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上海交通大学系统生物医学研究院系统生物医学教育部重点实验室: 作品数：71 被引量：136H指数：5; 相关作者：王晓艳王高伟乐黄莺李晓林林子龙更多>>; 相关机构：北京师范大学化学学院复旦大学附属肿瘤医院中西医结合科西北大学生命科学学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：医药卫生生物学理学化学工程更多>>

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激光显微切割分选少量胃癌细胞中PSCA基因的SNP分析被引量：2: 2012年; 随着基因组关联分析方法的应用,越来越多与胃癌相关的易感基因被发现.易感基因的多态性检测已逐步进入胃癌临床诊断和研究.然而,利用少量胃粘膜细胞开展单核苷酸多态性(SNP)分析对胃癌进行早期诊断常遇下述困难,一是少量胃癌细胞混杂在多种细胞中,异常信号常易被淹没,二是细胞量极少,因此获得的基因组DNA量微,进行多位点或全基因组分析存在困难.本文利用激光显微切割技术分选少量胃癌细胞,结合全基因组放大技术,进行胃癌相关的前列腺干细胞抗原基因(PSCA)的SNP分析.通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和克隆测序方法分析,在分选的胃癌细胞中检测到PSCA的rs2976392位点胃癌相关的"A"等位与rs2294008位点胃癌相关的"T"等位.研究结果表明,所采用的全基因组放大方法保真性高,经过分选的胃癌细胞中SNP位点的检测灵敏度和可靠性大为提高.所建立的少量细胞基因多位点检测方法将同样应用于其它肿瘤和组织的少量细胞研究中,全基因组放大产物也可进行高通量的基因芯片和第二代测序研究.; 杨祎郭妍赵小东刘炳亚邵志峰; 关键词：胃癌

组织中少量细胞的微卫星长度精细分析: 2016年; 微卫星是基因组上的特殊短重复序列,微卫星不稳定的程度与一些肿瘤的分型、治疗和预后相关。目前,微卫星长度变化的检测往往是基于大量细胞,检测灵敏度低。本文整合激光显微切割技术,基于多次退火环状循环扩增(multiple annealing and looping-based amplification cycles,MALBAC)的单细胞全基因组放大技术和毛细管电泳长度测量方法,经过关键技术点的改进,建立了一套针对组织中少量细胞的多微卫星位点检测方法。研究结果表明,基于技术改进,HE染色的组织细胞经激光显微切割分选后,可成功用MALBAC技术进行全基因组放大,并在多微卫星位点的检测上,获得了高度的准确性和重复性。利用所建立的方法,发现肠型胃癌早期病变组织-肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)的单个腺体内部出现多种长度变化的微卫星改变,说明该癌前病变组织中DNA错配修复系统已经出现问题。本方法所获得的全基因组放大产物,也可以用于外显子组测序和全基因组测序。另外,该方法适用于任何组织的少量细胞,甚至单细胞的多微卫星位点检测,以及全基因组的研究,为精细研究少量病变细胞的基因组特征以及组织异质性提供了有效的方法。; 黄阿源周彦程酩张小丹李建芳刘炳亚郭妍; 关键词：肠上皮化生微卫星激光显微切割

建立基于超薄切片的高分辨成像技术解析组织的精细空间结构被引量：3: 2013年; 目的建立基于超薄切片方法的高分辨三维成像技术,提高Z轴分辨率,并用于组织的精细结构研究。方法组织样品用LRWhite树脂渗透聚合后,用钻石刀将组织切片切成50～1 000 nm的连续半薄或超薄切片,具体切片的厚度即Z轴的分辨率。切片经甲基蓝-洋红染色或多重抗体标记后,利用全自动显微镜对连续切片进行成像,通过二维拼接和三维重构获得组织高分辨的三维空间信息。结果对人正常结肠组织和小鼠肝脏进行高分辨成像分析,获得比传统显微镜更高的分辨效果和更丰富的结构细节。结合多重抗体染色方法,对小鼠脑组织微管蛋白的分布进行了高分辨三维成像。结论所建立的高分辨三维成像技术适用于各种组织的空间精细结构研究,超薄切片方法同时为超高分辨显微成像提供Z轴的解决方案。; 吕春梅孟军李晓林李小卫郭妍; 关键词：超薄切片显微镜抗体标记

