曹蓝 作品数:56 被引量:350 H指数:12 供职机构: 广州市疾病预防控制中心 更多>> 发文基金: 广东省医学科学技术研究基金 广州市医药卫生科技项目 广东省自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 农业科学 生物学 更多>>
2016-2018年广州市H6亚型禽流感病毒外环境分离株HA基因遗传特征分析 被引量:2 2019年 目的对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果2016-2018年广州禽类市场外环境分离到6株H6亚型禽流感病毒,HA基因核苷酸同源性在81.0%~99.1%之间。基因序列特征分析显示,所有分离株裂解位点序列相对保守,只有1个碱性氨基酸插入,呈现低致病性禽流感病毒分子特点。受体结合位点均为226Q和228G,为禽类呼吸道上皮受体结合位点。2016年分离株发现183-NNT糖基化位点的缺失。进化分析显示,广州早期分离株属于广东常见的ST2853-like分支,但2018年监测发现了ST339-like新流行分支病毒。结论广州地区H6亚型禽流感病毒尚为禽类低致病性病毒,本研究毒株HA基因变异较大,2018年毒株出现多遗传分支进化趋势,因此需要继续监测H6亚型禽流感病毒的流行和变异。 曹蓝 李魁彪 鲁恩洁 陈艺韵 刘艳慧 夏丹 狄飚关键词:HA基因 新冠疫情大流行期间广州市H3N2流感病毒分子流行特征分析 2024年 分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本,进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示,新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰(阳性率为52.23%),流行强度和持续时间均高于2019年H3N2流感流行期。2022年流行株HA基因和NA基因均属于3C.2a1b.2a.1a.1分支,与2019年冬季的H3N2流行株进化分支(Group-3 毒株3C.2a1b.1a)不同。2022年流行株抗原位点变异主要发生在C区I48T位,HA蛋白受体结合位点与疫苗株一致。大部分流行株在HA蛋白上带有13个糖基化位点,一起暴发疫情分离株发生24-NST处糖基化位点的缺失。综上,新冠疫情大流行期间,引起广州市2022年H3N2流感流行的病毒株属于新衍生进化分支,进化起源上并非由2019年广州市毒株直接传播进化而来。 曹蓝 周腾飞 陈艺韵 马蒙蒙 夏丹 刘艳慧 李魁彪 狄飚 秦鹏哲 张周斌关键词:分子变异 新型冠状病毒 2003—2020年广州市19家市级流感监测哨点医院流感样病例监测分析 被引量:17 2022年 目的分析探讨广州市2003—2020年流感监测哨点医院流感样病例监测结果,为流感防控提供科学依据。方法通过中国疾病预防控制系统查询广州市历年流感报告病例数,报告发病率;通过广州市突发公共卫生事件监测与预警系统收集广州市各哨点医院历年流感样病例监测信息;并对上述信息进行描述性流行病学分析,使用分层资料的χ^(2)检验分析不同年份和不同性别流感发病情况的差异。结果自2008年起广州市累计监测门(急)诊就诊总人数10143万余人次,报告流感样病例503万余例,报告发病率自2015年以来持续增长(男性:χ^(2)=371894.146,P<0.001;女性:χ^(2)=366740.254,P<0.001),且男性总体发病率高于女性(χ^(2)=972.707,P<0.001)。流感样病例发病高峰期主要出现在1月、3—7月以及11—12月,各年份总体趋势大致相同;流感样病例主要年龄段为0~4岁组婴幼儿,5~14岁组儿童次之。流感报告病例主要集中于5~14组儿童,0~4岁组婴幼儿次之;流感报告病例男性高于女性,且差异有统计学意义(P<0.001)。流感病原学监测显示广州市主要流行毒株为A(H1N1)型(41.32%),A(H3N2)型次之(29.53%);不同年份优势毒株有所差异。结论广州市2003—2020年流感样病例流行呈季节性,流行强度有逐渐增强的趋势,且男性发病高于女性,但新型冠状病毒肺炎疫情防控常态化对于流感防控有积极作用。 