大理大学基础医学院病原生物学综合实验室
- 作品数：48 被引量：118H指数：5
- 相关机构：复旦大学基础医学院佳木斯大学临床医学院(附属第一医院)广西医科大学肿瘤医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省教育厅科学研究基金云南省应用基础研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- HIV-1临床株SC42无感染性细胞-细胞融合模型的构建被引量：2
- 2022年
- 目的构建一种无感染性、可视化,用于检测HIV-1进入抑制剂在临床株SC42上的抑制活性的HIV细胞-细胞融合模型。方法将HIV-1 SC42 env基因插入质粒pAAV-IRES-EGFP,获得可同时且分别表达HIV-1 SC42 env及GFP的真核表达质粒,经过转染293T细胞,使之同时表达这两种蛋白(293T/SC42/EGFP),作为模拟HIV病毒的效应细胞与靶细胞TZM-b1共同培养,观察细胞融合情况及合胞体的形成。使用经典HIV-1进入抑制剂C34和T1144检测该细胞融合模型的效果。结果效应细胞293T/SC42/EGFP和靶细胞TZM-b1细胞混合2 h后,在荧光显微镜下可见明显的细胞融合现象;24 h后可形成合胞体。HIV-1进入抑制剂C34、T1144能够抑制细胞融合,其IC分别为(600±6.22)nmol/L和(44±5.88)nmol/L。结论成功构建了HIV-1进入抑制剂药物检测筛选模型。该模型的构建无需在P3生物安全实验室完成,操作简单、方便且无感染性。
- 石哲芳魏雪玲刘奇
- 关键词：HIV-1ENV进入抑制剂
- 表皮葡萄球菌SE1457与vraSR突变株转录组测序比较分析被引量：1
- 2022年
- 目的筛选和验证VraSR调控的下游靶基因,为表皮葡萄球菌vraSR生物学功能研究提供参考。方法在加与未加万古霉素(Van+/Van-)两种条件下,抽提表皮葡萄球菌SE1457及其同源性vraSR突变株RNA,构建cDNA文库(每个菌株3个独立样品),采用Illumina HiSeq进行转录组测序,差异表达基因筛选标准为Q value<0.05,且表达值变化倍数FC≥2(FDR校正P<0.05,t检验),对差异表达基因进行GO及KEGG分析,并进行qRT-PCR验证。结果与SE1457野生株相比,Van+条件下vraSR突变株有39个差异表达基因(16个下调,23个上调),Van-条件下vraSR突变株有61个差异表达基因(35个下调,26个上调),差异表达基因主要涉及糖代谢、磷酸戊糖途径、三羧酸循环等。Van+/Van-2种条件下qRT-PCR检测生物膜形成相关基因icaA相对表达量分别为0.44±0.06和0.17±0.05(P<0.01),icaR为4.35±0.79(P<0.01)和9.27±4.4(P<0.05),未发现耐药相关基因(pbp2,sgtB,murZ)转录水平改变(P>0.05)。结论表皮葡萄球菌VraSR可能通过ica途径调控生物膜形成,并通过调节肽聚糖合成相关基因的转录间接影响耐药性。
- 孙士正孟媛媛张维娜刁德睿陈晓婷武有聪
- 关键词：表皮葡萄球菌
- 淋病奈瑟菌肽基脯氨酰异构酶的原核表达及其作为候选疫苗的初步评价
- 2023年
- 【背景】淋病是我国主要的性传播疾病之一,感染淋病奈瑟菌可促进人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)的传播和感染。目前我国淋病发病人数呈上升趋势,随着多重耐药菌株的出现,亟须研发保护性疫苗来防治淋病的传播和感染。【目的】分析淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae,NG)肽基脯氨酰异构酶(peptidyl-prolyl isomerase,PPIase)蛋白的高级结构和表位,探讨其作为疫苗和分子诊断靶点的潜力。