何群 作品数:53 被引量:140 H指数:7 供职机构: 中国医科大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 辽宁省自然科学基金 辽宁省教育厅高等学校科学研究项目 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 文化科学 理学 更多>>
转录因子HSF4的生物信息学分析 被引量:2 2016年 热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育及多种生理病理过程。现对9个物种的HSF4蛋白序列进行了多序列对比、进化痕迹分析和蛋白质特定功能区域分析,发现两个保守区域:一个是75-119保守区域,其部分位于文献报道的HSF家族的DNA结合区域,该区域呈现锤子状颈环结构,中部富含亲水氨基酸,提示该颈环结构有嵌入DNA结构内部解开其双链结构起转录调控的作用;另一保守区域在176-230,呈现卷曲螺旋(coil)结构,可能跟HSF4与DNA识别、结合、固定功能相关。对HSF4的生物信息学分析可以为其功能研究奠定理论基础。 马汝海 钟连声 王天骄 潘忠诚 赵雨杰 王绍成 何群关键词:生物信息学分析 转录调控 消化系统肿瘤中p53和K-ras基因突变及其相互关系的研究 何群低密度cDNA芯片技术的优化 被引量:2 2004年 为了建立稳定的低密度cDNA芯片技术平台,研究靶基因的最适长度、浓度、点样溶液种类及杂交反应动力学,并了解该芯片的重复性与可靠性.结果表明,杂交具有较好的特异性,不同长度(189~1078bp)、浓度(0.5g/L、1.0g/L、1.5g/L)的同一靶基因杂交信号强度无明显差别;以50%DMSO为点样溶液者杂交信号最好(P=0.0001).60℃杂交18h信号最佳(P<0.001).重复2次检测结果差异无显著性(P=0.348),重复性较好,其相关系数为0.588.与RT-PCR结果相比,相关系数为-0.778(P<0.0001),特异性为100%,灵敏度为80%(16/20),可靠性较好. 赵雨杰 黄宝俊 徐惠绵 何群关键词:CDNA芯片 可靠性 α-2,3-唾液酸糖基转移酶ST3家族分子序列生物信息学分析 被引量:1 2011年 目的比较探讨人类α-2,3-唾液酸糖基转移酶家族成员间的同源性,探讨其进化规律及其与功能相关性。方法利用网上数据库和生物信息学软件对核酸及蛋白质序列进行同源比较、结构域分析和进化树绘制。结果人类α-2,3-唾液酸糖基转移酶家族一级结构、二级结构均有较高的同源性,系统进化分析显示其各成员来源于同一祖先并在不同时期分野。结论各成员来自于同一祖先的同一家族,其进化方式属于趋异性进化,家族中各亚型底物特异性可能与其糖基化位点相关。 马汝海 钟连生 潘忠诚 王天骄 何群关键词:同源性分析 结构域 系统进化树 原子吸收光谱法检测肝癌、肝硬化、肝脓肿患者血清中Cu、Zn、Cr、Mn、Mg微量元素含量 被引量:11 2000年 应用原子吸收光谱法检测了肝癌、肝硬化、肝脓肿患者血清微量元素的含量 ,发现肝癌和肝硬化患者血清内Cu含量明显高于正常对照组和肝脓肿组 (P <0 0 0 1 ) ,Cr、Mn含量明显低于正常对照组 (p <0 0 0 1 )和肝脓肿组 ,肝脓肿患者血清内微量元素含量与正常对照组无显著性差异 (p <0 0 5 )。结果表明 :肝癌、肝硬化患者Cu、Mn、Cr存在代谢异常。 何群 马汝海 李延宾 张凯 李守芬关键词:微量元素 肝癌肝硬化 肝脓肿 光谱法 CEACAM1异常表达对白血病BALL-1细胞增殖的影响 2014年 通过si RNA技术抑制癌胚抗原相关粘附分子CEACAM1在人急性B淋巴细胞白血病细胞系BALL-1中的表达,体外实验研究异常表达于白血病B细胞的CEACAM1对细胞增殖的影响。应用CCK-8法测定细胞增殖发现CEACAM1表达下调后BALL-1细胞的增殖能力明显下降。细胞周期分析结果显示CEACAM1被抑制后细胞增殖状态表现为S期细胞百分比降低,G0/G1期细胞比例升高,提示CEACAM1表达下调是通过引起细胞周期停滞在G0/G1期来降低细胞增殖的,表明CEACAM1本身对白血病B细胞具有促进增殖的作用。 