张丽群
- 作品数：4 被引量：20H指数：3
- 供职机构：中国农业科学院茶叶研究所更多>>
- 发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目中央级公益性科研院所基本科研业务费专项浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于数字表达谱对茶树类黄酮合成、调控相关基因表达的研究被引量：3
- 2014年
- 利用数字基因表达谱技术研究了茶树类黄酮合成及调控相关基因在花瓣、花粉、休眠芽、萌发芽中的表达情况。结果发现花瓣、休眠芽、萌发芽中类黄酮合成基因大量表达,而花粉中类黄酮合成基因表达量极少,这与茶树中类黄酮物质的分布规律一致。同时本研究在类黄酮调控相关MYB、bHLH、MADS、GST、WD40、Homeodomain基因家族中找到12个基因可能与花瓣中类黄酮物质合成调控有关,9个基因可能与芽中类黄酮物质合成调控有关。这些研究结果将为深入解析茶树类黄酮合成、调控机理打下基础。
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- 关键词：茶树
- 茶树CHS基因结构及编码区单核苷酸多态性分析被引量：12
- 2014年
- 【目的】通过试验获得茶树CHS基因(CsCHS)gDNA序列,以进一步确定CsCHS基因结构;研究CsCHS编码区单核苷酸多态性,并结合茶树多酚含量进行关联分析,寻找基因中可能存在的与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【方法】根据NCBI数据库中已有CsCHS序列设计特异性引物,再分别以基因组DNA和cDNA为模板进行PCR扩增,经克隆、测序获得CsCHS1、CsCHS2、CsCHS3三个基因的gDNA和cDNA全长序列,通过序列比对方法确定CsCHS结构。利用Compute pI/Mw、SOPMA等软件对所得序列进行生物信息学分析,预测和比较CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构。以茶多酚含量差异较大的57份茶树品种为材料,分别以57份材料的cDNA为模板,用特异性引物进行PCR扩增,然后利用PCR产物直接测序法筛查CsCHS编码区序列的单核苷酸多态性。结合CsCHS编码区序列单核苷酸多态性和57份材料多酚含量,利用软件TASSEL进行关联分析,筛选基因中可能与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【结果】试验获得CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的cDNA序列长度分别为1 277、1 320和1 242 bp,各自均包含一个长度为1 170 bp的开放阅读框;CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的gDNA序列长度分别为1 600、1 330和1 607 bp。通过gDNA序列和cDAN序列比对,结合真核生物内含子GT-AG法则,确定CsCHS1、CsCHS3分别包含2个外显子和1个内含子,内含子大小分别为323和356 bp,CsCHS2可能没有内含子。根据CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3 cDNA序列推导三者对应氨基酸序列,比较三条氨基酸序列发现三者氨基酸同源性较高,达到92.6%—95.4%,CHS蛋白亚家族中的特征性保守位点在这三条序列中都能找到,生物信息学分析结果显示CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构高度相似。CsCHS1编码区序列中共发现71个SNP位点,SNP出现频率为1SNP/16.48 bp,无Indel,基因核苷酸多样性(π)值为0.01088;CsCHS2编码区序列中共发现55
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- 关键词：CHALCONE
- 茶树TRAP反应体系的建立及正交设计优化被引量：5
- 2012年
- TRAP标记技术因操作简单、重复性好、效率高等特点得到广泛应用,但该技术在茶树中的研究报道较少,且茶树TRAP-PCR体系优化尚未见报道。笔者采用正交设计的方法,对茶树TRAP-PCR反应中Mg2+、Taq酶、dNTP、固定引物、随机引物5个因素进行了优化研究,建立了茶树TRAP-PCR最佳反应体系。该20μL反应体系含有2μL10×PCRBuffer(Mg2+free),50ng模板DNA,1.75mmo/LMg2+,0.50UTaq酶,0.20mmol/LdNTP,0.20mmol/L随机引物和0.20mmol/L固定引物。根据优化结果,利用最佳反应体系,选用16个茶树品种对TRAP标记多态性进行了初步研究。
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- 关键词：茶树TRAP正交设计
- 茶树查尔酮合酶基因CHS2单核苷酸多态性研究
- 以21个茶树品种为材料,根据茶树查尔酮合酶(chalcone synthase,CHS) CHS2基因cDNA序列(D26594)两端非编码区设计引物,进行PCR扩增,获得CHS2外显子Ⅰ和外显子Ⅱ全部序列。研究结果发现...
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- 关键词：单核苷酸多态性
