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宁波市大气污染与早产的时间序列研究: 目的本研究旨在探究大气污染物短期暴露对孕产妇人群早产风险的影响。方法采用时间序列分析的方法,收集宁波市2014年至2016年每日的活产例数、早产例数以及主要大气污染物日均浓度(PM2.5,PM10,SO2,NO2,O3和...; 刘文渊虞哲彬邱海燕王建炳陈雪渔陈坤; 关键词：早产大气污染时间序列分析; 文献传递

数量性状位点定位和全基因组关联分析的方法与软件综述(英文)被引量：2: 2014年; 基因组学研究的主要目标是剖析复杂性状和疾病的遗传结构.数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已经应用于遗传育种和药物研制,分析复杂性状和复杂疾病的遗传结构.本文回顾了分析复杂性状和复杂疾病的QTL定位和GWAS的作图方法和软件.PLINK,TASSEL,SNPassoc,GenABEL和ProbABEL是流行的软件,为GWAS提供了许多有用的功能.PLINK是目前最流行的开源全基因组关联分析的工具集,它聚合了用于分析SNP数据的许多功能.TASSEL是另一种流行的软件,整合了Q+K关联分析的诸多方法.SNPassoc、GenABEL和ProbABEL是应用于关联分析的开源代码R软件包.本文对上述提及的GWAS关联分析流行软件作了简要介绍,并介绍了新研制的QTXNetwork分析软件,它可分析QTL和GWAS定位数量性状SNP(QTS)、数量性状转录子(QTT)、数量性状蛋白子(QTP)和数量性状代谢子(QTM).本文还介绍了一些常用的分析软件,例如Windows QTL Cartographer,QTL Express,Map Manager QTX,R/qtl和QTLNetwork.; 马蒙朱军

基于四交群体的连锁图谱构建(英文): 2014年; 目前,遗传连锁图谱构建主要基于两纯系亲本交配的衍生群体,存在遗传多样性不足等局限,不适合于烟草等基因组多样性较低的物种,因为往往没有足够的多态性标记可用于图谱的构图,稀疏的标记图谱很难有效用于标记辅助选择及基因定位.本研究提出了基于四交群体的遗传图谱构建方法,通过计算机模拟验证了该方法的可行性和有效性,研制了配套的计算机分析程序.该方法的主要步骤及特点如下:1)基于最大似然法估计成对标记间的遗传距离;2)基于标记距离矩阵进行聚类分析,将标记分成不同的类群(连锁群);3)对每一连锁群,先确定连锁群两端的标记,再通过3标记间遗传距离的比较,将其他标记逐步插入到合适的排列位置,最终确定整个连锁群的标记顺序.蒙特卡洛模拟证实了该方法可行、有效,且适用于其他2个自交系亲本交配的衍生群体.; 蒋蓓蓓余世洲肖炳光楼向阳徐海明; 关键词：蒙特卡洛模拟

吸烟对控制FEV1/FVC比率的基因上位性及性别互作效应的影响(英文)被引量：1: 2014年; 1秒呼出气体体积(forced expiratory volume in one second,FEV1)与最大肺活量(forced vital capacity,FVC)是肺部活动的重要指标.FEV1/FVC指数是诊断肺部疾病的重要指标,与基因、性别、吸烟和空气污染有关.本文基于dbGaP数据库下载的不同民族人群疾病性状基因组和表现型数据,运用我们提出的混合线性模型方法和关联分析软件QTXNetwork,对FEV1/FVC指数的遗传变异进行了全基因组关联分析.在561 467个单核苷酸多态性中,发现12个显著的数量性状SNPs(quantitative trait with single nucleotide polymorphisms,QTSs),并运用我们研制的BiopubInfo搜索工具验证了每个QTS的基因功能及其与肺功能之间的关系.结果表明:基因STIM2和MRE11A(PEW值<1×10-5)与慢性阻塞性肺病高度关联;基因APOL3(PEW值<1×10-5)的影响因不同性别而异,以往的研究也检测到该基因与吸烟的关联;基因MRE11A和DNAJC15与肺腺癌存在关联,这是慢性阻塞性肺病的严重并发症.检测到显著的基因上位性效应,揭示了控制复杂性状基因功能的多效性;遗传关联结果揭示了遗传效应与环境因素的关系,为检测和治疗慢性阻塞性肺病和其他呼吸系统疾病提供了潜在新途径.; 许昌巍朱军; 关键词：全基因组关联分析慢性阻塞性肺病性别

吸烟和性别对身体质量指数遗传结构的影响(英文)被引量：2: 2014年; 采用基于混合线性模型的关联分析方法,检测了身体质量指数(BMI)的相关基因及其相互作用,分析了吸烟和性别对身体质量指数的影响.研究的基因型和表型数据取自慢性阻塞性肺病研究数据库.结果检测到与身体质量指数有关的20个基因以及2对上位性基因,并发现了受吸烟影响及与性别有关的特定基因及其作用方式.检测到与吸烟无关的9个基因,对BMI有较大影响(遗传率为31.23%),并且影响肥胖、糖尿病等7种疾病.吸烟导致的5个基因都能增加BMI,但并不导致肥胖、糖尿病等疾病.生物信息学分析揭示了与身体质量指数相关的基因存在复杂的遗传网络.研究结果表明,吸烟等生活行为的个性化检测对肥胖等复杂疾病的预防及治疗至关重要.; 张斌朱军; 关键词：慢性阻塞性肺病全基因组关联分析混合线性模型

