国家高技术研究发展计划(2002AA2Z2011)
- 作品数：18 被引量：119H指数：5
- 相关作者：程京张亮郭旻邢婉丽郝希山更多>>
- 相关机构：生物芯片北京国家工程研究中心清华大学华中科技大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划清华-裕元医学科学研究基金北京市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学理学一般工业技术更多>>
- 基于倏逝波的生物芯片检测方法研究被引量：3
- 2006年
- 报道了基于倏逝波原理的生物芯片检测平台。利用光波全反射时产生的倏逝波场,用倏逝波激发荧光物质,搭建了简单的检测平台,实现了对荧光标记的核酸(DNA)芯片进行检测。芯片被激发产生的荧光信号通过光学系统成像在CCD器件上并被转换成数字图像,通过对图像分析得出生物芯片上生物分子反应的定量结果。结果表明,该检测系统具有较高的灵敏度;与商品化生物芯片扫描仪的检测结果相比,具有良好的一致性。
- 杨阳朱疆肖明董中华邓橙黄国亮程京
- 关键词：微阵列芯片全反射倏逝波
- 抗人肝癌组织α-L-岩藻糖苷酶抗体的制备及运用
- 2006年
- 目的:制备和纯化肝癌特异性α-L-岩藻糖苷酶(α-L-fucosidase,AFU)多克隆抗体及初步研究其在肝癌诊断中的临床作用。方法:用自行提取和纯化的人肝癌组织AFU免疫家兔,以间接ELISA检测抗血清效价和工作浓度。抗血清经阴离子交换法纯化后采用Western-blot鉴定纯化的AFU和免疫组化方法定位AFU在肝癌组织中的分布情况。结果:抗血清的效价和工作浓度经间接ELISA检测分别为1∶32000和1∶4000。抗血清经过饱和硫酸铵沉淀,阴离子交换树脂DEAE-52纯化后可在第115收集管前后出现一明显洗脱峰。Western-blot显示纯化的多克隆抗体可特异性地识别相对分子质量为55×103的AFU。免疫组化表明,AFU多表达于肝癌组织的细胞质和(或)胞膜而不表达于癌旁组织。结论:本实验制备的抗人肝癌组织AFU多克隆抗体可用于检测肝癌组织和血清中AFU的表达水平。
- 李超林菊生钱颉周鹤俊
- 关键词：肝肿瘤多克隆抗体
- PTPN22单核苷酸多态性在自身免疫性疾病中的研究进展被引量：3
- 2008年
- 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是基因组中一种最常见的遗传变异,可作为新一代遗传标记,成为定位疾病相关基因的有力工具。近年研究发现,蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型22(the protein tyrosine phosphatase nonreceptor22,PTPN22)单核苷酸多态性作为自身免疫病的易感基因,在自身免疫性疾病中发挥着重要的作用。
- 冯雪李永哲
- 关键词：PTPN22单核苷酸多态性自身免疫性疾病
- 基于线性微分方程模型和k-means聚类研究乳腺癌转移相关基因调控通路被引量：3
- 2006年
- 目的通过线性微分方程模型和k-means聚类方法初步探索性研究乳腺癌转移相关基因表达调控通路和预测其生物学意义。方法选择30例伴有淋巴结转移的乳腺癌组织及其相应淋巴结转移癌组织的基因表达谱芯片的比较结果,通过线性微分方程模型和k-means聚类分析乳腺癌转移相关基因表达调控通路。结果比较伴有淋巴结转移的乳腺癌组织和其相应淋巴结转移癌组织,分析筛选了27个表达差异基因,提出GRP基因、BPAG1基因、SFRP2基因间的乳腺癌转移相关调控通路存在的假设。结论初步表明乳腺癌转移的形成是与多基因异常引起基因调控通路异常致使细胞恶性转化相关,利用多种生物信息学手段分析乳腺癌转移相关基因表达调控通路及其生物学意义具有一定的应用价值。
- 孙保存倪春生冯玉梅李晓青沈世镒董骝焕袁媛张亮郝希山
- 关键词：基因表达调控K-MEANS聚类
- 基因芯片癌与癌旁组织分析中药品混合对结果的影响被引量：1
- 2006年
- 基因芯片技术已经广泛地应用到生物科学与医学研究的多个领域中.由于实验费用的制约,在使用芯片数目较少的情况下,一些研究者倾向于把经过同一种处理的多个个体的RNA进行混合,希望能消除个体差异.但应用一个研究肿瘤的具体例子,比较单个个体与多个个体的RNA混合后得到的基因芯片的结果表明,多个样品的RNA混合后得到的结果和单个样品得到的结果,无论从正确率、假阳性、假阴性来比较,在统计学上都没有明显差异,因此:结合多个因素考虑,建议进行基因芯片分析的RNA样品不用进行混合.
