上海大学系统生物技术研究所
- 作品数：65 被引量：50H指数：4
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- 相关机构：上海海洋大学信息学院台州学院数学与信息工程学院数学系台州学院数学与信息工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市教育委员会重点学科基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：理学生物学自动化与计算机技术自然科学总论更多>>
- 复杂多主体时滞网络系统的脉冲一致性
- <正>考虑了具有固定拓扑和切换拓扑有向时滞多主体系统的平均一致性问题。基于时滞动力系统的脉冲控制理论,我们提出了关于多主体时滞网络系统的一个简单的脉冲一致性协议,分别在具有固定拓扑和切换拓扑的条件下得到多主体时滞网络系统...
- 周进吴泉军刘曾荣
- 关键词：有向网络
- 文献传递
- 仿射变换下图像不对称度计算方法被引量：1
- 2010年
- 一个人的器官如果比其他人出现了更多的不对称,就可能是一种疾病的征兆。根据不对称性原理,提出了一种改进的三维医学图像不对称计算模型,通过对中耳区域三维医学图像不对称度的研究,给出了不对称度量化的数值计算优化方法,从而来诊断胆脂瘤型中耳炎。实验结果与医生的诊断之比较表明,利用T分布检验方法诊断胆脂瘤的置信度可达到98%。同时该计算模型具有客观性和可度量性,在其他可利用不对称性进行计算机辅助诊断领域具有较好的推广价值。
- 宋安平丁广太郑汉垣张武
- 关键词：仿射变换金字塔算法
- 生物网络中的随机变异机制与度负关联性的关系
- 2010年
- 在生物进化中,复制和变异是两个重要机制.主要研究变异对生物网络度负关联性的影响.讨论了多种随机变异机制,如随机节点删除变异机制、随机删边变异机制、随机加边变异机制和随机重组边变异机制.随机节点删除变异机制和随机删边变异机制都不会强烈地影响生物网络的度负关联性,随机加边变异机制和随机重组边变异机制都会抑制生物网络的度负关联性.
- 许醇穗刘曾荣
- 关键词：生物网络
- 一类钙信号解码器的精确解
- 考察一种最简单的解码器,即蛋白激酶可与n个钙离子协同结合.对于这种协同结合的动力学过程,我们得到了关于激酶平均活性的精确解.结果表明:在各个周期点上激酶活性随着作用的钙信号脉冲数单调上升,最终趋于一有限值.当激酶只有一个...
- 施小民
- 提高水分子流出纳米碳管速度的特殊水分子偶极排布研究被引量：2
- 2011年
- 使用分子动力学的方法,研究了水分子进出狭窄碳纳米管的过程.发现管口处水分子的偶极垂直于碳管时容易流出碳管.根据碳管中与之相邻的水分子的偶极方向可以把这种特殊构型分为2类.虽然,这2类特殊结构的出现概率非常小,但是它们对净流过碳管水分子的贡献与其它结构的贡献基本相同.这2种偶极排布中水分子比较接近管壁、远离Lennard-Jones势的平衡位置,导致这2种偶极排布中水分子能量升高,处于相对不稳定的状态,容易流出碳管.这个发现表明可以通过调控碳纳米管内的水分偶极方向控制管内的水分子流动.
- 亓文鹏涂育松万荣正方海平
- 关键词：纳米碳管LENNARD-JONES势
- 包含RE1沉默转录因子和miR-21的胚胎干细胞调控网络的双稳开关及鲁棒性的研究被引量：1
- 2011年
- 建立了包含RE1沉默转录因子(RE1-silencing transcription factor,REST)和miR-21,以及转录因子OCT4、SOX2和NANOG的胚胎干细胞(ES细胞)核心调控网络的数学模型,证明该调控网络存在双稳开关,并分析了REST和miR-21对双稳开关的影响,发现改变REST或miR-21的浓度,会引起双稳开关曲线的平移及双稳区域长度的变化。同时,还讨论了胚胎干细胞调控网络的两种外部输入信号A和B与双稳开关鲁棒性的关系,结果表明,通过适当地组合两种外部输入信号,能够得到更加鲁棒的双稳开关。我们推测,信号A在维持正常ES细胞的自我更新及分化中起主要作用,信号B则在维持胚胎干细胞调控网络的鲁棒性中起重要作用。
- 贺勤斌郝军军蔡水明王瑞琦刘曾荣
- 关键词：胚胎干细胞鲁棒性自我更新
- 复杂多主体时滞网络系统的脉冲一致性
- 本文考虑了具有固定拓扑和切换拓扑有向时滞多主体系统的平均一致性问题。基于时滞动力系统的脉冲控制理论，提出了一个简单寻求平均一致性问题的脉冲一致性协议。相对于已有的工作，本文的主要贡献在于给出的脉冲一致性协议对于具有任意通...
- 周进吴泉军刘曾荣
- 关键词：有向网络时滞动力系统
- 文献传递
- 蛋白-核酸相互作用的支持向量机预测模型被引量：1
- 2010年
- 与核酸作用的蛋白质在基因功能许多方面扮演着极其重要的角色,预测蛋白质是否与核酸作用在生物信息学领域受到广泛关注。本文用氨基酸组成、氨基酸物化特性和蛋白质结构等信息作为特征参数,通过支持向量机方法预测了与核酸作用的蛋白质。分别取与rRNA,RNA和DNA作用的3个蛋白质数据集,用SVM训练,筛选最优核函数,优化核函数参数,建立分类判别模型,并用于预测蛋白质是否与核酸作用。结果表明:即使对同源相似性低于40%的蛋白质,通过用10-crossvalidation(交叉验证)方法测试上述3个数据集都分别有93.75%、83.41%、81.85%的预测正确率。用外部测试集测试所得模型分别有93.8%、84.2%、81.9%的预测正确率。在此基础上,我们建立了1个预测蛋白质与核酸是否作用的网上在线软件系统。网址是:http://chemdata.shu.edu.cn/protein_na。
- 袁友浪刘亮钮冰陆文聪蔡煜东
- 关键词：蛋白质核酸支持向量机
- 单基因扰动实验的并行自适应灰关联聚类算法研究
- 为有效进行大数据量单基因扰动的生物学实验,基于自适应灰关联聚类算法,提出一个并行自适应灰关联聚类算法,并行处理大数据量的单基因扰动,并建立相应的基因调控网络.计算结果表明,该并行算法具有很好的并行性能.
- 张轶雯何冰谢江金翊张武
- 关键词：基因调控网络
- 文献传递
- 基于分割和体素的医学图像配准方法被引量：1
- 2010年
- 为了充分吸收基于分割和基于体素相似性两种配准方法的优点,提出了一种将分割和体素相结合的配准方法。该方法对待配准图像进行预处理,包括DICOM格式转换、图像去噪和图像分割,利用互信息作为衡量图像是否匹配的测度函数;最后采用优化策略来选择最佳图像变换。实验结果表明,该方法计算量小、速度快和精度高,有助于医疗诊断。
- 杜永胜宋安平朱雷
- 关键词：医学图像配准图像预处理互信息
