李卓
- 作品数：9 被引量：40H指数：4
- 供职机构：吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金高等学校骨干教师资助计划教育部留学回国人员科研启动基金更多>>
- 相关领域：理学医药卫生生物学更多>>
- 乙烯酮自由基（HCCO^·）与二氧化氮（NO2）反应势能面的理论研究被引量：8
- 2005年
- 在CCSD(T)/6-311G(d,p)//MP2/6-311G(d,p)+ZPE水平上对反应HCCO+NO2进行了计算,建立了反应势能面.此反应由反应物通过三步反应到达产物.首先,NO2的O原子进攻HCCO自由基中与H相邻的C原子,形成异构体1[ONOC(H)CO]或2[H(CONOC)O].然后,异构体1和2通过N_O键的断裂形成产物NO和OC(H)CO.最后,产物中的OC(H)CO可以通过C_C键的断裂进一步分解为HCO和CO.由HCCO+NO2反应得到产物NO+HCO+CO.
- 于健康魏志钢黄旭日李卓李前树孙家锺
- 关键词：反应势能面
- 分子动力学模拟研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白与配体作用的影响被引量：1
- 2014年
- 为了研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白(ABP)与配体结合能力的影响,对ABP、ABP结合树胶醛糖复合物及ABP结合半乳糖复合物以及它们各自的突变体分别进行60 ns的分子动力学模拟.模拟结果表明,108号残基突变前后,电子等排体的两个氨基酸残基,使蛋白与配体间的范德华相互作用发生明显变化,同时导致蛋白的内部运动也发生变化,进而影响蛋白与配体的相互作用.进一步分析表明,突变前后的蛋白构象变化都趋向于两个结构域张开,而与配体的结合可减缓张开程度.
- 冯献礼李卓赵熹于辉刘慧玲黄旭日
- 关键词：分子动力学
- 人类胞外信号调节激酶1的同源模建及其抑制剂的对接与结构改造被引量：3
- 2010年
- 通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类胞外信号调节激酶1(hERK1)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的合理性.对所得的结构使用分子对接程序Affinity和CDOCKER进行了两种抑制剂的对接.结果显示这两种抑制剂与酶的结合方式相似,它们均与残基K36,Q87之间存在氢键作用,二者取代基的不同导致了抑制能力的差别.基于对接结果分析,对已知抑制剂进行结构改造,得到了一个理论上结合能力更强的抑制剂.它在保持与K36和Q87之间氢键的同时,又与残基D93,K96,S135形成了四条氢键,显著提高了与酶的相互作用.对接相互作用能显著下降,MM-PBSA结合自由能降为负值,这些均体现了抑制能力的提高.本工作对于针对该酶的抑制剂设计和相关疾病的新药开发具有理论指导价值.
- 张继龙侯瑞哲李卓郑清川张红星
- 关键词：同源模建分子动力学对接抑制剂
- SiNP分子结构及稳定性的理论研究被引量：2
- 2005年
- 采用B3LYP/6-311G(d),QCISD和CCSD(T)方法,对单重态和三重态SiNP体系的异构化进行了研究.在QCISD/6-311G(d)水平下,得到了7个稳定的异构体,它们由4个过渡态所连接,其中三重态线型异构体SiNP(31,3Σ1),单重态环状异构体SiNP(14,1A′)和单重态线型异构体SiNP(11,1Σ)都具有较大的热力学及动力学稳定性.
- 于健康陈广慧黄旭日李卓孙家锺
- 关键词：B3LYP异构体势能面
- 理论线性溶解能参数在苯砜基羧酸酯类化合物急性毒性QSAR研究中的应用被引量：6
- 2006年
- 采用密度泛函理论方法,在B3LYP/6-31G(d)理论水平下,计算了45种苯砜基羧酸酯化合物的量子化学参数.经多元线性回归分析,得到描述此类化合物对发光菌急性毒性的模型:-lgEC50=3.02+6.24EHOMO-0.091μ-0.006P+1.22q(1)-6.67q(10),其中R=0.92,r2adj=0.82,F=42.0,q2=0.79.通过对模型进行分析,得到如下结论:苯环和酯基取代基的电负性越大,分子体积越小,毒性越大.该研究为探讨此类化合物急性毒性的机理奠定了理论基础.