- 庄远红张亮孟欣任永红
- 关键词：基因芯片技术
- 采用单引物扩增法标记的基因芯片技术筛选乳腺原发癌与淋巴结转移癌的差异表达基因被引量：28
- 2005年
- 目的 比较乳腺原发癌与淋巴结转移癌的基因表达差异,筛选乳腺癌转移相关基因。方法 采用单引物扩增(SPA)标记方法和含 21 000个人功能基因的Oligo芯片,比较 10例淋巴结转移阳性乳腺癌患者的原发癌及淋巴结转移癌的基因表达差异,筛选至少 5对样本中有 1 5倍以上相同差异表达趋势的基因;采用实时定量RT PCR方法对差异表达基因进行病例验证。结果 SPA方法标记靶标可使用于一张芯片杂交的起始总RNA模板量减少至 0 25μg;共筛选出 57个基因在至少5对样本中有 1. 5倍以上相同的差异表达趋势,其中 19个基因在转移癌中表达上调, 38个基因下调,8个差异表达基因与细胞黏附和运动能力有关, 14个与信号传导有关, 14个与细胞生长代谢有关;实时定量RT- PCR检测 30例乳腺癌原发癌与配对的淋巴结转移癌中纤维粘连蛋白 (FN)的mRNA表达,转移癌中FN的mRNA表达平均相对表达量较原发癌下调 3 6倍,配对t检验差异有统计学意义(t=-3 .188,P=0 .003)。结论 (1)单引物扩增标记靶标的方法灵敏度高、重复性好。(2)以乳腺癌的淋巴结转移癌作为原发癌的转移亚克隆进行基因表达的差异比较,筛选得到的基因涉及了细胞黏附和运动能力、细胞信号传导、细胞生长代谢等与转移相关的生物学过程。(3)FN可能参与乳腺癌的转移过程,是潜在的预?
- 郝希山冯玉梅张亮李晓青牛昀肖春花孙保存
- 关键词：原发癌淋巴结转移癌差异表达基因FN扩增
- 基于磁珠的可见光检测微阵列信号的新方法被引量：7
- 2007年
- 以磁珠作为标记物,提出了一种在微阵列上检测核酸的新方法。该法基于生物素同链霉亲和素的亲和作用,利用磁珠的超顺磁性和宏观可见特性,使得杂交结果可在普通的光学显微镜或放大镜下检测,甚至肉眼可见。以合成探针为对照,用参比荧光标记染料Cy3标记方法,对这种新方法的检出限进行了研究,并在此基础上采用大肠杆菌16s rDNA的PCR产物作为样品,进行了细菌检测的尝试,取得了较好的实验结果。本法所得的实验结果易于观测,无需采用大型的荧光检测仪器,因而大大降低了检测成本,与其它可见光检测方法(如金胶银染等)相比,具有方便、快捷的特点。这种新方法在传染病检测和环境监测中将具有广阔的应用前景。
- 郭永刚张冠斌熊强郭旻邢婉丽程京
- 关键词：磁珠微阵列生物素
- 一种用于基因芯片可靠的双轮RNA线性扩增技术被引量：2
- 2006年
- DNA微阵列能在一次实验中检测成千上万个基因的表达情况,有助于阐明疾病发生的分子机制及发现新的诊治靶标.但常规方法需要大量RNA,因而基于T7RNA线性扩增技术逐渐成为微阵列表达谱实验中最常用的探针制备方法.本方法将实验步骤进一步改进,增加额外的一轮体外转录,并结合Klenow酶标记技术来制备cDNA靶标和寡核苷酸芯片杂交.从纳克量级的总RNA起始,本方法和常规的RNA单轮线性扩增法相比,仍然准确地保留了约70%的基因表达信息.同一RNA样本的自身比较实验及重复实验结果也显示,该方法具有较高的可靠性和重复性.RNA双轮体外扩增法需要的起始RNA相对于常规的单轮扩增法减少了很多(10ng甚至更少),因而非常适合分析那些只能提供微量RNA的样本.