吴迪 曹蓝 刘艳慧 陈艺韵 李魁彪 陆剑云关键词:流行性感冒 流感样病例 发病率 2020年广州市外环境禽流感病毒监测与职业暴露人群血清学分析 被引量:2 2023年 目的分析2020年广州市新冠肺炎常态化管理背景下,禽类市场外环境禽流感病毒的污染情况和职业暴露人群的感染现状,为人禽流感疫情的防控提供科学依据。方法2020年1—12月在广州市每个社区卫生服务中心辖区内选择1家禽类市场进行抽样,实时荧光定量PCR方法检测A型及H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸。采集职业暴露人群的血清标本,使用血凝抑制试验方法检测抗体滴度。结果共检测17068份环境标本,A型及H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸阳性检出率分别为16.94%、1.90%、0.12%、12.66%,H9亚型占A型禽流感病毒总阳性率的74.71%。8~9月和12月出现2次流行高峰,2~3月阳性率最低。广州市周边城区各型别禽流感病毒核酸阳性检出率高于中心城区(χ^(2)=1118.120、86.531、9.576、881.309,P<0.05)。A型禽流感病毒核酸阳性检出率最高的标本类型分别为禽类饮用水(26.10%)、脱毛机内壁(21.49%)和档口地面(21.08%)。1712份血清标本,48份为血凝素抗体阳性,H5、H7、H9亚型禽流感病毒均有检出。结论2020年广州市禽类市场外环境禽流感病毒以H9亚型为主,H5、H7亚型共流行,职业暴露人群存在禽流感病毒隐性感染,应加强主动监测。 夏丹 刘艳慧 曹蓝 陈艺韵 朱娉婷 李魁彪 狄飚关键词:禽流感 甲型H3N2流感病毒基因特征全基因组测序分析 被引量:3 2022年 目的通过对H3N2流感病毒进行全基因组序列基因特征分析,为H3N2流感的科学防控提供研究数据。方法选取2019年广东省广州市13株H3N2流感病毒进行全基因组序列测定,通过生物信息学软件分析各基因特征。结果各基因核苷酸同源性最低为94%,最高为100%,差异最大为NA基因(94%~100%),差异最小为PA基因(98.9%~100%)。各基因核苷酸位点变异率最高为NA基因(8.37%),最低为PA基因(2.14%),不同基因核苷酸变异率差异具有统计学意义(χ^(2)=123.503,P=0.000)。各基因均与疫苗株A/HONG KONG/2671/2019(H3N2)归属于同一进化分支,且来源于门诊监测毒株与暴发疫情毒株进化起源相同。根据流行时间的不同,HA、PB2、PB1、NP、M、NS基因可以继续划分为Group 1-3三个小分支,Group 1分支流行于2019年1-8月,Group 2分支流行于2019年11-12月,Group 3分支同时包含2019年1-8月和2019年11-12月流行期的毒株。结论2019年广州H3N2流感病毒与疫苗株位属于同一进化分支,不同来源毒株具有相同的进化起源。但全基因组在进化特点、同源性、分子变异率等方面存在基因多样性差异。 曹蓝 李魁彪 陈艺韵 吴迪 曾庆 夏丹 刘艳慧 狄飚 张周斌关键词:全基因组 基因进化 2019—2020年广州市流感暴发疫情特征分析 被引量:17 2021年 目的分析2019—2020年广州市流感样病例暴发疫情特征,为流感防控提供科学依据。方法通过中国流感监测信息系统和突发公共卫生事件管理信息系统收集2019—2020年广州市11个区报告的流感样病例暴发疫情和突发公共卫生事件信息,使用描述性流行病学的方法分析2019—2020年广州市流感暴发疫情的流行病学特征。结果2019—2020年广州市累计报告197起流感样病例暴发疫情,主要集中在4、5、12月。2019年报告183起,2020年仅1—2月报告14起流感样病例暴发疫情;全市11个区均有报告流感样病例暴发疫情,其中报告超过30起的有花都区、黄浦区和南沙区(分别报告48、47、32起);疫情主要集中在小学、中学和托幼机构(分别报告135、39、11起,所占比例分别为68.53%、19.80%、5.58%);实验室检测结果显示,A(H3N2)型124起(62.94%),B(Victoria)型38起(19.29%),A(H1N1)pdm09型15起(7.61%),混合型11起(5.58%),未分型9起(4.57%),A(H3N2)型为2019—2020年绝对优势毒株。结论2019—2020年广州市流感样病例暴发疫情主要集中在2019年4—5月、2019年12月—2020年1月,A(H3N2)为2019—2020年绝对优势毒株。