姚学峰
- 作品数：3 被引量：8H指数：2
- 供职机构：北京航空航天大学生物与医学工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 细胞色素P450 BM3催化正十六烷动力学计算被引量：1
- 2011年
- 细胞色素P450BM3作为烷烃羟基化酶,能催化正链烷烃,已被广发研究和应用。利用动力学模拟软件对BM3酶与烷烃底物复合物进行构象、酶的活性位点以及结合能的预测,并通过模拟水以及离子环境下对复合物的影响,从能量及构象位移的角度阐述BM3酶与底物结合的机理,从而用分子动力学观点来解释细胞色素P450催化烷烃机理。用Autodock等软件将BM3与十六烷对接,发现底物C16与铁原子间距为7.57?,并发现与底物结合的活性位点关键残基:ALA330,ALA74,SER72,GLN73,ALA328,LEU188,LEU437。经Gromacs动力学模拟步长为1ns,温度在298K,压力为常压1.0,复合物结合稳定。
- 姚学峰宋怡铃
- 关键词：细胞色素P450正十六烷分子动力学模拟
- 达菲药物对H1N1病毒作用研究被引量：4
- 2010年
- 甲型H1N1病毒在全世界范围内爆发,引起人们广泛关注,而目前疫苗和新的药物正处于研发阶段,与此同时该病毒神经氨酸酶蛋白序列不断被报道。达菲作为治疗H1N1病毒的药物被患者广泛使用。通过同源性建模的方法比较神经氨酸酶的变异情况,从而预测达菲药物对变异前后的作用效果评价。通过AUTODOCK计算结合能,发现达菲药物与神经氨酸酶的结合能维持在2.4～4.2 kJ/mol范围内,动力学常数最高值达到18.2 mM。证明达菲药物对抑制病毒进入寄主细胞有明显效果。
- 符晓四姚学峰
- 关键词：达菲H1N1神经氨酸酶
- 细胞外酶MnP降解聚乙烯的分子动力学研究被引量：3
- 2009年
- MnP酶(manganese peroxidase)已被鉴定为降解聚乙烯的关键酶,通过设计不同长度的碳链聚乙烯蜡为实验底物,分别与MnP结合分析。采用Auto dock分子对接软件进行结合能的预测。并用Gromacs软件模拟了水、离子环境下,底物复合物能量、空间构象的变化等情况。研究结果表明MnP酶只能催化C56以下的聚乙烯蜡,随着碳链长度的增加酶与底物结合越不稳定;能量分析表明随着碳链长度的增加,其动能逐渐降低,而总能量亦有降低的趋势。
- 姚学峰宋怡铃
- 关键词：锰过氧化物酶分子动力学结合能
