杨胜勇 作品数:15 被引量:25 H指数:3 供职机构: 四川大学华西医院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家高技术研究发展计划 四川省青年科技基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 理学 化学工程 自动化与计算机技术 更多>>
SH2域与磷酸化多肽相互作用的连续溶剂模型研究 2007年 使用连续溶剂模型方法研究了SH2结构域与磷酸化多肽pYXXX(X为20种常见氨基酸残基中的任意一种)之间的相互作用.首先计算了已知的SH2域-磷酸化酪氨酸多肽复合物之间的结合能,理论计算的结果与实验测得的亲合能之间的相关系数为0.91,验证了理论模型的正确性.然后,用该模型方法计算了SH2域与pYXXX之间的结合能,分析了磷酸化酪氨酸多肽pYXXX中+1,+2,+3位置上残基对结合能的影响.结果表明+2,+3位置上残基的变化对结合能影响较大,+2位置上带负电的残基和+3位置上的疏水性残基有利于SH2域与pYXXX之间的相互作用,这与实验结果一致. 袁海斌 向明礼 邓小强 陈俐娟 石兵 杨胜勇关键词:结合能 小分子抑制剂SKLB-518能克服Bcr-Abl1的高水平耐药突变:药物筛选及药效学评价 王凤娟 杨胜勇 牛挺激酶ABL与肉豆蔻酰位点小分子作用机理的分子动力学模拟及自由能计算 2013年 采用分子动力学方法研究激酶ABL与ATP位点小分子imatinib、P16及变构位点小分子STJ、MS7、MS9、3YY、MYR等的结合,并用GBSA(generalized Born surface area)方法将结合自由能分解到各残基.自山能计算结果表明,小分子STJ、MS7、MS9有利于imatinib与ABL结合;小分子STJ、MS7、MS9与激酶ABL的结合自由能接近,绝对值均大于ABL与3YY、MYR的结合自由能.能量分解表明,ABL残基ILE502、VAL506、LEU510与STJ和MYR的相互作用是αl螺旋处于弯曲状态的重要原因.模拟过程中ABL肉豆蔻酰口袋残基均方根偏差(RMSD)变化值表明,STJ等小分子抑制剂与ABL结合后降低了肉豆蔻酰口袋残基的柔性. 杨丽君 刘茜 袁文彬 杨胜勇关键词:激酶 自由能 基于合成致死的抗肿瘤药物研发进展 2022年 合成致死是指在两个非致死基因中任何一个基因发生突变均不影响细胞存活,但当两个基因同时发生突变时,能够特异性导致细胞死亡。恶性肿瘤由于DNA复制和修复的错误积累了大量的基因突变,因此可抑制与这些基因具有合成致死关系的另一个基因,从而选择性地杀死肿瘤细胞,而不影响正常细胞。近年来,合成致死原理已经成功应用于肿瘤的靶向治疗。本文综述了合成致死的基本原理、合成致死相互作用的筛选方法、合成致死在DNA损伤修复领域的研究现状、合成致死在抗肿瘤药物研发中的挑战及展望。 陈培 母波 宾华超 杨胜勇关键词:DNA损伤修复 PARP抑制剂 抗肿瘤药物 应用MM/PBSA方法研究CDK2活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体结合自由能的影响 被引量:1 2009年 应用MM/PBSA方法研究了CDK2活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体结合自由能的影响.结果表明,活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体相互作用自由能有一定的贡献,其贡献的大小随配体不同而有所差异,导致这种差异的主要原因是活性位点内溶剂水分子与蛋白残基和配体之间形成了不同的氢键相互作用网络。 杨丽君 贾若 杨胜勇关键词:CDK2 分子动力学 赖氨酸去甲基化酶3A与肿瘤疾病相关性的研究进展 2024年 赖氨酸去甲基化酶3A(KDM3A)是组蛋白去甲基化酶家族中的一员,特异性对组蛋白H3K9甲基化进行去甲基化来调控基因转录。近年来发现KDM3A的表达水平与肿瘤的增殖、侵袭能力及耐药密切相关。现对KDM3A在肿瘤中的表达、其抑制剂的研究进展及其对肿瘤耐药和迁移方面的影响进行综述。 杨波 张建 吴小艾 吴小艾 杨胜勇 崔建蓉 崔建蓉关键词:表观遗传学 组蛋白 肿瘤 细胞增殖 靶向治疗 耐药 基于SVM和GA的药物与人血清白蛋白结合的预测 被引量:8 2009年 为降低新药在临床实验的失败率,提高新药的ADME特性,在制药初期需考虑预测药物与HSA(人血清白蛋白)的结合能力,以提高预测正确率为目标并因此选取合适的制药成分。首先采用遗传算法对分子描述符进行筛选,然后利用支持向量机(SVM)模型预测药物与HSA的结合能力。针对支持向量机的分类精度和泛化能力取决于核函数参数选取的特点,提出了基于粒子群优化算法(PSO)的SVM核参数优化选择法。通过PSO自动获取SVM最佳核参数,并将结果同双线性网格搜索法比较,结果表明,建立的模型对药物与HSA之间的结合能力有较高的预测性,正确率达到86%。 白茹 滕奇志 杨晓敏 杨胜勇 向明礼从头算方法研究五元杂环与苯环相互作用 被引量:1 2012年 采用Gaussian03程序用MP2/6-311g(2d,p)方法计算了三组(9个)五元杂芳环与苯环处于4种构型时相互作用能随二聚体各参数变化的情况,在此基础上用正交实验设计方法探索4种构型下环间相互作用能的主要影响因素及二聚体各参数的最优值。结果表明,4种构型中,含NH基团的杂环均在与苯环处于T-shaped构型时有最大相互作用能,相互作用能的主要影响因素是环间二面角;含S杂环与苯环相互作用能的主要影响因素及二聚体各参数最优值与二聚体构型及五元杂环所含N原子位置有关;而含O杂环与苯环相互作用能的主要影响因素是环间垂直距离,优势构型为二面角为45°时的Tilted构型。 杨丽君 刘茜 杨胜勇 文丰玉关键词:五元杂环 苯 相互作用 组蛋白赖氨酸去甲基化酶抑制剂研究进展 被引量:1 2017年 组蛋白赖氨酸的甲基化在表观遗传调控中起着关键作用。组蛋白赖氨酸甲基化主要发生在H3的K4、K9、K27、K36、K79和H4的K20上,不同位点的甲基化修饰将导致转录激活或沉默。组蛋白赖氨酸甲基转移酶(HKMTs)和组蛋白赖氨酸去甲基化酶(HKDMs)共同调控着组蛋白赖氨酸的甲基化修饰状态。据报道,HKDMs的错误调控与多种肿瘤的发生和耐药有关,受到了更多的关注。因此,HKDMs抑制剂的研究开发意义重大,既可作为小分子探针研究其生物学功能,也有望开发为新型抗肿瘤药物。本文将对HKDMs抑制剂及其在疾病治疗方面的潜力进行综述。 杨波 陈彦清 张良明 杨胜勇 李琳丽关键词:表观遗传 抑制剂 癌症治疗 能克服TKI高水平耐药突变的新型抑制剂SKLB-518:药物研发与药效学评价 王凤娟 杨胜勇 牛挺