2020年新型冠状病毒肺炎疫情防控极大的抑制了流感的流行强度。 吴迪 曹蓝 刘艳慧 陈艺韵 贺晴 李泳光 陆剑云关键词:流感 流感样病例 暴发疫情 流行病学特征 广州市某高校一起人鼻病毒感染暴发疫情调查分析 被引量:8 2021年 目的调查分析新型冠状肺炎(简称新冠肺炎)流行期间广州市某高校一起由人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)引起的上呼吸道感染暴发疫情的流行,为HRV暴发疫情预防控制提供科学依据。方法采用现场流行病学调查方法,对病例进行现场流行病学调查;采集出现病例班级的学生咽拭子利用呼吸道多病原体检测试剂盒进行呼吸道或病原体核酸检测。结果本起疫情累计报告病例29例,罹患率为0.49%(29/5 868),其中男性25例,女性4例,男女比例为6.25∶1。首发病例发病时间与其他发热病例时间均在一个星期之内。班级分布有明显聚集性,主要集中在三个班级中。病例临床表现主要以发热为主(100.00%),为一过性发热。结论 HRV感染引起的症状多为一过性发热轻症病例,且主要为男性病例。在新冠肺炎疫情防控常态化背景下,学校等单位发生聚集性发热疫情除排查新型冠状病毒及流感病毒核酸外,如阴性亦需排查鼻病毒等呼吸道病原体以明确病原体。 吴迪 麦玥雪 莫骏健 曾庆 曹蓝 刘艳慧 王大虎 陆剑云 景钦隆关键词:鼻病毒 暴发疫情 流行病学调查 D-多巴色素异构调节酶研究进展 2022年 D-多巴色素异构调节酶(D-dopachrome tautomerase,D-DT)为目前所知的巨噬细胞移动抑制因子(macrophage migration inhibitory factor,MIF)蛋白超家族的2个成员之一,与MIF在基因、结构和生物学功能方面有诸多相似之处。D-DT被认为是脓毒症和卵巢癌高度敏感的生物标志物,目前研究尚较少,现通过现存文献学习,对D-DT的基因和结构、生物学功能等方面系统综述,并与MIF进行比较,旨在为进一步研究D-DT的生物学特性提供参考。 黄冰 曹蓝关键词:生物学功能 三株H9N2亚型禽流感病毒的全基因组遗传演化分析 目的:本研究旨在从分子水平探讨华南地区H9N2亚型禽流感病毒的演化和变异规律。方法:采用RT-PCR方法对三株H9N2亚型禽流感病毒全基因分别进行了扩增,然后进行序列测定与分析。结果:结果表明,各个基因片段均含有相应病毒... 刘国乾 曹蓝 和君 焦培荣 亓文宝 廖明关键词:禽流感病毒 全基因组 基因变异 广州市两株人感染H5N6禽流感病毒全基因组序列特征分析 被引量:4 2020年 H5N6禽流感是重要的人兽共患病,给公共卫生带来严重威胁。为研究人感染H5N6禽流感病毒的基因特征,本文对广州市两株人感染H5N6禽流感病毒进行全基因组序列扩增,应用生物信息学软件分析分子变异和遗传进化特征。结果显示:两毒株各基因片段同源性存在差异,血凝素(Hemagglutinin,HA)基因同源性最高为98.3%,PB2基因同源性最低为85.2%。A/Guangzhou/41641/2014(H5N6)病毒的HA、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)、聚合酶碱性蛋白2(Polymerase basic protein 2,PB2)基因与猫源毒株A/feline/Guangdong/1/2015(H5N6)亲缘关系较近,推测可能起源于共同祖先。两株病毒均为禽源高致病性病毒,HA和NA表面蛋白受体结合位点、裂解位点和耐药位点未发生变异。内部基因重要位点均有不同程度的变异,其中以41641病毒变异较大,并发生PB2蛋白E627K突变。两株病毒均发生与不同亚型病毒之间的重组现象,41641病毒的内部基因分别与H5和H9N2/H7N9发生重组,其中PB2和PB1基因分别与2013年暴发的华南分支和华东分支H7N9禽流感病毒亲缘关系相近,A/Guangzhou/37845/2015(H5N6)病毒的内部基因与H5N1/H5N6病毒发生重组。因此,广州市两株人感染H5N6禽流感病毒进化起源不同,属于两种不同的基因型,本研究推测2013年暴发的H7N9禽流感病毒在新型H5N6重组病毒的进化过程中起到重要作用。 曹蓝 李魁彪 刘艳慧 陆剑云 陈艺韵 苏文哲 鲁恩洁 夏丹 狄飚 张周斌关键词:基因重组 进化