纳米材料在肿瘤治疗领域的研究进展被引量：3: 2019年; 近年来纳米材料在肿瘤治疗领域得到了广泛而深入的研究。然而纳米材料作用于肿瘤的机制复杂多样,国内外众多学者都在这一问题上进行积极的研究探索。本文将从纳米材料自身抗肿瘤的机制、基于纳米材料理化特性用于肿瘤治疗的研究这两个方面综述纳米材料用于肿瘤治疗的研究进展。; 李帅徐文涵徐文涵李晓东何金瞳何泽宇李天琪张燕燕张燕燕; 关键词：纳米材料肿瘤微环境

荧光标记3'-OH未保护修饰核苷酸在DNA测序中的应用: 人类基因组计划完成后,DNA 测序技术得到了迅速发展,发展精确、高通量、低成本的DNA 测序方法对于生物、医药科学具有非常重要的意义。在合成测序中,目前得到广泛应用的是3'-羟基保护的荧光标记核苷酸,该类可逆终止剂(Re...; 沈玉梅谭连江龚兵邵志峰; 关键词：DNA测序

肿瘤自身抗体标志物的研究进展: 2018年; 肿瘤发生时,机体免疫系统针对肿瘤相关性抗原(tumor associated antigens,TAAs)产生免疫反应和自身抗体。大量研究表明,自身抗体在肿瘤发生早期可在血液中被检测到,因此在肿瘤早期诊断方面具有较大应用潜力。另外,自身抗体水平在肿瘤手术后显著性下降,因此自身抗体也可用于术后监测,并且由于肿瘤的异质性和个体差异,不同病人的自身抗体也可能存在差异,因此需以精准医疗的思想实施个体化监测。但目前,由于缺乏有效的工具,对肿瘤自身抗体的研究还较为落后,系统性地发现和鉴定肿瘤自身抗体存在较大挑战。蛋白质芯片,作为一个涵盖大量不同蛋白的抗原库,是一个全新的工具,为发现肿瘤自身抗体提供了有力的支撑。就肿瘤自身抗体标志物的应用潜力和研究方法进行了总结和评论。; 李阳郭书娟陶生策; 关键词：肿瘤自身抗体蛋白质芯片

用于DNA合成测序的可断裂连接单元研究现状: 2016年; DNA测序技术是遗传基因组相关疾病研究的基础。合成测序是DNA二代测序技术中非常重要的一种。合成测序技术能够有效地实现大规模平行测序,大大提高测序通量的同时也降低成本,目前已得到广泛的应用。在合成测序中,首先需要合成荧光素标记的核苷酸,作为能够参与DNA链延伸的循环可逆终端。已有文献报道的可逆终端结构主要包括单位点修饰(MRT)和双位点修饰(DRT)两种类型。DRT类型可逆终端的最大优势是DNA聚合酶容易识别且合成路线简单,能够较好地应用于DNA合成测序。在此过程中可断裂连接单元将核苷酸和荧光素连接起来,它的性质直接决定了测序的效率、读长等关键指标。本文主要对目前用于DNA合成测序的可断裂连接单元研究现状进行介绍,并对其发展前景进行了展望。; 姜玉谭连江殷燕沈玉梅龚兵邵志峰

二硫键连接聚乳酸-聚乙二醇嵌段共聚物的新型合成方法被引量：1: 2016年; 在已有的合成二硫键连接的聚乳酸-聚乙二醇(PLA-PEG)两嵌段共聚物的合成方法基础上,设计研发了一种以二重氢键为引导,二硫键连接形成PLA-PEG两嵌段共聚物的合成方法。该方法是一种新的用于合成PLA-PEG两嵌段共聚物的合成方法,其步骤更为简单,原料价格更为便宜,反应条件更为温和,更易操作,适宜较大规模生产。而通过控制反应物的投料量和投料比,还可以得到PLA-PLA、PEG-PEG的自身偶联聚合物。使用1 H NMR和凝胶渗透色谱(GPC)对该方法合成的PLA-PEG两嵌段共聚物以及PLA-PLA、PEG-PEG的自身偶联聚合物进行表征,实验证明使用该合成方法能够成功合成PLA-PEG两嵌段共聚物和自身偶联聚合物。; 胡蔚谭连江沈玉梅; 关键词：二硫键两嵌段共聚物聚乳酸聚乙二醇

