河北省教育厅高等学校自然科学研究项目(2009339)
- 作品数：5 被引量：1H指数：1
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- 发文基金：河北省教育厅高等学校自然科学研究项目国家火炬计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术电子电信更多>>
- 基于频谱分析的串联重复序列识别方法
- 2011年
- 针对现有串联重复序列识别方法存在的计算量大、灵敏度低等问题,提出一种基于频谱分析的串联重复序列识别方法。该方法采用碱基的电子离子相互作用势作为基因序列数字化表示的方法,通过对数字序列作离散傅里叶变换得到序列中串联重复序列出现的频率,并对基因序列做加窗傅里叶变换,找出串联重复序列存在的位置。实验表明,该方法的计算量较已有方法减少了75%,并能较好地解决已有方法识别灵敏度低的缺点。
- 聂俊岚毛伟伟王常武王宝文刘文远
- 关键词：串联重复序列离散傅里叶变换频谱分析信噪比
- 基于多级滤波器的蛋白质热点区域预测
- 2011年
- 针对数字滤波技术用于蛋白质热点区域预测时预测结果精度低的问题,提出一种基于多级滤波器的预测方法。依据共振识别模型从一组蛋白质中提取出特征频率,设计一个选通特性良好的多级滤波器对蛋白质序列进行滤波,根据滤波器输出序列的能量谱定位蛋白质的热点区域。实验表明,多级滤波器能提高预测结果的精度。
- 刘文远王东伟王常武王宝文
- 关键词：蛋白质数字信号处理
- 应用于癌症基因表达数据的OMB双向聚类算法被引量：1
- 2011年
- 癌症基因表达数据的聚类分析可以为癌症的早期诊断和精确的癌症亚型分型提供依据。针对癌症基因表达数据的特点,提出一种称为OMB(Override Matrix Bicluster)的双向聚类算法。OMB算法分别在基因表达数据矩阵的行和列上搜索低于阈值的行和列,用删除添加算法产生一个子矩阵;构建与基因表达矩阵大小相同的覆盖矩阵,标识矩阵中上一次迭代产生的子矩阵的位置;在标识出来的矩阵中,重复贪婪迭代搜索找到K个聚类结果。Matlab实验结果表明OMB算法对具有重叠结构的癌症基因表达数据具有更好的聚类效果。
- 王常武刘楠楠贾永伟王宝文刘文远
- 含伪结RNA二级结构预测的支持向量机方法
- 2010年
- RNA二级结构预测是生物信息学的一个研究重点和难点.伪结是RNA二级结构中最难预测的一种.本文利用多分类支持向量机对含平面伪结的RNA分子二级结构进行预测.第一步,利用多分类支持向量机进行预测,输出端得到相应碱基的E-NSSEL类别标识.第二步,利用第一步的预测结果,把所有可能配对的标识是否配对通过支持向量机进行判断,并根据判断结果恢复RNA分子二级结构.实验证明,该方法能有效地提高含平面伪结的RNA分子二级结构的预测精度.
- 张洪礼张娜王常武王宝文刘文远
- 关键词：多分类支持向量机
- 基于Gibbs采样与遗传算法的模体识别
- 2011年
- 借鉴Gibbs采样思想,将序列峰值所对应的候选模体作为遗传算法的初始种群,提出一种改进的模体识别算法。将模体在序列中的出现次数作为变量加入到适应度函数中,使其更符合生物数据的特性。在算法变异操作中加入IUPAC简并码保持种群的多样性。对DBTSS数据库中的真实数据进行测试,结果表明该算法具有较高的识别精度和较快的搜索速度。
- 刘文远田陆芳王常武王宝文
- 关键词：模体识别遗传算法GIBBS采样