- 周荣荣卫军霞王亚辉张亮程京周玉祥
- 关键词：DNA微阵列
- 乙酰辅酶A:胆固醇乙酰转移酶基因单核苷酸多态性与散发性阿尔茨海默病的相关性研究被引量：4
- 2005年
- 目的此实验旨在探讨ACAT1的基因甾醇氧-乙酰转移酶(sterol O-acyltransferase,SOAT1)的单核苷酸多态性位点rs1044925与散发性AD(SAD)是否具有相关性.方法在中国北方汉族人群中收集了SAD 107例,以及性别和年龄与之相匹配的同一地区健康对照者118例,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测了SOAT1多态性位点rs1044925的基因型以及载脂蛋白E(Apolipoprotein E,APOE)的基因型.结果rs1044925位点在SAD组的基因型(AA,AC,CC)频率分别为82.2%,16.8%,1.0%,在对照组的基因型频率分别为81.4%,17.8%,0.8%,两组间基因型频率差异无显著性(P=1.000,x2=0.030,OR=0.863,95%CI=0.478～1.857).SAD组等位基因(A,C)频率分别为90.7%、9.3%,对照组等位基因频率分别为90.3%、9.7%,两组间等位基因频率差异亦无显著性(P=1.000,χ2=0.021,OR=0.885,95%CI=0.508～1.774).当数据用ApoEε4分层后,rs1044925位点基因型频率和等位基因频率两组间差异仍无显著性(P＞0.05).结论研究表明在中国北方汉族人群中ACAT1的基因SOAT1多态性位点rs1044925与SAD无相关性,SOAT1可能不是SAD的遗传易感基因.
- 赵发国王荫华陈彪杨静芳马秋兰汤哲刘宏军董秀敏冯秀丽
- 关键词：散发性阿尔茨海默病单核苷酸多态性病例-对照研究
- 胆固醇24S-羟化酶基因多态性与散发性阿尔茨海默病的相关性研究被引量：1
- 2010年
- 目的探讨胆固醇24S-羟化酶（CYP46）基因多态性是否为散发性阿尔茨海默病（SAD）的遗传易感基因。方法选择SAD患者108例作为SAD组，同期选择年龄、性别相匹配的健康老年人118例作为对照组，用变性高效液相色谱法对CYP46基因的核苷酸序列进行扫描，比较2组变异位点的基因型和等位基因频率分布。结果在外显子-内含子交界区检出10个不同的变异位点，5个多态性位点（IVS2～150A〉G，IVS3＋43C〉T，IVS3—130C〉T，IVS5＋51G〉C，IVS7—65T〉C）是较好的遗传标记。SAD组和对照组在IVS2—150A〉G基因型AG＋GG的分布频率差异无统计学意义（χ^2=1．369，P=0．242）；SAD组和对照组等位基因G的分布频率差异无统计学意义（χ^2=0．003，P=0．956）。SAD组和对照组携带载脂蛋白E（apoE）ε4与非携带apoEε4者上述基因分布差异均无统计学意义（P〉0．05）。IVS2-150A〉G与SAD无相关性。结论CYP46是一个较为保守的基因，其内含子2上的多态性位点IVS2-150A〉G与SAD的发病无关。
- 赵发国石进王荫华冯秀丽杨静芳汤哲刘宏军马秋兰陈彪
- 关键词：阿尔茨海默病多态性单核苷酸色谱法高压液相
