重庆大学生物工程学院生物医学工程实验室
- 作品数：13 被引量：60H指数：5
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- 相关机构：内江师范学院化学与生命科学学院化学与生命科学系内江师范学院化学与生命科学学院宜宾学院化学与化工系化学化工系更多>>
- 发文基金：教育部“春晖计划”霍英东基金重庆市应用基础研究项目更多>>
- 相关领域：理学环境科学与工程医药卫生化学工程更多>>
- 原子电性作用矢量用于吡喃糖化学位移计算被引量：1
- 2006年
- 从分子二维拓扑结构出发,借助原子电性作用矢量(AEIV)描述原子所处分子微观化学环境,对54种吡喃单糖中共338个等价共振碳原子进行表征并以此建立起用于模拟单糖分子13CNMR化学位移三参数多元线性回归方程,所得模型复相关系数为Rcum=0.9696.为检验该模型对外部样本集预测能力,采用留一法(LOO)作交互校验(CV)检测,其复相关系数为Qcum=0.9687.
- 田菲菲李志良张巧霞覃仁辉周原周鹏
- 关键词：寡聚糖原子电性作用矢量多元线性回归
- 后叶催产素的定量构效关系研究被引量：4
- 2007年
- 基于氨基酸物化性质的描述子矢量VHSE,对21个后叶催产素类似物进行结构表征.经逐步回归与偏最小二乘相结合的变量筛选技术,根据模型的外部预测结果,筛选得到一个最优的9变量组合.应用该变量组合对21个后叶催产素类似物的促宫缩活性进行偏最小二乘建模,模型复相关系数R2为92.6%,留一法和留组法交互验证Q2分别为78.3%和79.4%.结果表明,后叶催产素的促宫缩活性主要与第3号氨基酸残基的疏水性、立体结构和电性性质以及第8号氨基酸残基的电性特征密切相关.
- 梅虎杨力舒茂刘丽李志良
- 关键词：定量构效关系偏最小二乘
- 将潜因多元建模技术与遗传虚拟筛选模式相结合：改善定量构效关系被引量：1
- 2008年
- 提出了改进的定量构效关系(mmQSAR)研究方法,即认为在知晓配基与受体相互作用模式前提下建立一种较可靠的定量构效关系模型,从而克服了传统做法中仅根据样本集分子自身信息来构建预测模型的某些弊端.将此思路应用于功能肽/蛋白质亲和活性考察,采用遗传算法(GA)筛选虚拟受体结合靶点及相互作用模式,结合偏最小二乘(PLS)潜因多元建模技术,通过交互检验均方根误差(RMSCV)作适应度评价函数筛选变化位点和受体残基,完成种群进化以最优个体为最终确定模型,得到一种新颖QSAR方法(mmQSAR):基于功能肽/蛋白质作用模式的遗传虚拟筛选(暂称GVSPPC).该法成功解决了诸多QSAR研究难题,即大多数情况下受体结构未知而难以了解的配基与之结合方式.分别使用生物功能寡肽和多肽体系对GVSPPC加以检验,其结果表明,GVSPPC得到了优于传统方法QSAR结果(R2cu>0.75～0.91,Q2cv>0.71～0.86,ERMS为0.19～0.95)且深入阐明配基与受体间作用机理,物理意义较为明确;同时计算选中模式作用能并与样本活性建立PLS模型,以其交互检验均方根误差(ERMScv)作评价函数完成种群进化.通过大规模迭代直到规定的终止条件或到达最大繁殖代数,以该过程最优个体作为最终确定QSAR模型.
- 李志良田菲菲吴世容杨善彬杨胜喜张巧霞周原覃仁辉梅虎陈刚李根容
- 关键词：定量构效关系偏最小二乘遗传算法评价函数
- 支持向量机用于芳烃类化合物对芳烃受体亲和性QSAR研究被引量：14
- 2006年
- 尝试将支持向量机(SVM)应用于3种典型芳烃类环境毒物(PCDD,PCDF和PCB)定量构效关系研究,通过对芳烃受体亲和性考察,结果发现该组样本的生物活性在一定程度上与分子电性距离矢量具有非线性联系.SVM对内部和外部样本都具良好稳定性能和预测能力:所得模型拟合、交叉检验、外部预测复相关系数及均方根误差分别为R2cum=0.922、Q2cum=0.825、Q2ext=0.834和RMSext=0.531.将其与文献报道及多元线性回归、偏最小二乘、人工神经网络进行比较,结果表明对小样本、非线性问题SVM具较强拓展性及泛化能力,故在环境毒物评价和控制中具有广阔应用前景.
