杨艳芳
- 作品数：36 被引量：102H指数：6
- 供职机构：中国林业科学研究院林业研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项中国林业科学研究院基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生化学工程更多>>
- 一种与植物抗逆相关的基因TcAE及其应用
- 本发明公开了一种与植物抗逆相关的基因<I>TcAE</I>，属于植物分子生物学领域。所述基因具有SEQ ID NO.3所示核苷酸序列。本发明还提供了一种检测植物抗逆能力的试剂盒，包括能够扩增基因<I>TcAE</I>的引...
- 杨艳芳邱德有张恺恺陈段芬蒋路园
- 文献传递
- 曼地亚红豆杉NPR1基因家族鉴定及表达模式分析
- 2024年
- 目的通过鉴定曼地亚红豆杉Taxus×media中病程相关基因非表达子1(non-expressor of pathogenesis-related genes1,NPR1)家族基因,分析并比较其蛋白结构以及基因表达等差异,为利用NPR1基因提高红豆杉紫杉醇含量奠定理论基础。方法利用本地化blast对曼地亚红豆杉NPR1基因进行鉴定,通过CD-search、MEGA X、DNAMAN以及MEME在线网站等生物信息学技术进行保守结构域、进化树构建、多序列比对以及基序分析,利用blast比对转录组数据,预测所获得的NPR1基因在不同组织以及激素和低温处理后的表达模式。结果在曼地亚红豆杉中共鉴定出3个NPR1家族基因,命名为TmNPR1~TmNPR3。研究发现,3个NPR1家族成员均含有BTB_POZ保守结构域,并分成2个亚家族。TmNPR1/2与AtNPR3/4聚在一起,TmNPR3与AtNPR5/6亲缘关系较近。Tm NPR1/2与AtNPR3/4相似,均含有EAR基序(VDLNETP)。表达模式分析发现3个NPR1基因在不同组织中的表达有所差异,TmNPR1/2在针叶组织中的表达水平最高,TmNPR1响应低温胁迫,且在茉莉酸甲酯和冠菌素激素处理曼地亚红豆杉细胞系中表达量最高。结论曼地亚红豆杉NPR1家族的3个成员在序列和结构上存在保守性,但也在红豆杉根和针叶的发育以及在低温等不同胁迫和茉莉酸甲酯信号途径中扮演了不同的角色,推测具有不同的功能,为揭示TmNPR1s基因功能和利用分子生物学技术提高红豆杉紫杉醇产量提供理论依据。
- 杜雨晴袁菊红王旭张恺恺陈段芬邱德有杨艳芳
- 关键词：红豆杉曼地亚红豆杉生物信息学紫杉醇
- 一种检测红豆杉属植物基因表达水平的试剂盒和方法
- 本发明公开了一种检测红豆杉属植物基因表达水平的试剂盒和方法，具体地，公开了一种检测曼地亚红豆杉（<I>Taxus</I>×<I>media</I>）在不同处理下基因表达水平变化的试剂盒及其方法。在本发明中，所述试剂盒包括...