全基因组关联分析SGRQ遗传变异与吸烟的关系(英文)被引量：1: 2014年; 慢性阻塞性肺病作为人类第四大疾病,它的遗传倾向和性别影响一直是热门话题,而吸烟被认为是肺疾病的主要危险因素.本文基于从dbGaP下载的数据,运用我们提出的混合线性模型方法和关联分析软件QTLNetwork,分析了慢性阻塞性肺病复杂性状的遗传变异.运用全基因组关联条件定位的方法,检测到与吸烟无关的8个基因(CSMD1,CAPN8,TNS1,LOC643037,LRFN2,DGKH,FOXL1,DNAH11)、被吸烟诱导的6个基因(CSMD1,CNTNAP5,DGKH,MACROD2,CNIH3,DNAH11)和被吸烟抑制的5个基因(GSDMC,DGKH,LINC00426,METTL4,BMP2)及1对上位基因(CSMD1,LOC643037).其中,具有显著的高遗传性的基因有TNS1,DGKH,MACROD2,CNIH3,LINC00426,METTL4和GSDMC.讨论了吸烟及性别对SGRQ疾病基因表达的影响.; 郝心颖朱军; 关键词：慢性阻塞性肺病全基因组关联分析混合线性模型

清香型产区烤烟品种经济性状环境稳定性被引量：4: 2016年; 为明确品种、产地等因子对清香型烟叶经济性状的贡献率,特筛选适宜各清香型亚区种植的特色品种,开展了一年多点的清香型烟叶特色品种田间试验,利用基于混合线性模型的统计分析方法对参试品种的经济性状变异进行了剖析。结果表明,品种、产地、品种与产地互作效应对各经济性状都有极显著影响;其中,产地效应对各经济性状指标的贡献率高达60%~90%,对均价的贡献率最大,为89.35%。另外,品种相关效应的贡献率分布在8.9%~42.7%。对综合、单一经济性状进行多重比较,筛选出各亚区的适宜和最适宜品种,分别为滇中高原平坝区的PVH1452、云烟208、云烟105,滇南山地谷地区的云烟116、云烟119,东北黔西乌蒙山地区的云烟208、云烟105、云烟110、云烟119,闽西北丘陵山地区的云烟208、云烟97。品种的稳定性分析表明,产地效应解释了70%~99%的总变异,说明清香型烟叶的经济性状稳定性总体表现较差,这与方差分析中产地相关效应所占总方差比例较大的结果吻合。; 曹玉杰吴兴富肖炳光徐海明; 关键词：经济性状方差分析

空气污染与妊娠期糖尿病妇女血糖水平的关联性研究: 目的在回顾性队列研究中,探究暴露于空气污染对妊娠期糖尿病（GDM）患者血糖水平的影响。方法对宁波市鄞州区2013年1月至2017年5月的35722例妊娠妇女进行回顾性分析,采用广义相加模型估算空气污染对GDM患者的空腹血...; 李昳王建炳虞哲彬陈坤林洪波; 关键词：妊娠期糖尿病空气污染物快速血糖 OGTT; 文献传递

烟草核心种质库构建及遗传多样性研究(英文)被引量：1: 2014年; 为有效地研究烟草遗传多样性和筛选潜在的繁殖材料,以贵州省烟草科学研究院805份烟草种质为实验材料,分别在贵州省金沙和福泉2个试验点进行多点田间试验,并采用混合线性模型预测12个农艺性状的基因型效应值,以构建烟草的核心种质库并研究其遗传多样性.结果表明,待预测的12个农艺性状中,11个性状有显著的基因型效应,10个性状有显著的基因型与环境互作效应.利用预测的基因型值,比较不同抽样方法、抽样比率和系统聚类方法下核心子集多样性的结果表明,在10%抽样比率下,重心法聚类结合优先取样获得的S1C3_10子集成为烟草种质库的核心子集.通过主成分分析法比较核心种质与原始群体样本分布的空间结构和特征,运用相关系数检验原始群体性状间的遗传关系是否被核心种质很好地保留.结果表明,核心种质库能很好地代表烟草农艺性状的遗传多样性.一些潜在的高产育种材料如Y177和Y178也被包含在内.综上表明,作为种质资源的一个核心子集,烟草核心种质库的构建将有利于烟草育种者对整个资源的了解,促进遗传多样性在今后烟草育种计划中的利用.; 周佳萍杨春元吴春王仁刚史跃伟谢升东王志红徐海明任学良; 关键词：烟草核心种质

柴油机尾气暴露对小鼠肺动脉高压影响研究: 大气污染对人体健康的影响是当前全球关注的热点问题.在引起大气污染的来源中交通来源所占比例最大,而在交通来源中又以柴油机尾气为主.已有研究表明,以柴油机尾气为代表的大气污染可引起炎症反应,从而刺激血管内皮细胞增殖,使血管壁...; 纪大鹏余路阳刘璟; 关键词：大气污染柴油机尾气肺动脉高压炎症反应

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