赵文瑾 刘丹丹 钟连声 何群 赵雨杰关键词:CEACAM1 增殖 大肠癌组织p53基因突变及其与临床病理关系的探讨 被引量:1 1997年 应用非同位素标记PCR-SSCP技术对34例大肠癌组织p53基因第五外显子突变进行了检测。结果:50%(11/22)结肠癌,8.3%(1/12)直肠癌存在p53基因突变,低分化腺癌高于高、中分化腺癌(P<0.05),DukesB、C期高于DukesA期(P<0.05),p53基因第五外显子突变在已发生淋巴转移的大肠癌组织中呈现较强的趋势。提示:检测结肠癌原发灶p53基因第五外显子突变,对指导结肠癌的诊断。 高喜廉 何群 张玉魁 张岐山关键词:结肠癌 直肠癌 P53基因 基因突变 基于生物信息学分析构建转录因子E2F1调控微RNA及其靶向基因网络 被引量:1 2022年 目的运用生物信息学方法分析构建E2F1对微RNA(miRNA)的转录调控进而影响下游靶基因mRNA的转录因子网络,从而探讨E2F1通过miRNA参与肿瘤发生发展的机制。方法基于TCGA数据库筛选存在E2F1上调表达的肿瘤组,检索存在E2F1差异表达的20种肿瘤组织中差异表达的miRNAs。分析差异表达miRNAs的靶基因,并与差异表达mRNAs取交集以构建E2F1-miRNA-mRNA调控网络,对靶基因进行富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,构建蛋白质相互作用网络,讨论E2F1调控miRNA及其靶基因,进而影响肿瘤发生发展的生物机制。结果通过生物信息学方法分析构建的TF-miRNA-mRNA调控网络,展现了miR-7,miR-9,miR-17,miR-21,miR-22,miR-24并调节micoRNA in cancer信号通路。结论E2F1转录因子在多种癌症中起促癌作用,本研究为泛基因组癌症的早诊与设计治疗药物提供了潜在的靶点。 朱文韬 曲浩宁 何群关键词:E2F1 MIRNA MRNA 调控网络 应用凝集素芯片检测胃正常黏膜上皮细胞与胃癌细胞膜表面糖链表达 被引量:2 2009年 目的应用凝集素芯片检测胃正常黏膜上皮细胞系GES-1和胃癌细胞系SGC7901、MKN45细胞膜表面糖链表达,并对芯片上捕获的细胞进行初步的免疫荧光研究。方法用胶原酶Ⅱ消化细胞系,利用芯片上的凝集素位点对糖链的亲和特异性捕获荧光标记的细胞,激光共聚焦扫描仪扫描检测细胞膜表面糖链表达。结果在大多数凝集素位点上,这几种细胞均显示出荧光信号;在凝集素位点WBA、EEL、MAH-Ⅱ上均未显示荧光信号;其中,与GES-1相比,胃癌细胞系SGC7901和MKN45在LTL、HHL位点上基本没有荧光信号。结论根据凝集素的亲和特异性说明,这几种细胞系膜表面共同表达的糖链包括:唾液酸、乙酰葡萄糖/葡萄糖、乙酰半乳糖/半乳糖、甘露糖等糖链。其中,胃癌细胞系SGC7901和MKN45可能较少表达岩藻糖。 李春辉 何群 马静红 潘忠诚 王天骄 张玉魁 赵雨杰关键词:胃癌 免疫荧光 应用细胞芯片捕获人正常胃细胞系、胃癌细胞系细胞并检测其细胞表面CD表型的差异 被引量:2 2010年 目的构建一种细胞芯片,根据芯片表面固定的CD抗体与细胞膜表面CD抗原免疫结合原理捕获细胞,检测人正常胃黏膜细胞系GES-1、胃腺癌细胞系7901细胞表面CD抗原表达的差异。方法将64种CD抗体蛋白固定在化学修饰醛基玻片上制成抗体阵列,将GES-1、7901细胞用胶原酶消化制成单个细胞悬液,用吖啶橙荧光标记后与芯片进行孵育,洗去芯片上游离的细胞,激光扫描仪检测芯片上CD抗体各点捕获到细胞的荧光信号,以此判定GES-1、7901细胞膜表面CD表型情况。结果发现CD9、CD13、CD29、CD44、CD49e、CD55、CD71、CD95抗体点均捕获到GES-1、7901细胞;CD15、CD24抗体点仅捕获到GES-1细胞;CD77、CD133、CD103、CD64抗体点仅捕获到7901细胞。结论 CD15和CD24可能是人正常胃黏膜细胞系GES-1细胞的表面标志物,CD77、CD133、CD103、CD64可能是人胃癌细胞系7901细胞的标志物。 马静红 何群 徐晓雪 王天骄 潘忠诚 钟连声 张玉魁 赵雨杰关键词:细胞芯片 GES-1细胞