- 杨艳芳邱德有张恺恺陈段芬
- 文献传递
- 榛子产紫杉醇内生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因的克隆与表达被引量：1
- 2016年
- 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶是产紫杉醇内生真菌紫杉醇合成下游途径中的关键步骤之一,在榛子产紫杉醇内生真菌中进行紫杉醇生物合成研究时首先要确认GGPP合酶的存在。该研究通过RT-PCR方法克隆得到了榛子产紫杉醇内生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因Pa GGPPS(Gen Bank登录号为KM881430)的c DNA开放阅读框(Open reading frame,ORF)。利用生物信息学方法,我们分析了该基因的序列,并对其编码的氨基酸序列进行了预测。结果发现该基因ORF长度为1 113 bp,预计蛋白分子量为40.98k D,等电点为6.168,表明该蛋白呈酸性。对其进行亲疏水性分析发现肽链整体呈现为亲水性。Pa GGPPS的主要二级结构元件为α-螺旋,并且包含一个异戊二烯类化合物合酶功能域。对榛子产紫杉醇内生真菌与其他物种的GGPPS进行氨基酸同源性分析,发现其与娄地青霉、曲霉菌和费氏新萨托菌的一致性较高,分别为94%、76%和76%。进化树分析表明来自动物、真菌和酵母的GGPPS聚为一类,来自植物的GGPPS聚为一类,其中榛子产紫杉醇内生真菌的GGPPS和青霉菌的进化关系最近,与植物的GGPPS的进化关系最远。对其进行基础生物信息学分析后,我们构建了原核表达载体,成功诱导其表达并得到可溶性蛋白。该研究结果为下一步深入研究GGPPS基因在内生真菌Penicillium aurantiogriseum紫杉醇合成途径中的作用及和构建高产紫杉醇基因工程菌株奠定了一定的基础。
- 刘洪伟杨艳芳李艳艳王帅邱德有
- 关键词：内生真菌紫杉醇
- 过量表达菊花DmDREBa基因提高转化烟草耐低温能力被引量：5
- 2016年
- 各种环境因素,如干旱、高盐、激素和低/高温等非生物胁迫对植物的生长发育造成很大影响。DREB转录因子在植物抵抗非生物胁迫中起到关键作用。本研究通过根癌农杆菌介导的叶盘转化法将菊花DmD REBa基因导入烟草中并进行了耐低温能力分析。研究利用PCR的方法鉴定出了43株转基因阳性植株。随机选取其中9株转基因植株,有7株在RNA转录水平能够表达。Southern杂交检测表明,DmD REBa基因以1~3个拷贝形式随机插入到烟草基因组中。胁迫处理结果表明,DmD REBa基因明显增强了转基因烟草抵抗低温能力。通过叶片上下表皮气孔密度检测,发现转基因烟草的蒸腾失水量远远低于对照野生型。进一步对低温胁迫下转基因烟草的丙二醛含量进行测定分析,发现转基因烟草丙二醛含量比野生型烟草低22.29%。综上结果表明,DmD REBa基因能够提高转基因烟草对低温的耐受能力,为菊花DREB转录因子的深入研究提供理论依据,并为进一步解析菊花DREB基因功能奠定基础。
- 杨艳芳武剑朱凯刘黎卿陈发棣喻德跃
- 关键词：菊花DREB农杆菌转化耐逆性
- 一种提高曼地亚红豆杉组培苗生根率的方法
- 本发明公开了一种提高曼地亚红豆杉组培苗生根率的方法，包括如下步骤：(1)外植体的选择：选择曼地亚红豆杉1‑2年生半木质化健壮枝条，剪取3‑5cm长的带腋芽茎段，去掉基部针叶，作为外植体；(2)外植体的处理：外植体清洗消毒...
- 杨艳芳丰美静陈段芬邱德有蒋路园陈雅琦
- 文献传递
- 适用于qRT-PCR法检测TbAP2a基因表达的引物组合、试剂盒和方法
- 本发明公开了一种适用于qRT‑PCR法检测<I>TbAP2a</I>基因转录水平表达的扩增<I>TbAP2a</I>基因组合，包括上游引物和下游引物，上游引物选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5和SEQ I...
