【目的】为了从土壤微生物反馈角度为土地类芽胞杆菌(Paenibacillus terrae)NK3-4及有机肥在水稻上的应用提供依据。【方法】设5个处理,分别为常规施肥(F)、NK3-4结合常规施肥(F+NK3-4)、NK3-4结合70%常规施肥量(70%F+NK3-4)及有机肥两个施用量(OF1:2,250 kg hm-2和OF2:4,500 kg hm-2),进行水稻田间小区试验,于水稻分蘖期采集根际土壤,分析根际微生物群落,测定水稻产量。【结果】除F处理千粒重高于OF2外,其他处理各产量构成因素F处理与其他处理之间均无显著差异;OF2单位面积穗数较70%F+NK3-4多21.10%,千粒重低8.96%;OF1穗粒数较70%F+NK3-4低19.22%;70%F+NK3-4单位面积穗粒数较F+NK3-4高18.02%;70%F+NK3-4、OF2、F及F+NK3-4间产量差异不显著,但70%F+NK3-4、OF2及F的产量依次较OF1高12.44%、12.14%和11.94%。从门到目层级,根际微生物群落呈F与其他处理相似性越来越低的趋势,至目及其以下层级,F与其他处理均保持最远的聚类关系。70%F+NK3-4对假单胞菌门富集程度最大、数目最多;F+NK3-4对病毒富集程度最大,对广古菌门的一个种富集数目最多;OF1对广古菌门富集程度最高,OF2则对拟杆菌门及厚壁菌门下的少数类群强烈富集。OF2、F+NK3-4及70%F+NK3-4均提高了绿弯菌门丰度;OF2和70%F+NK3-4均提高了绿弯菌门未分类属的丰度,70%F+NK3-4提高了慢生根瘤菌属丰度。【结论】NK3-4液体菌剂施用与否和有机肥的施用数量影响了水稻产量构成因素、产量及根际微生物群落结构,尤其是70%F+NK3-4及OF2驯化了水稻根际微生物群落,提高了有益菌丰度。结果为以NK3-4和有机物料复配的微生物有机肥开发与应用提供了依据。