- 周鹏曾晖周原吴世仁李志良
- 关键词：支持向量机定量构效关系
- 大气中痕量挥发性有机物的结构表征和保留时间的估计与预测被引量：6
- 2007年
- 采用分子电性距离矢量(MEDV)表征大气中痕量挥发性有机物的分子结构,同时采用逐步回归结合统计检测对模型进行变量筛选,建立了大气中痕量挥发性有机物定量结构-色谱保留(QSRR)关系的8个变量和5个变量模型,两种QSRR模型的建模计算值复相关系数(R)分别为0.937和0.931;留一法(leave-one-out)交互校验复相关系数(RCV)分别为0.901和0.906,表明模型具有良好的估计能力与稳定性.
- 廖立敏梅虎郑怀礼李建凤李志良
- 关键词：挥发性有机物分子电距矢量
- 环己烯类神经氨酸酶抑制剂的构效关系
- 2009年
- 采用本实验室提出的三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对34个环己烯神经氨酸酶抑制剂抗禽流感药物结构并与其活性建立定量构效关系模型,然后采用逐步回归对变量进行筛选后,运用多元线性回归建立3D-HoVAIF描述子与神经氨酸酶抑制剂活性之间的QSAR模型.其复相关系数(R),交互校验的复相关系数(RCV)和模型的标准偏差分别R为0.947,SD为0.466,RCV为0.912,SDCV为0.536,模型具有良好的稳定性和预测能力.表明三维全息原子场作用矢量能较好表征该类分子结构信息值得进一步推广应用.
- 朱万平杨善彬廖立敏
- 关键词：神经氨酸酶抑制剂定量构效关系
- 原子电性作用矢量用于氨基酸化学位移计算被引量：12
- 2005年
- 提出了用于表征分子内部化学微环境的结构描述子:原子电性作用矢量(AEIV),并将其应用于20个天然氨基酸103个13C原子核磁共振化学位移CS建模:δ=-190.514+7.352×ν1+63.998×ν2+49.252×ν3+39.678×ν4,取得优良效果.模型值、留一法(LOO)和留分法(LMO)交互校验的复相关系数分别为RMM=0.9660,RLOO=0.9577和RLMO=0.9577.
- 梅虎周鹏覃仁辉周原梁桂兆曾晖田菲菲李志良
- 关键词：化学位移计算原子天然氨基酸^13C描述子微环境
- 抗肿瘤潜在药物酰肼类铂配合物的合成被引量：6
- 2005年
- 介绍了包括苯磺酰肼和苯甲酰肼等酰肼类铂配合物的一些合成方法,并对其中一些物质所具有的潜在生物活性作了简单评价,这对药物设计和新药筛选具有一定的指导作用。
- 李根容李志良张巧霞覃仁辉杨胜喜
- 关键词：苯甲酰肼
- 分子电性距离矢量(MEDV)用于神经氨酸酶抑制剂的二维构效关系研究
- 2009年
- 采用分子电性距离矢量(MEDV)对神经氨酸酶抑制剂进行了结构表征,运用多元线性回归建立定量结构-活性关系(QSAR)模型,同时采用逐步回归对变量进行筛选后,建立了123个神经氨酸酶抑制剂的3变量模型,模型的建模计算值复相关系数(R),交互校验的复相关系数(RCV)和模型的标准偏差分别为R=0.705,SD=1.298,RCV=0.676,SDCV=1.308,模型具有良好的稳定性和预测能力.
- 朱万平杨善彬廖立敏
- 关键词：分子电性距离矢量神经氨酸酶抑制剂定量结构-活性相关
- 三维原子场全息作用矢量用于7位取代20(S)-喜树碱衍生物的抗肿瘤活性定量构效关系研究被引量：14
- 2006年
- 研究了25种7位取代20(S)-喜树碱衍生物的化学结构与其抗肿瘤活性的定量构效关系。采用新近提出的三维原子场全息作用矢量,对喜树碱类衍生物进行了结构参数化表达,采用逐步回归对变量进行筛选后,建立了定量构效关系模型。模型的复相关系数和标准偏差以及留一法交互校验的复相关系数和标准偏差分别为R=0.962 5,SD=0.290 1和RCV=0.908 7,SDCV=0.446 2。模型具有良好的稳定性和预测能力,证明了该三维原子场全息作用矢量在分子结构表征和生物活性预测上的适用性。
- 李波曾晖周鹏梁桂兆梅虎李志良
- 关键词：喜树碱抗肿瘤活性定量结构活性相关