- 杨艳芳张恺恺陈段芬邱德有
- 文献传递
- 红豆杉低温半致死温度和低温胁迫下紫杉烷含量被引量：1
- 2023年
- 通过测定低温胁迫下红豆杉电阻抗参数和紫杉烷含量变化,确定适合红豆杉低温半致死温度测定的电阻抗参数,探讨低温对红豆杉紫杉烷生物合成的影响,为扩大红豆杉引种范围及利用低温条件提高红豆杉中紫杉醇含量奠定了理论基础。以云南红豆杉、南方红豆杉(山西长治)、中国红豆杉、曼地亚红豆杉和东北红豆杉为材料,分别采用电导率法和电阻抗法测定上述树种低温半致死温度,并利用LC-MS法测定低温胁迫下红豆杉叶片中紫杉烷含量和脱落酸(abscisic acid,ABA)含量。结果表明,5种红豆杉中,中国红豆杉、南方红豆杉(山西长治)、东北红豆杉和曼地亚红豆杉均能耐受-14.668--9.106℃低温;云南红豆杉能耐受-8.802--3.521℃低温,高于其他4种红豆杉。电阻抗τ_(m)参数与电导法测定的5种红豆杉一年生枝低温半致死温度显著相关,相关系数为0.912。低温胁迫下,红豆杉一年生叶片中紫杉醇含量高于当年生叶片。随着处理温度的下降,云南红豆杉和东北红豆杉一年生叶片中紫杉醇含量显著增加,中国红豆杉当年生叶片中巴卡亭Ⅲ含量和10-去乙酰基紫杉醇含量显著增加。此外,红豆杉叶片中ABA含量随温度的下降而增加,当年生叶片中ABA含量高于一年生叶片。与云南红豆杉相比,东北红豆杉、曼地亚红豆杉、南方红豆杉(山西长治)和中国红豆杉能耐受更低的温度。低温有利于云南红豆杉和东北红豆杉一年生叶片中紫杉醇的合成及中国红豆杉当年叶片中巴卡亭Ⅲ和10-去乙酰基紫杉醇的合成。
- 蒋路园丰美静杜雨晴邸葆陈段芬邱德有杨艳芳
- 关键词：红豆杉低温胁迫电阻抗低温半致死温度紫杉烷
- 红豆杉TbAP2基因荧光定量PCR体系的建立及优化被引量：2
- 2019年
- [目的]建立稳定可靠的、适合检测红豆杉(Taxus L.)TbAP2基因表达量的荧光定量PCR实验体系。对于检测该物种中基因的组织特异性表达具有重要意义。[方法]以曼地亚红豆杉细胞为试材,提取总RNA并反转录为cDNA,根据TbAP2基因序列设计多对引物,合成内参基因TBC41的引物,采用正交试验L_9(3~4)方法分别筛选以上2个基因5μL和10μL小反应体系及20μL常用体系中的最佳组合,并通过cDNA模板用量和引物用量等方面进行优化,以确保基因扩增效率在90%～105%之间。[结果]本研究建立了TBC41和TbAP2基因在5、10、20μL体系下的荧光定量最佳PCR反应体系,在优化后的5μL体系下,加入Mix(2×) Universal 2.5μL,cDNA模板1.0μL,正反引物共1.5μL,内参基因TBC41和目的基因TbAP2的扩增效率均为94%;在优化后的10μL下,加入Mix(2×) Universal 5μL,cDNA模板1.2μL,正反引物共1.3μL,TBC41和TbAP2的扩增效率分别为95%和94%。在优化后的20μL下,加入Mix(2×) Universal 10μL,cDNA模板0.5μL,正反引物共1.5μL,TBC41和TbAP2的扩增效率分别为93%和99%,以上各扩增体系回归系数R^2均大于0.980。[结论]在以上3种反应体系下,内参基因和目的基因均具有接近100%的扩增效率,表明本研究成功建立了适合检测红豆杉TbAP2基因表达量的荧光定量PCR实验体系,并为红豆杉其它基因的表达研究提供参考。
- 张恺恺吕星杨立莹陈段芬邱德有杨艳芳
- 关键词：红豆杉正交试验实时荧光定量PCR
- 曼地亚红豆杉NAC基因家族鉴定及表达分析被引量：2
- 2022年
- [目的]筛选红豆杉NAC转录因子家族中影响根系形成的关键基因,探索红豆杉根系生长发育分子机理。[方法]利用曼地亚红豆杉全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定NAC转录因子,并对筛选出的NAC转录因子进行蛋白结构及基因组织表达谱等分析。[结果]共鉴定出44个NAC转录因子,其在N端均具有典型的保守NAC结构域,分别聚类到拟南芥的7个亚家族中,蛋白三级结构较为相似,且成员大多含有5个保守亚结构域。组织表达谱显示TmNAC15、16、18、21、22、29、39、40、41和44在根中表达水平高于茎和叶。[结论]从曼地亚红豆杉中共鉴定出44个NAC转录因子,其结构较为保守,且聚类为7个亚家族,其中成员TmNAC21、22、39、40和44极有可能参与红豆杉根系生长发育。
- 张恺恺杨立莹丰美静张林凤陈段芬邱德有杨艳芳
- 关键词：红豆杉基因鉴定