- 杭烨超李吉来李卓黄旭日耿彩云李方实孙家锺
- 关键词：急性毒性密度泛函理论QSAR
- 多尺度分子模拟研究来自于无类囊体蓝藻的五聚体门控离子通道门控机理
- 2011年
- 五聚体门控离子通道是一个重要膜蛋白家族,在生理学过程中起到重要作用.我们以来自无类囊体蓝藻(Gloebacter violaceus:GLIC)的五聚体门控离子通道X-ray结构为模型,进行总共1.05μs的粗粒化分子模拟,并结合原子级分子模拟方法,观察到其离子通道的闭合和相应的四级结构扭转.我们发现其位于跨膜区组成通道的M2螺旋通过倾斜-旋转(指向通道中心)的协调运动来完成通道闭合.进一步分析并结合前人的实验结果,我们提出了该离子通道门控过程的可能的"连锁反应"机理:由单独亚基的M2螺旋前部构象变化引发,使该亚基发生整体的构象变化,并且将这种变化传递到了邻近的亚基,进而带动整个通道的构象变化,最终完成通道的闭合.
- 于辉李卓赵熹黄旭日
- 关键词：门控粗粒化
- 大环炔基噻吩衍生物的结构和UV-Vis光谱的理论研究被引量：1
- 2010年
- 用DFT和TDDFT方法对大环炔基噻吩衍生物的结构和UV-Vis光谱进行了理论研究.对分子不同的对称性结构(C1,C5,C5v)进行了优化,得到了稳定的几何构型.以优化构型为基础计算了分子的UV-Vis光谱,结果表明,C5,C5v对称性下丁基取代的分子构型(C[3T_DA]5-Bu)都是较稳定的;当分子构型具有C5对称性时,得到的光谱数据与实验值符合的较好.对于大环噻吩C[3T_DA]5衍生物,性质相同取代基的体积大小及分子对称性都将影响结构的稳定性.
- 黄双任爱民李卓赵杨闵春刚
- 关键词：含时密度泛函理论紫外可见光谱
- 聚苯乙烯在石墨表面吸附的分子动力学模拟被引量：6
- 2006年
- 采用分子动力学（MD）模拟方法研究了单链聚苯乙烯（PS）在石墨表面的吸附．模拟结果表明，吸附后PS在平行于石墨表面的方向可视为准二维椭圆结构，并且在此方向上的均方回转半径值（R^2∥）与其所含单体数目（N）具有指数关系R^2∥～N^2v，指数2v约等于1．04；最后指出PS吸附过程的主要驱动力为PS链段与表面之间的范德华作用力．
- 赵莉杨华李卓李泽生孙家锺
- 关键词：聚苯乙烯分子动力学模拟
- 剪切场作用下环形二嵌段共聚物微相形态变化的耗散粒子动力学研究被引量：13
- 2007年
- 采用耗散粒子动力学(Dissipative particle dynamics,DPD)方法研究了在剪切场作用下,环形二嵌段共聚物微观相分离过程中的形态变化.在层状(lamellae,LAM)体系中发生了微相的平行重取向和平行-垂直转变以及剪切导致的波动不稳定现象.对于穿孔层状(Perforated lamellae,PL)体系,强剪切导致了穿孔层状-柱状(Hexagonal cylinder,HEX)微相转变.在剪切场作用下,柱状体系中同样也有平行重取向发生.可以用相区破坏-相区重生的两步机理描述微相的平行重取向、平行-垂直转变以及PL-HEX转变现象.在球状相(Body centered cubic,BCC)体系中发现了剪切诱导相融合.
- 刘伟钱虎军吕中元李卓孙家锺
- 关键词：剪切耗散粒子动力学