人母乳中分离的葡萄球菌和链球菌菌株的抗氧化作用: 2021年; 代谢产生的自由基会对机体产生损害,因此寻找安全有效的天然抗氧化剂十分必要。本研究评价从人母乳中分离的6株葡萄球菌(Staphylococcus, S)和链球菌(Streptococcus, St)的抗氧化能力,这6株菌包括S. epidermidis R42、S. lugdunensis F270、S. lugdunensis B51、St. salivarius B39、St. salivarius F286和St. parasanguinis F278。在体外,通过测试母乳中分离的葡萄球菌和链球菌的发酵上清液和热致死菌体清除DPPH·自由基、羟自由基和超氧自由基的能力及铁还原力,评价这6株菌的抗氧化能力。结果表明,S. epidermidis R42、St.parasanguinis F278和St. Salivarius F286的发酵上清液具有清除DPPH·自由基和羟自由基的能力;S. lugdunensis F270发酵上清液显示了清除DPPH·自由基的能力和铁还原的能力;St. salivarius F286、S. epidermidis R42和St. salivarius B39的菌体细胞具有清除羟基自由基的能力,St. salivarius F286的菌体细胞还显示了铁还原能力。因此,来源于母乳的S. epidermidis R42和St. salivarius F286的菌体细胞和发酵上清液、St. parasanguinis F278和S. lugdunensis F270的发酵上清液以及St. salivarius B39的菌体细胞,均具有抗氧化能力。本研究表明母乳中具有抗氧化能力的葡萄球菌和链球菌菌株可能对代谢活跃的哺乳期乳腺和新生儿肠道具有潜在的有益作用,值得进一步深入研究。; 李娜赵宇峰申剑; 关键词：葡萄球菌链球菌抗氧化作用

人母乳中分离的链球菌菌悬液的制备及其对新生小鼠成活率的影响: 2021年; 为研究出生至4周龄每天口服107CFU母乳链球菌对新生小鼠的影响,需要制备在-80℃冻存4周、解冻后仍有至少1×109CFU/mL活菌的菌悬液。前期分离到人母乳链球菌Streptococus salivarius F286和S.parasanguinis F278。S. salivarius F286和S. parasanguinis F278在M17液体培养基厌氧生长至平台期时,活菌浓度高于1×10^(9)CFU/mL,分别用M17、M17+10%脱脂牛乳、磷酸盐缓冲溶液(PBS)、PBS+10%脱脂牛乳将平台期的S. salivarius F286和S. parasanguinis F278制成不浓缩或5倍浓缩的菌悬液,-80℃冻存4周后,只有PBS+10%脱脂牛乳制备的5倍浓缩的S. salivarius F286菌悬液和M17制备的S. parasanguinis F278菌悬液解冻后活菌数量始终高于1×10^(9)CFU/mL。因为化学成分复杂的M17培养基可能影响动物的代谢和免疫,因此用含有PBS、10%脱脂牛乳和链球菌的菌悬液口饲动物。仔鼠出生后1~14 d,每天口饲解冻的、含有10^(7)CFU S. salivarius F286的PBS+10%脱脂牛乳菌悬液,或者新鲜制备的、含有10^(7)CFU S. parasanguinis F278的PBS菌悬液以及等体积20%脱脂牛乳,仔鼠成活率约为83%(其余仔鼠死于母鼠拒绝喂养),说明107CFU的S. salivarius F286或S. parasanguinis F278不会引起仔鼠感染死亡。本研究中,我们比较不同方法制备的菌悬液在-80℃冻存后细菌的存活量,确定最优的菌悬液制备方法,并评估细菌对仔鼠成活率的影响,确定了两株母乳链球菌的生物安全性,本实验流程对制备和保存用于灌胃/口饲动物的其他种类细菌的菌悬液具有借鉴意义。; 李硕王晨伟王凌华申剑; 关键词：母乳链球菌

上海交通大学系统生物医学研究院系统生物医学教育部重点实验室

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