【方法】利用生物信息学软件分析PPIase蛋白的极性、亲水性、柔韧性、表面可及性、二级和三级结构,以及T、B细胞表位等;用pET32a(+)质粒构建PPIase蛋白的原核表达系统并纯化蛋白,用纯化的重组蛋白和超声波破碎的NG全菌抗原分别免疫BALB/c小鼠,收获免疫血清;制备NG全细胞抗原,分别以全细胞抗原酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)和间接免疫荧光试验检测重组PPIase蛋白血清抗体与NG全细胞表面抗原的结合情况。【结果】生物信息学分析结果显示,PPIase蛋白主要以α螺旋(39.34%)、无规则卷曲(30.51%)和延伸链(20.59%)为主;经表位分析筛选出5个B细胞优势表位、9个细胞毒性T淋巴细胞优势表位和18个辅助性T淋巴细胞优势表位;通过原核表达系统实现了PPIase重组蛋白的表达和纯化;纯化的重组蛋白可刺激BALB/c小鼠产生高效价的抗体,全细胞抗原的ELISA试验和间接免疫荧光试验的结果表明该蛋白诱导产生的血清抗体能与NG外膜表面抗原结合。【结论】PPIase蛋白作为一种外膜蛋白,具有良好的免疫原性和免疫反应性,其所诱导产生的特异抗体可以结合到NG表面,PPIase蛋白有作为NG候选疫苗的潜力和价值。
- 胡欣谢晓婷李晓楠赵娟娟李紫玥陈佳琪张莉张雷
- 关键词：淋病奈瑟菌原核表达候选疫苗
- 葡萄球菌程序性细胞死亡研究进展
- 2024年
- 程序性细胞死亡(programmed cell death, PCD)是真核生物维持细胞结构、数量和功能稳定的一种生理性、主动性的自杀现象,其激活、表达及调控受一系列基因的影响。原核细胞中也存在PCD现象。葡萄球菌群体中部分菌体通过PCD或自溶释放胞外DNA,有利于群体营养物质利用及细菌生物膜形成,以整体形式应对不利环境及宿主防御因素,进而引起持续性感染。近年来,以葡萄球菌PCD的形成过程及调控节点作为抗菌治疗潜在靶点的研究取得较大进展。本文就葡萄球菌PCD的发生机制及其生物学意义进行综述,为防治葡萄球菌引起的持续性感染提供理论依据。
- 尚爽婕孙士正付斌李明珠武有聪
- 关键词：葡萄球菌程序性细胞死亡生物膜
- HIV NL4-3病毒株非感染性细胞-细胞融合模型的构建被引量：2
- 2022年
- 目的构建一种基于HIV实验室株NL4-3包膜蛋白env的非感染性、可视化细胞-细胞融合模型,用于检测HIV-1进入抑制剂的抑制活性。方法构建可同时表达HIV NL4-3 env及GFP的真核表达质粒pAAV-IRES-GFP-NL4-3,瞬时转染293T细胞,使293T细胞同时表达2种蛋白(293T/NL4-3/GFP)后,与靶细胞TZM-b1细胞共同培养,观察细胞融合情况及合胞体的形成。同时,在该模型上测试HIV进入抑制剂C34和T1144的抑制活性。结果293T/NL4-3/GFP和TZM-b1细胞混合2h后,可在荧光显微镜下发生明显融合;24h后可形成大面积融合。HIV-1进入抑制剂C34、T1144能够抑制细胞融合,其半抑制浓度(IC50)分别为(72±6.24)nmol/L和(15±6.94)nmol/L。结论成功构建了一种可在普通实验室完成的,可视化且无感染性的HIV-1进入抑制剂药物检测筛选模型。
- 石哲芳罗春雨李亚飞刘奇
- 关键词：HIV-1ENV进入抑制剂
- 新现HIV-1L亚型的密码子偏爱性研究被引量：3
- 2021年
- 目的分析新现HIV-1L亚型密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于密码子偏爱性分析L亚型与其他亚型之间的关系。方法依据HIV-1各亚型的基因编码序列,利用EMBOSS的子程序CUSP、CodonW和SPSS22.0软件对其密码子偏爱性进行统计分析,使用SigmaPlot进行绘图,并用MEGA10.0构建系统进化树,SPSS22.0进行聚类分析。结果HIV-1L亚型ENc为46.19,和其他型别(43.75~47.97)相当,其RSCU>1的密码子中A/U结尾的占约71.8%。中性绘图、ENc-plot及PR2-plot分析表明,包括L亚型在内的HIV-1密码子的偏爱性主要受自然选择的影响。系统发育分析显示新现L亚型与HIV-1M组C亚型的分离株形成一个分支。基于env和gag编码序列密码子偏爱性的聚类分析均显示L亚型与C亚型聚为一类。不论是系统发育分析还是聚类分析,其结果均表明L亚型与C亚型有着更密切的关系。结论新现L亚型HIV-1偏爱使用A/U结尾的密码子,其偏爱性主要受自然选择压力的影响。此外L亚型密码子偏爱性与流行较为广泛的HIV-1C亚型关系密切,需加强其流行病学监控。
