谭军
- 作品数：18 被引量：127H指数：6
- 供职机构：重庆邮电大学生物信息学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金重庆市自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术农业科学文化科学更多>>
- 用计算机对人类TSPY1基因P53结合位点的鉴定被引量：4
- 2005年
- 根据p53下游基因在其调节区域(启动子或内含子)含有与P53蛋白特异性结合的一致性序列5’?RRRCWWGYYYN(0-13)RRRCWWGYYY-3’,R=G或A,W=T或A,Y=C或T,N=A,C,T,G。用计算机对人类基因组中P53结合位点进行了研究,发现Y染色体上的TSPY1基因内含子中含有这样的一致性序列5’-GGGCTAGTTTtgGAGCTAGCCT-3’,意味着TSPY1基因有可能是一个p53下游基因。
- 舒坤贤谭军张继承谢永芳李鸿健
- 关键词：P53基因
- microRNA的研究进展被引量：10
- 2005年
- 在多细胞生物的基因组中都存在一类非编码RNA基因,能够产生长度约为22个核苷酸的小分子RNA,称为mi鄄croRNA(miRNA),具有调节其他基因表达活性的功能。miRNA的发现,为我们理解复杂的基因调节网络开辟了新的空间。本文概述了miRNA的产生过程、转录抑制机理、研究并预测miRNA的方法等。
- 何晨谭军陈薇
- 关键词：小分子RNARNA干扰小分子干扰RNA
- 基于MongoDB的蛋白质组学大数据存储系统设计被引量：5
- 2016年
- 蛋白质组学质谱数据具有关系复杂、数据量大、查询方式多样等一系列的特点。在研究蛋白质组学质谱数据时,传统的存储系统一般采用文件和关系型数据库存储数据,往往需要预定义数据表结构,难以实现动态增加多样化蛋白质组信息的功能。此外,关系型数据库的集群架构关系复杂,维护成本高,代码处理也复杂。为解决传统存储系统在海量蛋白质组学数据的存储和访问的效率瓶颈问题,应用No SQL非关系型数据库,提出了一种基于Mongo DB分布式数据库存储结构的蛋白质组学数据存储系统设计方案。通过系统的功能测试、性能测试,结果表明,随着数据量和访问量的上升,Mongo DB显示出了更高的性能和更快的处理速度,该平台能够改善传统的文件存储和关系数据库存储所暴露的部分性能问题。
- 张琳谭军白明泽
- 关键词：蛋白质组学大数据DBSQL关系数据库
- 基于序列结构的miRNAs的聚类分析
- 2008年
- microRNAs(miRNAs)是一类高度保守的序列片段,能调控生物体的生长发育。至今对它的聚类研究,还处在基于传统遗传模型的分析阶段。本文根据miRNAs本身的结构特点,提出了一种基于序列结构的聚类分析算法。该算法通过借鉴组合数学中随机排列及稀疏矩阵的思想,利用序列的各个组成成分的相似性来表征miRNAs序列间的距离。本算法不仅大大减少了人为因素的影响,还有效的反映成熟miRNAs间在结构上的关联性,为进一步研究miRNAs的功能提供了便利。
- 陈薇谭军
- 关键词：MIRNAS聚类分析
- MicroRNA研究进展被引量：19
- 2006年
- 在多细胞生物的基因组中都存在一类非编码RNA基因,能够产生长度约为22个核苷酸的小分子RNA,称为microRNA(miRNA),具有调节其他基因表达活性的功能。miRNA的发现,为我们理解复杂的基因调节网络开辟了新的空间。本文概述了miRNA的产生过程、转录抑制机理、研究并预测miRNA的方法等。
- 何晨谭军陈薇聂能
- 关键词：MIRNARNAISIRNADSRNARISC
- 干扰小RNA与微RNA
- 2005年
- 干扰小RNA(smallinterferingRNA;siRNA)和微RNA(microRNA;miRNA)是两种序列特异性地转录后基因表达的调节因子,它们的相关性密切,既具有相似性,又具有差异性。该文主要介绍这两种小RNA分子的产生、作用机制,以及两者之间的联系与区别。
- 何晨陈薇谭军聂能
- 关键词：SIRNAMIRNARNAIRISC
- 遗传标记作图的通用最大似然模型被引量：6
- 2003年
- 作者在构建连锁图谱时,发现Newton-Raphson迭代求解似然方程组,即便纳入合子和配子选择因子,各基因型的估计值仍不能很好的接近实测值。本文提出了一种偏分离遗传标记作图的通用最大似然模型。
- 谭军薛庆中
- 关键词：分子标记水稻偏分离
- 基于不同算法的Motif预测比较分析与优化被引量：6
- 2009年
- 研究转录因子结合位点(TFBs)的主要预测模型及其预测的算法,通过基于调控元件预测的3种代表性的算法MEME、Gibbs采样和Weeder预测拟南芥基因组。比较结果表明,Gibbs采样算法和Weeder算法预测长、短motif效率较高。重点分析MEME算法,提出结合不同算法查找motif的优化方法,并以实验验证该方法能有效提高预测效率。
- 张斐谭军谢竞博
- 关键词：转录因子结合位点
- 人类P53下游基因一致性序列研究被引量：2
- 2006年
- 人类P53蛋白是一种通用转录因子,通过调控一系列下游基因的转录来影响许多细胞功能。p53下游基因含有P53蛋白结合序列,收集已报道的63条人类P53蛋白结合序列并与El-Deiry等定义的一致性序列进行比较,发现这些P53蛋白结合序列与一致性序列特征并不严格一致,对这些偏差规律的分析有利于建立p53下游基因预测模型,进而利用计算机方法预测p53下游基因,研究其基因互作网络。
- 白明泽谭军舒坤贤
- 关键词：P53基因
- 拟南芥基因倍增及基因流失分析
- 2006年
- 基因倍增指基因组中含有基因的DNA片段复制出一个或更多拷贝的过程,是进化出新物种的主要原因。采用新的数据和方法研究拟南芥基因组的基因倍增过程,通过分析串联基因倍增和大规模基因倍增的存在比例和同义置换率分布,并估计大规模倍增后基因流失的比例,揭示了拟南芥基因组一次非常明显的全基因组倍增,采用科学的方法估计这次倍增发生在约8000万年前。比较该结果与之前的研究,提出了一种解释拟南芥基因倍增过程更合理的模型。
- 李鸿健谭军
- 关键词：拟南芥基因倍增
