区，进行肠道菌群检测。采用SPSS分析TMAO与心脑血管疾病相关风险因素相关性，运用QIIME及LEfSe分析肠道菌群，找出与TMAO相关的菌属。结果健康人群中TMAO中值为2.66（1.96～4.91）μmol/L，呈偏态分布。TMAO不同水平组间传统心脑血管疾病风险因子没有差异，也没有特征性肠道菌群结构。通过统计发现TMAO与BMI及肠道菌群中的梭菌目（Clostridiales）下属的厌氧孢杆菌属（Anaerosporobacter）、梭菌属（Clostridiales）、考拉杆菌属（Phascolarctobacterium）、颤杆菌克属（Oscillibacter）及拟杆菌目（Bacteroidales）下属的Alistipes有相关性。结论中国人群TMAO水平普遍较低，TMAO水平与传统心脑血管疾病风险因子没有显著相关性，不同TMAO水平组间肠道菌群组成没有差异，个别菌属与TMAO水平有相关关系。
- 王珊夏耿红何彦廖硕希尹恝盛华芳周宏伟
- 关键词：氧化三甲胺肠道菌群动脉粥样硬化
- 白令海和楚科奇海表层沉积物中多环芳烃降解微生物多样性被引量：8
- 2014年
- 为了研究白令海（海盆及陆架）至楚科奇海陆架表层沉积物中多环芳烃（PAHs）降解菌的多样性，并获得新的PAHs降解菌资源。在GC—MS分析沉积物中PAHs种类和含量的基础上，以萘、菲和芘的混合物为唯一碳源和能源对表层沉积物样品进行富集，通过平板分离鉴定可培养菌株，并验证其降解能力；同时利用变性梯度凝胶电泳（DGGE）和Illumina高通量测序技术分析降解菌群结构。GC—MS测定结果表明，14个表层沉积物中PAHs总干质量介于32．99～276．97ng／g。富集菌群中共分离获得51株可培养细菌，平板纯培养、PCR—DGGE及Illumina测序结果均表明，菌群中优势的降解菌是7Lproteobacteria的Marinobacter，Pseudoalteromonas，Pseudomonas和Actinobacteria门的Dietzia菌。此外，Illumina测序结果还表明14个降解菌群在菌群结构组成上，可分为海盆区和陆架区两种类群；同时检测到一些低丰度的海洋专属PAHs降解菌，如Cyclo—clasticus，Alteromonas和Neptunomonas等。本文结果将加深对白令海及楚科奇海表层沉积物中PAHS降解菌资源与生物多样性的认识。
- 张荣秋董纯明盛华芳白秀花矫立萍刘金禄汪卫国周宏伟邵宗泽
- 关键词：表层沉积物多环芳烃