- 石哲芳周国庆刘奇
- 关键词：HIV-1密码子偏爱性
- 幽门螺旋杆菌致病与免疫机制的研究进展被引量：20
- 2017年
- 幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori)是世界上常见的感染性病原体之一,其感染引起多种胃肠疾病,且因为与胃癌的关系被列为Ⅰ类致癌因子,但其致病机制目前仍不清楚,与幽门螺旋杆菌本身、宿主免疫及两者的相互作用密切相关。
- 杨舒张雷
- 关键词：幽门螺旋杆菌致病免疫
- 表皮葡萄球菌SrrAB生物信息分析及SrrA蛋白的原核表达
- 2016年
- 目的分析表皮葡萄球菌SrrAB生物信息,表达及纯化SrrA蛋白,为SrrA功能研究奠定基础。方法以表皮葡萄球菌SE1457基因组为模板,PCR扩增srrA基因,构建重组表达质粒pET28a-srrA,转入大肠杆菌BL21,利用纯化的重组蛋白SrrA免疫小鼠,制备SrrA多克隆抗体,并检测SrrA在表皮葡萄球菌不同生长时期的表达水平。序列比对利用Clustalw2软件,蛋白结构域分析用DNAMAN软件。结果表皮葡萄球菌SE1457SrrAB单独组成一个操作子,SrrA位于胞浆中,与金黄色葡萄球菌和枯草杆菌类似物的同源性分别为95%和65%,SrrB为跨膜蛋白,与上述细菌类似物的同源性分别为71%和33%;表皮葡萄球菌SrrA于对数生长中期表达量最高。结论成功表达并纯化了表皮葡萄球菌SrrA蛋白,为SrrAB下游调控机制研究奠定基础。
- 武有聪王涛韩海燕瞿涤白丽
- 关键词：表皮葡萄球菌生物信息原核表达
- 以质粒为基础的同源重组技术在葡萄球菌基因敲除中的应用被引量：7
- 2019年
- 葡萄球菌是医院内感染的重要病原菌,通过同源重组敲除葡萄球菌的靶基因是研究其功能的重要方法。以质粒为基础的重组系统是外源基因序列传递,发生同源重组的重要载体。近年来,葡萄球菌基因敲除所用的重组质粒的特性取得不断改进。结合本课题组工作,简要综述以质粒为基础的同源重组技术在葡萄球菌基因敲除中的应用及技巧,重点比较不同质粒的特点及使用条件,对于葡萄球菌致病机制研究具有借鉴意义。
- 武有聪武有聪丁百兴韩海燕韩海燕瞿涤
- 关键词：质粒同源重组基因敲除葡萄球菌
- 表皮葡萄球菌VraSR生物信息学分析及VraR蛋白的原核表达被引量：1
- 2021年
- 目的对表皮葡萄球菌VraSR进行生物信息学分析并原核表达VraR蛋白,为表皮葡萄球菌VraSR系统功能研究奠定基础。方法 PCR扩增表皮葡萄球菌SE1457菌株vraR基因,PCR片段经酶切后连入载体pET28a,构建重组表达质粒pET28a-vraR,并转化至大肠埃希菌BL21(DE3)中诱导表达。重组蛋白His;-VraR经Western blot鉴定后采用Ni-NTA柱纯化。采用DNAMAN、SMART、Megalign等软件对VraSR系统进行生物信息学分析。结果成功构建重组表达质粒pET28a-vraR,在22℃、0.5 mmol/L IPTG诱导12 h高效表达重组蛋白His;-VraR。分析重组His;-VraR序列,与金黄色葡萄球菌VraS/VraR核苷酸同源性皆为82%,氨基酸同源性分别为92%/94%,氨基酸组成差异主要存在VraS的胞外区和VraR的CheY结构域。结论成功表达并纯化表皮葡萄球菌VraR蛋白,生物信息学分析表皮葡萄球菌VraSR的功能,可能不同于金黄色葡萄球菌。
- 乾莲陈红玲孟媛媛陈晓婷孙士正武有聪
- 关键词：表皮葡萄球菌生物信息原核表达
