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基于高维特征选择的定量序效关系研究: 定量序效关系主要从生物分子一级序列出发定量研究序列与活性(性质)之间的内在联系,并给出恰当的函数描述,从而达到对未知目标功能预测及指导结构修饰和改造等目的。特征表征和特征筛选是定量序效研究中的两个重要问题。合理的特征表...; 韩娜; 关键词：CTL表位 MHC分子

酚对发光菌毒性预测及评估的非线性高效模型构建方法及应用: 本发明公开了一种酚对发光菌毒性预测及评估的非线性高效模型的构建方法及应用，利用非线性SVR技术对源自现有技术的18个酚类化合物对发光菌的毒性表示为log EC<Sub>50</Sub>进行QSAR研究。这项工作的目的是基...; 周玮袁哲明吴树波代志军陈渊韩娜; 文献传递

基于岭回归和SVM的高维特征选择与肽QSAR建模被引量：2: 2013年; 岭回归估计权重绝对值在一定程度上体现了对应特征作用大小,据此发展了基于岭回归(RR)和支持向量机(SVM)的高维特征选择算法.对苦味二肽(BTT)和细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位9肽两个肽体系,以氨基酸的531个物理化学性质参数直接表征肽结构,各获得1062、4779个初始特征;对训练集,初始特征以岭回归排序后序贯引入,当SVM留一法交叉测试(LOOCV)的均方误差(MSE)显著上扬时终止,最后以多轮末尾淘汰进一步精筛,分别获得7、18个物理化学意义明确的保留特征.基于保留特征与支持向量回归(SVR),对训练集建立定量构效关系(QSAR)模型,预测独立测试集,其拟合精度、留一法交叉测试精度、独立预测精度均优于现有文献报道结果.新方法运行速度快,选取的特征物理化学意义明确,解释性强,在肽、蛋白质定量构效关系建模等高维数据回归预测领域有较广泛应用前景.; 王志明韩娜袁哲明伍朝华; 关键词：定量构效关系岭回归支持向量机

酚对发光菌毒性预测及评估的新型非线性高效模型构建方法及应用: 本发明公开了一种酚对发光菌毒性预测及评估的新型非线性高效模型的构建方法及应用，利用非线性SVR技术对源自现有技术的18个酚类化合物对发光菌的毒性表示为log EC<Sub>50</Sub>进行QSAR研究。这项工作的目的...; 周玮袁哲明吴树波代志军陈渊韩娜; 文献传递

基于高维特征非线性筛选的HLA-A*0201限制性CTL表位预测被引量：2: 2013年; 高活性细胞毒T细胞(CTL)表位鉴定是设计肿瘤疫苗的关键内容.采用天然氨基酸的531个物理化学性质参数表征HLA-A*0201限制性表位9肽,从531×9个初始描述子出发,经二元矩阵重排过滤器粗筛和多轮末尾淘汰精细筛选,获得18个物理化学意义明确的保留描述子.18个保留描述子主要涉及除1位、5位外各位置残基的疏水性和空间结构特征,3位残基疏水性对活性影响最大,且2位、4位、9位残基共占10个保留描述子,支持2位和9位残基为锚点、3位为关键位点以及4位残基为标志链的现有认知.对18个保留描述子以支持向量回归构建定量序效模型,其拟合、留一法交叉验证决定系数R^2、Q_(cv)~2分别为0.957、0.708;独立预测决定系数及均方根误差Q_(ext)~2、RMSE_(ext)分别为0.818、0.366,明显优于文献报道.通过对全组合虚拟9肽的预测,得到了多条预测活性高于已知表位肽的9肽,可供实验验证.较全面阐明了特定位置残基对多肽亲和性的影响规律,为高活性多肽疫苗分子设计提供了切实指导.; 韩娜袁哲明陈渊代志军王志明; 关键词：抗原肽支持向量回归多肽疫苗

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韩娜